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2qqi

Crystal Structure of the b1b2 Domains from Human Neuropilin-1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-1

Homo sapiens

UniProt O14786

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 273–586 片段：F5/8 type C 1 and C 2 domains GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20% PEG 3350, 0.2 M Sodium Fluoride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 1.80 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2QQI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1KEX Crystal Structure of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 提交 2001-11-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa） 片段：b1 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；PEG 8000, MES, zinc acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.90 Å R-free 0.266
2QQM Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-1 提交 2007-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 141–586（446 aa） 片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains
未记录 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；0.1 M MES, 12% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 2.00 Å R-free 0.243
2QQN Neuropilin-1 b1 Domain in Complex with a VEGF-Blocking Fab 提交 2007-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 273–427（155 aa） 片段：F5/8 type C 1 domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；25% PEG 1500, 4% tert-butanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 2.20 Å R-free 0.207
3I97 B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229 提交 2009-07-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa） 片段：domain B1, F5/8 type C 1
未记录 8DR (S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 10% PEG 8K and 200 mM Zn(AcO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.90 Å R-free 0.282
3I97 B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229 提交 2009-07-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 273–427（155 aa） 片段：domain B1, F5/8 type C 1
未记录 8DR (S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 10% PEG 8K and 200 mM Zn(AcO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.90 Å R-free 0.282
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 274–429（156 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
链 B 274–429（156 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 274–429（156 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 274–429（156 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4RN5 B1 domain of human Neuropilin-1 with acetate ion in a ligand-binding site 提交 2014-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa） 片段：B1 domain (UNP residues 273-427)
未记录 ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；100mM MES, 200mM Zinc Acetate, 10% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.73 Å R-free 0.201
5C7G Crystal Structure of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in complex with a bicine molecule 提交 2015-06-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa） 片段：B1 DOMAIN, UNP residues 273-427
未记录 BCN BICINE × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG550 mme 5%, PEG 20 000, 60mM MgCl2, Na-Bicine 100 mM, pH 8.5
分辨率 1.45 Å R-free 0.172
5IJR X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-1 ligand. 提交 2016-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa） 片段：b1 domain, UNP residues 273-427
未记录 HRG L-HOMOARGININE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；28% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl
分辨率 1.52 Å R-free 0.213
5IJR X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-1 ligand. 提交 2016-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 273–427（155 aa） 片段：b1 domain, UNP residues 273-427
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；28% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl
分辨率 1.52 Å R-free 0.213
5IYY X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-4 ligand. 提交 2016-03-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa）
未记录 R40 N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-L-arginine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl
分辨率 1.60 Å R-free 0.187
5IYY X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-4 ligand. 提交 2016-03-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 273–427（155 aa）
未记录 R40 N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-L-arginine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl
分辨率 1.60 Å R-free 0.187
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa）
未记录 AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl
分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 273–427（155 aa）
未记录 AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl
分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 273–427（155 aa）
未记录 AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl
分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 273–427（155 aa）
未记录 AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl
分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5JGI X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with M45 compound 提交 2016-04-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；20% PEG3350+0.2 M NH4Cl
分辨率 1.38 Å R-free 0.169
5JGI X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with M45 compound 提交 2016-04-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 273–427（155 aa）
未记录 AAG N-ALPHA-L-ACETYL-ARGININE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；20% PEG3350+0.2 M NH4Cl
分辨率 1.38 Å R-free 0.169
5JGQ X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-7 ligand. 提交 2016-04-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa）
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18%PEG3350+0.2M NH4Cl
分辨率 1.60 Å R-free 0.193
5JGQ X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-7 ligand. 提交 2016-04-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 273–427（155 aa）
未记录 6JY N~2~-(benzenecarbonyl)-L-arginine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18%PEG3350+0.2M NH4Cl
分辨率 1.60 Å R-free 0.193
5JHK X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-6 ligand. 提交 2016-04-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa）
未记录 6K8 N-(benzenecarbonyl)glycyl-L-arginine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30%PEG3350+0,2M NH4Cl
分辨率 1.80 Å R-free 0.215
5JHK X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-6 ligand. 提交 2016-04-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 273–427（155 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30%PEG3350+0,2M NH4Cl
分辨率 1.80 Å R-free 0.215
5L73 MAM domain of human neuropilin-1 提交 2016-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 628–813（186 aa） 片段：UNP residues 628-813
链 B 628–813（186 aa） 片段：UNP residues 628-813
未记录 CA CALCIUM ION × 4 BCN BICINE × 2 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；0.06 M MgCl2 0.06 M CaCl2 0.1 M Tris (base), 0.1 M BICINE pH 8.0 12.5 % MPD 12.5 % PEG 1000 12.5 % w/v PEG 3350.
分辨率 2.24 Å R-free 0.228
6FMC Neuropilin1-b1 domain in complex with EG01377, 0.9 Angstrom structure 提交 2018-01-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa）
未记录 DUE (2~{S})-2-[[3-[[5-[4-(aminomethyl)phenyl]-1-benzofuran-7-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride
分辨率 0.90 Å R-free 0.132
6FMF Neuropilin-1 b1 domain in complex with EG01377; 2.8 Angstrom structure 提交 2018-01-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa）
未记录 DUE (2~{S})-2-[[3-[[5-[4-(aminomethyl)phenyl]-1-benzofuran-7-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 1 TFA trifluoroacetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride
分辨率 2.81 Å R-free 0.292
6TKK Neuropilin 1-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB186 peptide 提交 2019-11-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 273–427（155 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride
分辨率 1.06 Å R-free 0.149
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 273–427（155 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 273–427（155 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 273–427（155 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 273–427（155 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K
分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7O1N Crystal Structure of Human Neuropilin-1 b1 Domain mutant - Y297A 提交 2021-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 273–427（155 aa）
突变：Y297A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Precipitant of 20% PEG4000, 0.1M Tris (pH 8.5), 0.2M Lithium Sulfate. Protein concentration used is 10 mg/mL, mixed 1:1 with precipitant for hanging drop over reservoir of 1 mL.
分辨率 1.56 Å R-free 0.209
7P5U Neuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide 提交 2021-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 273–427（155 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10 to 30% PEG 3350 + 0.2 M ammonium chloride
分辨率 1.60 Å R-free 0.214
7P5U Neuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide 提交 2021-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 BBB 273–427（155 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10 to 30% PEG 3350 + 0.2 M ammonium chloride
分辨率 1.60 Å R-free 0.214
8C5G Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus) 提交 2023-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 271–586（316 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.04M Potassium phosphate monobasic 16 % w/v PEG 8000 20 % v/v Glycerol (JCSG Plus: D12)
分辨率 2.70 Å R-free 0.314
8C5G Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus) 提交 2023-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 271–586（316 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.04M Potassium phosphate monobasic 16 % w/v PEG 8000 20 % v/v Glycerol (JCSG Plus: D12)
分辨率 2.70 Å R-free 0.314
8PFE Crystal Structure of an Hexavariant of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in Complex with the KDKPPR Peptide 提交 2023-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 273–427（155 aa）
突变：E277K, E285K, D289K, E367K, K373E, K397E ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 ul protein + 0.3 ul crystallization solution (0.2 M ammonium citrate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 and 25% w/v PEG 3350, from JCSGplus); soaked in their mother liquor supplemented with 20% glycerol
分辨率 1.35 Å R-free 0.210
8PFE Crystal Structure of an Hexavariant of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in Complex with the KDKPPR Peptide 提交 2023-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 273–427（155 aa）
突变：E277K, E285K, D289K, E367K, K373E, K397E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 ul protein + 0.3 ul crystallization solution (0.2 M ammonium citrate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 and 25% w/v PEG 3350, from JCSGplus); soaked in their mother liquor supplemented with 20% glycerol
分辨率 1.35 Å R-free 0.210
9EOU Crystal Structure of the b1b2 domains from Human Neuropilin-1 in complex with a peptide. 提交 2024-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 273–586（314 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M sodium malonate pH 6.0, 9% w/v PEG 3350
分辨率 1.55 Å R-free 0.202
9F6B Human neuropilin-1 in a complex with a quinoline based antagonists 提交 2024-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 273–427（155 aa）
链 B 273–427（155 aa）
未记录 A1IAT (2~{S})-2-[[3-[[6-[3-(aminomethyl)phenyl]quinolin-8-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium Chloride, 14% PEG3350
分辨率 1.57 Å R-free 0.239

共 24 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NRP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–318； UniProt 273–586

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2qqi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2qqi
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2qqi
沉积日期 deposition_date2007-07-26
结构标题 titleCrystal Structure of the b1b2 Domains from Human Neuropilin-1
关键词 keywords;VEGF receptor, semaphorin receptor, Angiogenesis, Developmental protein, Differentiation, Glycoprotein, Heparan sulfate, Membrane, Neurogenesis, Proteoglycan, Secreted, Transmembrane, HORMONE, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.62 Å
零角强度 I(0) i022695300.00
分子量 molecular_weight35848.0 kDa
排除体积 excluded_volume44739 ų
包络体积 envelope_volume54692 ų
水化壳体积 shell_volume21126 ų
包络直径 envelope_diameter83.6 Å
壳层 Rg shell_rg28.47 Å
包络 Rg envelope_rg22.88 Å
形状 Rg shape_rg22.63 Å
总 Rg total_rg23.34 Å
总原子数 total_atoms2520
残基数 n_residues315
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.4 Å
Rg (实空间) rg_real23.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22690000.0000
解质量估计 total_estimate0.8511
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.2 Å
偏度 Skewness skewness0.451
峰度 Kurtosis kurtosis-0.362
角度范围 angular_range— – 0.3350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4976000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.852; Smooth: 0.951
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2qqia1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.2 — Discoidin domain (FA58C, coagulation factor 5/8 C-terminal domain)
结构域编号 domain_idd2qqia2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family familyb.18.1.2 — Discoidin domain (FA58C, coagulation factor 5/8 C-terminal domain)
结构域编号 domain_idd2qqia3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2qqiA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Galactose-binding domain-like
结构域编号 domain_id2qqiA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — Galactose-binding domain-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)