SAXSdb — 2ql2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic differentiation factor 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	Transcription factor E2-alpha × 1 ;DNA (5'-D(DTPDAPDGPDGPDCPDCPDAPDTPDCPDTPDGPDGPDTPDCPDCPDT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DAPDGPDGPDAPDCPDCPDAPDGPDAPDTPDGPDGPDCPDCPDTPDA)-3') ; × 1 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	Transcription factor E2-alpha × 1 ;DNA (5'-D(DTPDAPDGPDGPDCPDCPDAPDTPDCPDTPDGPDGPDTPDCPDCPDT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DAPDGPDGPDAPDCPDCPDAPDGPDAPDTPDGPDGPDCPDCPDTPDA)-3') ; × 1 water × 2	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	Transcription factor E2-alpha × 2 ;DNA (5'-D(DTPDAPDGPDGPDCPDCPDAPDTPDCPDTPDGPDGPDTPDCPDCPDT)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(DAPDGPDGPDAPDCPDCPDAPDGPDAPDTPDGPDGPDCPDCPDTPDA)-3') ; × 2 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDF1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–60； UniProt 102–160 作者链 D； PDB构建体 2–60； UniProt 102–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ql2
沉积日期 deposition_date	2007-07-12
结构标题 title	Crystal Structure of the basic-helix-loop-helix domains of the heterodimer E47/NeuroD1 bound to DNA
关键词 keywords	;basic-helix-loop-helix, protein-DNA complex, heterodimer, DNA-binding, Activator, Developmental protein, Differentiation, Neurogenesis, Nucleus, Phosphorylation, Transcription, Transcription regulation, Cytoplasm, Phosphoprotein, transcription-DNA COMPLEX ;; transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ql2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ql2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ql2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.94 Å
Rg（电子密度）	18.28 Å
总 Rg	18.99 Å
原子数	1532
残基数	147
排除体积	25145 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ql2__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ql2__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2ql2__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription factor E2-alpha
分子量 formula_weight	7141.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3092

RRMANNARERVRVRDINEAFRELGRMCQLHLKSDKAQTKLLILQQAVQVILGLEQQVRER

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Neurogenic differentiation factor 1
分子量 formula_weight	6986.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SRRMKANARERNRMHGLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDAPDGPDGPDCPDCPDAPDTPDCPDTPDGPDGPDTPDCPDCPDT)-3') ;
分子量 formula_weight	4865.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G

TAGGCCATCTGGTCCT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DAPDGPDGPDAPDCPDCPDAPDGPDAPDTPDGPDGPDCPDCPDTPDA)-3') ;
分子量 formula_weight	4932.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H

AGGACCAGATGGCCTA

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2ql2A00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	2ql2B00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	2ql2C00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	2ql2D00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	60.310 Å
晶胞边长 b length_b	169.540 Å
晶胞边长 c length_c	52.240 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	55.800 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2890

Crystal Structure of the basic-helix-loop-helix domains of the heterodimer E47/NeuroD1 bound to DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic differentiation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ql2__assembly_1__model_1

2ql2__assembly_1__model_1 | I(q)

2ql2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the basic-helix-loop-helix domains of the heterodimer E47/NeuroD1 bound to DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic differentiation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ql2__assembly_1__model_1

2ql2__assembly_1__model_1 | I(q)

2ql2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)