2qrw

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis trHbO WG8F mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin-like protein HbO

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CYANIDE ION × 2 SULFATE ION × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CYANIDE ION × 2 SULFATE ION × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CYANIDE ION × 2 SULFATE ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CYANIDE ION × 2 SULFATE ION × 5 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CYANIDE ION × 2 SULFATE ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CYANIDE ION × 2 SULFATE ION × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CYANIDE ION × 4 SULFATE ION × 7 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 4	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CYANIDE ION × 4 SULFATE ION × 11 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 4	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CYANIDE ION × 4 SULFATE ION × 5 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLBO_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 B； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 C； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 D； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 E； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 F； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 G； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 H； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 I； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 J； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 K； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 L； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qrw
沉积日期 deposition_date	2007-07-30
结构标题 title	Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis trHbO WG8F mutant
关键词 keywords	;truncated hemoglobin fold, alpha helix, Heme, Hydroxylation, Iron, Membrane, Metal-binding, Oxygen transport, Transport, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qrw__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qrw__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qrw__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.25 Å
Rg（电子密度）	21.18 Å
总 Rg	22.00 Å
原子数	2187
残基数	253
排除体积	38262 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qrw__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2qrw__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2qrw__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2qrw__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2qrw__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2qrw__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`2qrw__assembly_7__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`2qrw__assembly_8__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`2qrw__assembly_9__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemoglobin-like protein HbO
分子量 formula_weight	14932.8 kDa
突变 mutation	W88F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	15001

MPKSFYDAVGGAKTFDAIVSRFYAQVAEDEVLRRVYPEDDLAGAEERLRMFLEQYWGGPRTYSEQRGHPRLRMRHAPFRISLIERDAFLRCMHTAVASIDSETLDDEHRRELLDYLEMAAHSLVNSPF

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CYANIDE ION
分子量 formula_weight	26.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1696

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2qrwa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

结构域编号 domain_id	d2qrwl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.1 — Truncated hemoglobin

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2qrwA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2qrwL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

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晶胞边长 a length_a	187.312 Å
晶胞边长 b length_b	187.312 Å
晶胞边长 c length_c	274.467 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	192

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1775
R_work r_work	0.1756
R_free r_free	0.2147

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis trHbO WG8F mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin-like protein HbO

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qrw__assembly_6__model_1

2qrw__assembly_6__model_1 | I(q)

2qrw__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis trHbO WG8F mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin-like protein HbO

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qrw__assembly_6__model_1

2qrw__assembly_6__model_1 | I(q)

2qrw__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)