SAXSdb — 2qlu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Activin receptor type IIB

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 190–487	片段：Protein kinase domain	SO4 SULFATE ION × 2 ADE ADENINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；45mM MES, 90mM ammonium sulfate, 11% polyethylene glycol monomethyl ether 5000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2QLU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain 链 F 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 K 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain 链 L 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Q 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain 链 R 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 W 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain 链 X 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 e 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain 链 f 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
4FAO Specificity and Structure of a high affinity Activin-like 1 (ALK1) signaling complex 提交 2012-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 k 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain 链 l 19–134（116 aa）片段：Extracellular domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.36 Å R-free 0.261
5NGV CRYSTAL STRUCTURE OF THE Activin receptor type-2B LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH BIMAGRUMAB FV, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM 提交 2017-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–117（94 aa）片段：LIGAND BINDING domain	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.4；293 K；0.1M PHOSPHATE-CITRATE, 40% PEG 300	分辨率 2.00 Å R-free 0.198
5NHR CRYSTAL STRUCTURE OF THE Activin receptor type-2B LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH BIMAGRUMAB FV, CUBIC CRYSTAL FORM 提交 2017-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–117（94 aa）片段：VL, UNP residues 24-117	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；1.4M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CITRATE	分辨率 3.35 Å R-free 0.229
5NHR CRYSTAL STRUCTURE OF THE Activin receptor type-2B LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH BIMAGRUMAB FV, CUBIC CRYSTAL FORM 提交 2017-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 24–117（94 aa）片段：VL, UNP residues 24-117	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；1.4M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CITRATE	分辨率 3.35 Å R-free 0.229
7MRZ Structure of GDF11 bound to fused ActRIIB-ECD and Alk4-ECD with Anti-ActRIIB Fab fragment 提交 2021-05-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 19–134（116 aa）片段：Extracellular domains of both proteins in the fused construct	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 0.9M ammonium sulfate, 0.9 M KCl	分辨率 3.00 Å R-free 0.327
7OLY Structure of activin A in complex with an ActRIIB-Alk4 fusion reveal insight into activin receptor interactions 提交 2021-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 19–134（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；17.7 mg/ml complex in 20 mM HEPES, 200 mM NaCl pH 7.5. 100 + 100 nl sitting drop in a MRC 3-well plate with reservoir 0.1 M Na cacodylate pH 6.5 and 17 % (w/v) PEG 4000).	分辨率 3.27 Å R-free 0.269
9D20 Crystal structure of DLK1 in complex with ACVR2B 提交 2024-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 25–118（94 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 3 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；2.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES PH 7.6 and 2.5% polyethylene glycol (PEG) 400	分辨率 2.67 Å R-free 0.242
9D20 Crystal structure of DLK1 in complex with ACVR2B 提交 2024-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–118（94 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；2.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES PH 7.6 and 2.5% polyethylene glycol (PEG) 400	分辨率 2.67 Å R-free 0.242
9N4K CryoEM structure of ALK2-ActRIIB bound to BMP6 提交 2025-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–134（116 aa）链 F 19–134（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 BMA beta-D-mannopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50mM Tris-HCL, 100mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 7 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AVR2B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 17–314； UniProt 190–487

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qlu
沉积日期 deposition_date	2007-07-13
结构标题 title	Crystal structure of Activin receptor type II kinase domain from human
关键词 keywords	;TGF-beta, ActRIIB, serine/threonine kinase receptor, Alternative splicing, ATP-binding, Disease mutation, Glycoprotein, Magnesium, Manganese, Membrane, Metal-binding, Nucleotide-binding, Serine/threonine-protein kinase, Transferase, Transmembrane ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.31 Å
零角强度 I(0) i0	20773200.00
分子量 molecular_weight	34123.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42533 Å³
包络体积 envelope_volume	50160 Å³
水化壳体积 shell_volume	21398 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.9 Å
壳层 Rg shell_rg	26.14 Å
包络 Rg envelope_rg	19.74 Å
形状 Rg shape_rg	19.30 Å
总 Rg total_rg	20.26 Å
总原子数 total_atoms	2398
残基数 n_residues	297
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.3 Å
Rg (实空间) rg_real	20.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7996
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.281
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6491000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Activin receptor type IIB
分子量 formula_weight	35796.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.30
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2539

MHHHHHHSSGLVPRGSLQLLEIKARGRFGCVWKAQLMNDFVAVKIFPLQDKQSWQSEREIFSTPGMKHENLLQFIAAEKRGSNLEVELWLITAFHDKGSLTDYLKGNIITWNELCHVAETMSRGLSYLHEDVPWCRGEGHKPSIAHRDFKSKNVLLKSDLTAVLADFGLAVRFEPGKPPGDTHGQVGTRRYMAPEVLEGAINFQRDAFLRIDMYAMGLVLWELVSRCKAADGPVDEYMLPFEEEIGQHPSLEELQEVVVHKKMRPTIKDHWLKHPGLAQLCVTIEECWDHDAEARLSAGCVEERVSLIRRSVNG

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENINE
分子量 formula_weight	135.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	141

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2qlua1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2qlua2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2qluA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	2qluA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.217 Å
晶胞边长 b length_b	98.217 Å
晶胞边长 c length_c	71.345 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2830

fit	/app/data/saxs_computation/ql/2qlu/2qlu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ql/2qlu/2qlu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ql/2qlu/2qlu.dat

Crystal structure of Activin receptor type II kinase domain from human

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Activin receptor type IIB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction