2qr1

Crystal structure of the adenylate sensor from AMP-activated protein kinase in complex with ADP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SNF1-like protein kinase ssp2

Schizosaccharomyces pombe

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SPCC1919.03c protein × 1 （P78789） Protein C1556.08c × 1 （Q10343） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SPCC1919.03c protein × 1 （P78789） Protein C1556.08c × 1 （Q10343） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	SPCC1919.03c protein × 2 （P78789） Protein C1556.08c × 2 （Q10343） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNF1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–137； UniProt 440–576 作者链 C； PDB构建体 1–137； UniProt 440–576

SPCC1919.03c protein

Schizosaccharomyces pombe

UniProt P78789

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SNF1-like protein kinase ssp2 × 1 （O74536） Protein C1556.08c × 1 （Q10343） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SNF1-like protein kinase ssp2 × 1 （O74536） Protein C1556.08c × 1 （Q10343） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	SNF1-like protein kinase ssp2 × 2 （O74536） Protein C1556.08c × 2 （Q10343） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P78789_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–97； UniProt 203–298 作者链 D； PDB构建体 2–97； UniProt 203–298

Protein C1556.08c

Schizosaccharomyces pombe

UniProt Q10343

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SNF1-like protein kinase ssp2 × 1 （O74536） SPCC1919.03c protein × 1 （P78789） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SNF1-like protein kinase ssp2 × 1 （O74536） SPCC1919.03c protein × 1 （P78789） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	SNF1-like protein kinase ssp2 × 2 （O74536） SPCC1919.03c protein × 2 （P78789） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YL28_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–334； UniProt 3–334 作者链 G； PDB构建体 3–334； UniProt 3–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qr1
沉积日期 deposition_date	2007-07-27
结构标题 title	Crystal structure of the adenylate sensor from AMP-activated protein kinase in complex with ADP
关键词 keywords	AMPK, ADP, ATP-binding, Kinase, Nucleotide-binding, Serine/threonine-protein kinase, Transferase, CBS domain; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qr1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qr1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qr1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.34 Å
Rg（电子密度）	26.81 Å
总 Rg	27.52 Å
原子数	4247
残基数	531
排除体积	76179 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qr1__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2qr1__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2qr1__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SNF1-like protein kinase ssp2
分子量 formula_weight	15903.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8544

SQSTRKKSRRNKWHFGVRCRGDAPEILLAVYRALQRAGAQFTVPKPVNGKYRSDMYTIKSRWEIPHCKREGKNTYAYIELQLYEVMPGCFMLDVKSNGYKDIYSHPERTADHGMDDLKSSFPFLDLCAMLVCKLFSA

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SPCC1919.03c protein
分子量 formula_weight	10865.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MSESEQYSTEIPAFLTSNTLQELKLPKPPSLPPHLEKCILNSNTAYKEDQSVLPNPNHVLLNHLAAANTQLGVLALSATTRYHRKYVTTAMFKNFDV

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein C1556.08c
分子量 formula_weight	37436.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,E

AMDVQETQKGALKEIQAFIRSRTSYDVLPTSFRLIVFDVTLFVKTSLSLLTLNNIVSAPLWDSEANKFAGLLTMADFVNVIKYYYQSSSFPEAIAEIDKFRLLGLREVERKIGAIPPETIYVHPMHSLMDACLAMSKSRARRIPLIDVDGETGSEMIVSVLTQYRILKFISMNCKETAMLRVPLNQMTIGTWSNLATASMETKVYDVIKMLAEKNISAVPIVNSEGTLLNVYESVDVMHLIQDGDYSNLDLSVGEALLKRPANFDGVHTCRATDRLDGIFDAIKHSRVHRLFVVDENLKLEGILSLADILNYIIYDKTTTPGVPEQTDNFESAV

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	79

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d2qr1a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.6 — KA1-like
家族 Family family	d.129.6.2 — Ssp2 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qr1b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.353 — AMPKBI-like
超家族 Superfamily superfamily	d.353.1 — AMPKBI-like
家族 Family family	d.353.1.1 — AMPKBI-like

结构域编号 domain_id	d2qr1c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.6 — KA1-like
家族 Family family	d.129.6.2 — Ssp2 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qr1d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.353 — AMPKBI-like
超家族 Superfamily superfamily	d.353.1 — AMPKBI-like
家族 Family family	d.353.1.1 — AMPKBI-like

结构域编号 domain_id	d2qr1e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.1 — CBS-domain pair

结构域编号 domain_id	d2qr1e2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.1 — CBS-domain pair

结构域编号 domain_id	d2qr1g1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.1 — CBS-domain pair

结构域编号 domain_id	d2qr1g2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.1 — CBS-domain pair

结构域编号 domain_id	d2qr1g3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2qr1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Kinase associated domain 1, KA1

结构域编号 domain_id	2qr1B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	290 —

结构域编号 domain_id	2qr1C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Kinase associated domain 1, KA1

结构域编号 domain_id	2qr1D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	290 —

结构域编号 domain_id	2qr1E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	580 — CBS-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CBS-domain

结构域编号 domain_id	2qr1E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	580 — CBS-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CBS-domain

结构域编号 domain_id	2qr1G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	580 — CBS-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CBS-domain

结构域编号 domain_id	2qr1G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	580 — CBS-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CBS-domain

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晶胞边长 a length_a	168.293 Å
晶胞边长 b length_b	78.087 Å
晶胞边长 c length_c	108.553 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	124.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	48.280 Å
R 因子 r_factor	0.2106
R_work r_work	0.2064
R_free r_free	0.2894

Crystal structure of the adenylate sensor from AMP-activated protein kinase in complex with ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SNF1-like protein kinase ssp2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SPCC1919.03c protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein C1556.08c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qr1__assembly_1__model_1

2qr1__assembly_1__model_1 | I(q)

2qr1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the adenylate sensor from AMP-activated protein kinase in complex with ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SNF1-like protein kinase ssp2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SPCC1919.03c protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein C1556.08c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qr1__assembly_1__model_1

2qr1__assembly_1__model_1 | I(q)

2qr1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)