2qkm

The crystal structure of fission yeast mRNA decapping enzyme Dcp1-Dcp2 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPBC3B9.21 protein

Schizosaccharomyces pombe

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SPAC19A8.12 protein × 1 （O13828） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SPAC19A8.12 protein × 1 （O13828） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SPAC19A8.12 protein × 1 （O13828） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SPAC19A8.12 protein × 1 （O13828） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9P805_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 C； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 E； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127 作者链 G； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

SPAC19A8.12 protein

Schizosaccharomyces pombe

UniProt O13828

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SPBC3B9.21 protein × 1 （Q9P805） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SPBC3B9.21 protein × 1 （Q9P805） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SPBC3B9.21 protein × 1 （Q9P805） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SPBC3B9.21 protein × 1 （Q9P805） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O13828_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 D； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 F； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 H； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qkm
沉积日期 deposition_date	2007-07-11
结构标题 title	The crystal structure of fission yeast mRNA decapping enzyme Dcp1-Dcp2 complex
关键词 keywords	Protein-Protein complex, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qkm__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qkm__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qkm__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.37 Å
Rg（电子密度）	23.38 Å
总 Rg	24.37 Å
原子数	3208
残基数	385
排除体积	57204 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qkm__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2qkm__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2qkm__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2qkm__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SPBC3B9.21 protein
分子量 formula_weight	15002.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.30
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	11874

MEDENILRNAVNLQVLKFHYPEIESIIDIASHVAVYQFDVGSQKWLKTSIEGTFFLVKDQRARVGYVILNRNSPENLYLFINHPSNVHLVDRYLIHRTENQHVVGLWMFDPNDMSRIFNIVKESLLR

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SPAC19A8.12 protein
分子量 formula_weight	30946.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MSFTNATFSQVLDDLSARFILNLPAEEQSSVERLCFQIEQAHWFYEDFIRAQNDQLPSLGLRVFSAKLFAHCPLLWKWSKVHEEAFDDFLRYKTRIPVRGAIMLDMSMQQCVLVKGWKASSGWGFPKGKIDKDESDVDCAIREVYEETGFDCSSRINPNEFIDMTIRGQNVRLYIIPGISLDTRFESRTRKEISKIEWHNLMDLPTFKKNKPQTMKNKFYMVIPFLAPLKKWIKKRNIANNTTKEKNISVDVDADASSQLLSLLKS

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	108

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2qkmd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.242 — Dcp2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.242.1 — Dcp2 domain-like
家族 Family family	a.242.1.1 — Dcp2 box A domain

结构域编号 domain_id	d2qkmd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamily	d.113.1 — Nudix
家族 Family family	d.113.1.7 — mRNA decapping enzyme-like

结构域编号 domain_id	d2qkmh1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.242 — Dcp2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.242.1 — Dcp2 domain-like
家族 Family family	a.242.1.1 — Dcp2 box A domain

结构域编号 domain_id	d2qkmh2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.113 — Nudix
超家族 Superfamily superfamily	d.113.1 — Nudix
家族 Family family	d.113.1.7 — mRNA decapping enzyme-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2qkmA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2qkmB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Dcp2, box A domain

结构域编号 domain_id	2qkmB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	2qkmC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2qkmD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Dcp2, box A domain

结构域编号 domain_id	2qkmD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	2qkmE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2qkmF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Dcp2, box A domain

结构域编号 domain_id	2qkmF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	2qkmG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2qkmH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Dcp2, box A domain

结构域编号 domain_id	2qkmH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

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晶胞边长 a length_a	68.289 Å
晶胞边长 b length_b	161.443 Å
晶胞边长 c length_c	91.386 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2361
R_work r_work	0.2334
R_free r_free	0.2892

The crystal structure of fission yeast mRNA decapping enzyme Dcp1-Dcp2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPBC3B9.21 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SPAC19A8.12 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qkm__assembly_2__model_1

2qkm__assembly_2__model_1 | I(q)

2qkm__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of fission yeast mRNA decapping enzyme Dcp1-Dcp2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPBC3B9.21 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SPAC19A8.12 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qkm__assembly_2__model_1

2qkm__assembly_2__model_1 | I(q)

2qkm__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)