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2qkk

Human RNase H catalytic domain mutant D210N in complex with 14-mer RNA/DNA hybrid

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease H1

Homo sapiens

UniProt O60930

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 DNA 1 RNA 1 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*G)-3' × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CALCIUM ION × 3 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4 与全部聚合物一致
2 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 DNA 1 RNA 1 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*G)-3' × 1 CALCIUM ION × 3 water × 4 与全部聚合物一致
3 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 DNA 1 RNA 1 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*G)-3' × 1 CALCIUM ION × 2 water × 4 与全部聚合物一致
4 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 DNA 1 RNA 1 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*G)-3' × 1 CALCIUM ION × 3 water × 4 与全部聚合物一致
5 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 DNA 1 RNA 1 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*G)-3' × 1 CALCIUM ION × 2 water × 4 与全部聚合物一致
6 其他组合 单体 蛋白 1 DNA 1 RNA 1 5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*CP*G)-3' × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2qk9 2qkb 2qkk 2qkk 2qkk 2qkk 2qkk 2qkk 3bsu 3bsu 6vrd 8swb

共 13 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNH1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286 作者链 B； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286 作者链 E； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286 作者链 F； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286 作者链 I； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286 作者链 J； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286 作者链 M； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286 作者链 N； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286 作者链 R； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286 作者链 S； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286 作者链 W； PDB构建体 4–154； UniProt 136–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2qkk
沉积日期 deposition_date2007-07-11
结构标题 titleHuman RNase H catalytic domain mutant D210N in complex with 14-mer RNA/DNA hybrid
关键词 keywordsRNase H; RNA/DNA hybrid, HYDROLASE-DNA-RNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qkk__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qkk__assembly_5__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qkk__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）23.90 Å
Rg（电子密度）24.58 Å
总 Rg25.07 Å
原子数2851
残基数324
排除体积48229 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2qkk__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2qkk__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2qkk__assembly_3__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 2qkk__assembly_4__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 2qkk__assembly_5__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 2qkk__assembly_6__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id2qkkA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id2qkkB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id2qkkE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id2qkkF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id2qkkI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id2qkkJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id2qkkM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id2qkkN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id2qkkR00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id2qkkS00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id2qkkW00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
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7. 引用文献 (1)