2qqm

Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 141–586	片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains	;alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；0.1 M MES, 12% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2QQM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KEX Crystal Structure of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 提交 2001-11-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）片段：b1 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；PEG 8000, MES, zinc acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.266
2QQI Crystal Structure of the b1b2 Domains from Human Neuropilin-1 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–586（314 aa）片段：F5/8 type C 1 and C 2 domains	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20% PEG 3350, 0.2 M Sodium Fluoride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.201
2QQN Neuropilin-1 b1 Domain in Complex with a VEGF-Blocking Fab 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 273–427（155 aa）片段：F5/8 type C 1 domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；25% PEG 1500, 4% tert-butanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.20 Å R-free 0.207
3I97 B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229 提交 2009-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）片段：domain B1, F5/8 type C 1	未记录	8DR (S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 10% PEG 8K and 200 mM Zn(AcO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
3I97 B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229 提交 2009-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）片段：domain B1, F5/8 type C 1	未记录	8DR (S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 10% PEG 8K and 200 mM Zn(AcO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 274–429（156 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain 链 B 274–429（156 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 274–429（156 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 274–429（156 aa）片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4RN5 B1 domain of human Neuropilin-1 with acetate ion in a ligand-binding site 提交 2014-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）片段：B1 domain (UNP residues 273-427)	未记录	ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；100mM MES, 200mM Zinc Acetate, 10% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.73 Å R-free 0.201
5C7G Crystal Structure of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in complex with a bicine molecule 提交 2015-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）片段：B1 DOMAIN, UNP residues 273-427	未记录	BCN BICINE × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG550 mme 5%, PEG 20 000, 60mM MgCl2, Na-Bicine 100 mM, pH 8.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.172
5IJR X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-1 ligand. 提交 2016-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）片段：b1 domain, UNP residues 273-427	未记录	HRG L-HOMOARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；28% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl	分辨率 1.52 Å R-free 0.213
5IJR X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-1 ligand. 提交 2016-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）片段：b1 domain, UNP residues 273-427	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；28% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl	分辨率 1.52 Å R-free 0.213
5IYY X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-4 ligand. 提交 2016-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	R40 N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
5IYY X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-4 ligand. 提交 2016-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	R40 N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30% w/v PEG3350, 0.2 M AmCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 273–427（155 aa）	未记录	AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5J1X X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-5 ligand. 提交 2016-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 273–427（155 aa）	未记录	AR5 N~2~-(tert-butoxycarbonyl)-L-arginine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18% w/v PEG3350, 0.2M NH4Cl	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
5JGI X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with M45 compound 提交 2016-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；20% PEG3350+0.2 M NH4Cl	分辨率 1.38 Å R-free 0.169
5JGI X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with M45 compound 提交 2016-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	AAG N-ALPHA-L-ACETYL-ARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；20% PEG3350+0.2 M NH4Cl	分辨率 1.38 Å R-free 0.169
5JGQ X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-7 ligand. 提交 2016-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18%PEG3350+0.2M NH4Cl	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
5JGQ X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-7 ligand. 提交 2016-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	6JY N~2~-(benzenecarbonyl)-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；18%PEG3350+0.2M NH4Cl	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
5JHK X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-6 ligand. 提交 2016-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	6K8 N-(benzenecarbonyl)glycyl-L-arginine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30%PEG3350+0,2M NH4Cl	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
5JHK X-ray structure of neuropilin-1 b1 domain complexed with Arg-6 ligand. 提交 2016-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293 K；30%PEG3350+0,2M NH4Cl	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
5L73 MAM domain of human neuropilin-1 提交 2016-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 628–813（186 aa）片段：UNP residues 628-813 链 B 628–813（186 aa）片段：UNP residues 628-813	未记录	CA CALCIUM ION × 4 BCN BICINE × 2 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；0.06 M MgCl2 0.06 M CaCl2 0.1 M Tris (base), 0.1 M BICINE pH 8.0 12.5 % MPD 12.5 % PEG 1000 12.5 % w/v PEG 3350.	分辨率 2.24 Å R-free 0.228
6FMC Neuropilin1-b1 domain in complex with EG01377, 0.9 Angstrom structure 提交 2018-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	DUE (2~{S})-2-[[3-[[5-[4-(aminomethyl)phenyl]-1-benzofuran-7-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride	分辨率 0.90 Å R-free 0.132
6FMF Neuropilin-1 b1 domain in complex with EG01377; 2.8 Angstrom structure 提交 2018-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	DUE (2~{S})-2-[[3-[[5-[4-(aminomethyl)phenyl]-1-benzofuran-7-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 1 TFA trifluoroacetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride	分辨率 2.81 Å R-free 0.292
6TKK Neuropilin 1-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB186 peptide 提交 2019-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16 % w/v PEG3350 and 200 mM ammonium chloride	分辨率 1.06 Å R-free 0.149
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–427（155 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K	分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 273–427（155 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K	分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 273–427（155 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K	分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7JJC Crystal structure of neuropilin-1 b1 domain in complex with SARS-CoV-2 S1 C-end rule (CendR) peptide 提交 2020-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 273–427（155 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5, 20% PEG 6K	分辨率 2.36 Å R-free 0.250
7O1N Crystal Structure of Human Neuropilin-1 b1 Domain mutant - Y297A 提交 2021-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 273–427（155 aa）	突变：Y297A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Precipitant of 20% PEG4000, 0.1M Tris (pH 8.5), 0.2M Lithium Sulfate. Protein concentration used is 10 mg/mL, mixed 1:1 with precipitant for hanging drop over reservoir of 1 mL.	分辨率 1.56 Å R-free 0.209
7P5U Neuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide 提交 2021-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 273–427（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10 to 30% PEG 3350 + 0.2 M ammonium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
7P5U Neuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide 提交 2021-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 BBB 273–427（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10 to 30% PEG 3350 + 0.2 M ammonium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
8C5G Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus) 提交 2023-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 271–586（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.04M Potassium phosphate monobasic 16 % w/v PEG 8000 20 % v/v Glycerol (JCSG Plus: D12)	分辨率 2.70 Å R-free 0.314
8C5G Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus) 提交 2023-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 271–586（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.04M Potassium phosphate monobasic 16 % w/v PEG 8000 20 % v/v Glycerol (JCSG Plus: D12)	分辨率 2.70 Å R-free 0.314
8PFE Crystal Structure of an Hexavariant of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in Complex with the KDKPPR Peptide 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–427（155 aa）	突变：E277K, E285K, D289K, E367K, K373E, K397E	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 ul protein + 0.3 ul crystallization solution (0.2 M ammonium citrate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 and 25% w/v PEG 3350, from JCSGplus); soaked in their mother liquor supplemented with 20% glycerol	分辨率 1.35 Å R-free 0.210
8PFE Crystal Structure of an Hexavariant of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in Complex with the KDKPPR Peptide 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 273–427（155 aa）	突变：E277K, E285K, D289K, E367K, K373E, K397E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.3 ul protein + 0.3 ul crystallization solution (0.2 M ammonium citrate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 and 25% w/v PEG 3350, from JCSGplus); soaked in their mother liquor supplemented with 20% glycerol	分辨率 1.35 Å R-free 0.210
9EOU Crystal Structure of the b1b2 domains from Human Neuropilin-1 in complex with a peptide. 提交 2024-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–586（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M sodium malonate pH 6.0, 9% w/v PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.202
9F6B Human neuropilin-1 in a complex with a quinoline based antagonists 提交 2024-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 273–427（155 aa）链 B 273–427（155 aa）	未记录	A1IAT (2~{S})-2-[[3-[[6-[3-(aminomethyl)phenyl]quinolin-8-yl]sulfonylamino]thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium Chloride, 14% PEG3350	分辨率 1.57 Å R-free 0.239

共 24 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–450； UniProt 141–586

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qqm
沉积日期 deposition_date	2007-07-26
结构标题 title	Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-1
关键词 keywords	;VEGF receptor, semaphorin receptor, calcium-binding domain, Angiogenesis, Developmental protein, Differentiation, Glycoprotein, Heparan sulfate, Membrane, Neurogenesis, Proteoglycan, Secreted, Transmembrane, HORMONE, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.86 Å
零角强度 I(0) i0	43564700.00
分子量 molecular_weight	50650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63245 Å³
包络体积 envelope_volume	76414 Å³
水化壳体积 shell_volume	26839 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.2 Å
壳层 Rg shell_rg	30.92 Å
包络 Rg envelope_rg	24.02 Å
形状 Rg shape_rg	23.86 Å
总 Rg total_rg	24.69 Å
总原子数 total_atoms	3557
残基数 n_residues	436
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.5 Å
Rg (实空间) rg_real	24.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7564
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.175
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.568
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9033000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neuropilin-1
分子量 formula_weight	50744.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3754

GSHMFKRGPECSQNYTTPSGVIKSPGFPEKYPNSLECTYIVFAPKMSEIILEFESFDLEPDSNPPGGMFCRYDRLEIWDGFPDVGPHIGRYCGQKTPGRIRSSSGILSMVFYTDSAIAKEGFSANYSVLQSSVSEDFKCMEALGMESGEIHSDQITASSQYSTNWSAERSRLNYPENGWTPGEDSYREWIQVDLGLLRFVTAVGTQGAISKETKKKYYVKTYKIDVSSNGEDWITIKEGNKPVLFQGNTNPTDVVVAVFPKPLITRFVRIKPATWETGISMRFEVYGCKITDYPCSGMLGMVSGLISDSQITSSNQGDRNWMPENIRLVTSRSGWALPPAPHSYINEWLQIDLGEEKIVRGIIIQGGKHRENKVFMRKFKIGYSNNGSDWKMIMDDSKRKAKSFEGNNNYDTPELRTFPALSTRFIRIYPERATHGGLGLRMELLGCEVE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	716.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	194

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2qqma1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.2 — Discoidin domain (FA58C, coagulation factor 5/8 C-terminal domain)

结构域编号 domain_id	d2qqma2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.2 — Discoidin domain (FA58C, coagulation factor 5/8 C-terminal domain)

结构域编号 domain_id	d2qqma3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.23 — CUB-like
超家族 Superfamily superfamily	b.23.1 — Spermadhesin, CUB domain
家族 Family family	b.23.1.1 — Spermadhesin, CUB domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2qqmA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	290 — Spermadhesin, CUB domain

结构域编号 domain_id	2qqmA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	2qqmA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.177 Å
晶胞边长 b length_b	68.178 Å
晶胞边长 c length_c	66.613 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1860
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2430

fit	/app/data/saxs_computation/qq/2qqm/2qqm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qq/2qqm/2qqm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qq/2qqm/2qqm.dat