2qqp

Crystal Structure of Authentic Providence Virus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

p81

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 480 RNA 60	;RNA (5'-R(UPUPUPU)-3') ; × 60 CALCIUM ION × 120 water × 240	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 8 RNA 1	;RNA (5'-R(UPUPUPU)-3') ; × 1 CALCIUM ION × 2 water × 4	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 40 RNA 5	;RNA (5'-R(UPUPUPU)-3') ; × 5 CALCIUM ION × 10 water × 20	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 48 RNA 6	;RNA (5'-R(UPUPUPU)-3') ; × 6 CALCIUM ION × 12 water × 24	与全部聚合物一致
5	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 8 RNA 1	;RNA (5'-R(UPUPUPU)-3') ; × 1 CALCIUM ION × 2 water × 4	与全部聚合物一致
6	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 240 RNA 30	;RNA (5'-R(UPUPUPU)-3') ; × 30 CALCIUM ION × 60 water × 120	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q80IX5_PRVFL
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–556； UniProt 124–679 作者链 C； PDB构建体 1–556； UniProt 124–679 作者链 E； PDB构建体 1–556； UniProt 124–679 作者链 G； PDB构建体 1–556； UniProt 124–679 作者链 B； PDB构建体 1–75； UniProt 680–754 作者链 D； PDB构建体 1–75； UniProt 680–754 作者链 F； PDB构建体 1–75； UniProt 680–754 作者链 H； PDB构建体 1–75； UniProt 680–754

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qqp
沉积日期 deposition_date	2007-07-26
结构标题 title	Crystal Structure of Authentic Providence Virus
关键词 keywords	;virus, capsid, coat protein, protein-RNA complex, beta barrel, Ig-like domain, tetravirus, tetraviridae, icosahedral virus, quasiequivalence, auto-catalytic cleavage, auto proteolysis ;; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qqp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qqp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qqp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	164.30 Å
总 Rg	164.30 Å
原子数	997680
残基数	131400
排除体积	17661000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qqp__assembly_1__model_1`	540-MERIC （540）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2qqp__assembly_2__model_1`	nonameric （9）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`2qqp__assembly_3__model_1`	45-meric （45）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`2qqp__assembly_4__model_1`	54-meric （54）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`2qqp__assembly_5__model_1`	nonameric （9）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`2qqp__assembly_6__model_1`	270-meric （270）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	p81
分子量 formula_weight	60696.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	16634

PQMTRENKAPNMSVRAQNVTVSNSRRRRRKNRKPRKQVEQATILKPQLLPGESVAPSGGRGTMDPPVHEICAQSIDPSEGAVGWFYKYMDPAGAVESGKALGEFSKVPDGLLRYSVDAEQRPIVTIECPTVSESDLPLDGKLWRVSFISFPAFRLNFIALANINNEALTLETRNTFIQTLNNITNWRDLGTGQWAQFAPGWYYSIYVLPNTYAMAEIGDRTDSVTQFRKVYKGITFEFNAPTLIDQGWWVGAHIPVKPQSETIPAAERFSAGSMTVSASNAIFQPSNTVARIVWSITPLPVATVALTTGTGGTNNTSGKFFSVEIDGNVNSVWTFTAPASILAEGEPFAEEGDTTSFSMTTITADTVVYSVSSSLTGSSVIVRGVTKGSGVSITPVTVGIDTEAVNRLSIEMPALTTEEVTTNVPKYEQFLCKESGGAYIVHYKMNNPVFEMTGEENFGGFQFHYPGYDPENNALGLRGIVDTFENNFSSAVVHFWGISQSATIVCKTYDGWEGTTNAGSTVGQFAHTGAEEEDEVVQLANRLQMELTGVYQADDN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	p81
分子量 formula_weight	7447.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

FAGTVSALASIGLGLLGKSSATPSVIKGIAQQAVGAVQANPGILEGAVKAIGSVGARLVGSIKARRARRRARRAK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	1179.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

UUUU

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	2qqpA01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	350 — V-type ATP synthase subunit C fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2qqpA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2qqpA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4260 —

结构域编号 domain_id	2qqpC01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	350 — V-type ATP synthase subunit C fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2qqpC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2qqpC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4260 —

结构域编号 domain_id	2qqpD00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 —

结构域编号 domain_id	2qqpE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1690 — V-type ATP synthase subunit C fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2qqpE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2qqpE03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4260 —

结构域编号 domain_id	2qqpG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1690 — V-type ATP synthase subunit C fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2qqpG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2qqpG03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4260 —

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晶胞边长 a length_a	659.790 Å
晶胞边长 b length_b	434.070 Å
晶胞边长 c length_c	415.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	126.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	480

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.420 Å
R 因子 r_factor	0.2850
R_work r_work	0.2850
R_free r_free	—

Crystal Structure of Authentic Providence Virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

p81

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qqp__assembly_1__model_1

2qqp__assembly_1__model_1 | I(q)

2qqp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal Structure of Authentic Providence Virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

p81

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qqp__assembly_1__model_1

2qqp__assembly_1__model_1 | I(q)

2qqp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (2)