2qmi

Structure of the octameric penicillin-binding protein homologue from Pyrococcus abyssi

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pbp related beta-lactamase

Pyrococcus abyssi

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	LUTETIUM (III) ION × 17 10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE 1,4,7-TRIACETIC ACID × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9V2D6_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–447； UniProt 1–447 作者链 B； PDB构建体 1–447； UniProt 1–447 作者链 C； PDB构建体 1–447； UniProt 1–447 作者链 D； PDB构建体 1–447； UniProt 1–447 作者链 E； PDB构建体 1–447； UniProt 1–447 作者链 F； PDB构建体 1–447； UniProt 1–447 作者链 G； PDB构建体 1–447； UniProt 1–447 作者链 H； PDB构建体 1–447； UniProt 1–447

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qmi
沉积日期 deposition_date	2007-07-16
结构标题 title	Structure of the octameric penicillin-binding protein homologue from Pyrococcus abyssi
关键词 keywords	PAB87, OCTAMER, LU-HPDO3A, PBP, ARCHAEA, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qmi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qmi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qmi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.32 Å
Rg（电子密度）	47.25 Å
总 Rg	48.12 Å
原子数	28514
残基数	3573
排除体积	517880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qmi__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pbp related beta-lactamase
分子量 formula_weight	50503.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	30882

MDVGKLESFIVEKMAERKVPGISISIIKDGDVVYAKGFGYRNVEARLPSTPETIYGIGSITKSFTALAIMKLVEEGGLSLDDPVEKFVNIKLRPFGEPVTVHHLLTHSSGIPSLGYAEAFIDGMVGGDNWLPVSTPEETIAFARDMEKWAVAKPGERFFYLNTGYVLLGKIIEKVSGVSYEEYIKKKILEPLGMNRSYFFKEEVEKDKDVAMGYILDKEGRLVPQPFPYGITADGGLLSSVLDLAKYLKMYIERDESIVSKEYIEKMETSYIKVPWEIFGGEGYGYGLIIYPNFLGEKLVGHSGSVGMYTGYIGYIPEKKIGVAVLENSSGYPPSYIAMYALALLLGKNPEKELPFIYRERILKKVEGRYMGYKGTIKFEVKVDGDVVYLRALGRAFTYTIPLFPEVLEEDFIKCYTLSNGRKMYAEFYIKDNKVDLIFERYRLIKS

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus abyssi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	LUTETIUM (III) ION
分子量 formula_weight	175.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE 1,4,7-TRIACETIC ACID
分子量 formula_weight	404.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2368

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	2qmiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	2qmiA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Pab87 octamerisation domain

结构域编号 domain_id	2qmiB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	2qmiB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Pab87 octamerisation domain

结构域编号 domain_id	2qmiC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	2qmiC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Pab87 octamerisation domain

结构域编号 domain_id	2qmiD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	2qmiD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Pab87 octamerisation domain

结构域编号 domain_id	2qmiE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	2qmiE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Pab87 octamerisation domain

结构域编号 domain_id	2qmiF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	2qmiF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Pab87 octamerisation domain

结构域编号 domain_id	2qmiG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	2qmiG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Pab87 octamerisation domain

结构域编号 domain_id	2qmiH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	2qmiH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Pab87 octamerisation domain

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晶胞边长 a length_a	100.940 Å
晶胞边长 b length_b	105.630 Å
晶胞边长 c length_c	112.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	72.17 °
晶胞夹角 β angle_beta	66.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	81.39 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2410

Structure of the octameric penicillin-binding protein homologue from Pyrococcus abyssi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pbp related beta-lactamase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qmi__assembly_1__model_1

2qmi__assembly_1__model_1 | I(q)

2qmi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the octameric penicillin-binding protein homologue from Pyrococcus abyssi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pbp related beta-lactamase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qmi__assembly_1__model_1

2qmi__assembly_1__model_1 | I(q)

2qmi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)