SAXSdb — 2qt9

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 9	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SODIUM ION × 1 ;(2S,3S)-3-AMINO-4-[(3S)-3-FLUOROPYRROLIDIN-1-YL]-N,N-DIMETHYL-4-OXO-2-(TRANS-4-[1,2,4]TRIAZOLO[1,5-A]PYRIDIN-5-YLCYCLOH EXYL)BUTANAMIDE ; × 2 water × 9	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPP4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–766； UniProt 1–766 作者链 B； PDB构建体 1–766； UniProt 1–766

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qt9
沉积日期 deposition_date	2007-08-01
结构标题 title	Human dipeptidyl peptidase iv/cd26 in complex with a 4-aryl cyclohexylalanine inhibitor
关键词 keywords	;ALPHA/BETA, BETA-PROPELLER, DIMER, Aminopeptidase, Glycoprotein, Hydrolase, Membrane, Protease, Secreted, Serine protease, Signal-anchor, Transmembrane ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qt9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qt9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qt9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.31 Å
Rg（电子密度）	38.94 Å
总 Rg	39.47 Å
原子数	12329
残基数	1456
排除体积	218530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qt9__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dipeptidyl peptidase 4
分子量 formula_weight	88381.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.5
突变 mutation	T39S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13633

MKTPWKVLLGLLGAAALVTIITVPVVLLNKGTDDATADTRKTYTLTDYLKNTYRLKLYSLRWISDHEYLYKQENNILVFNAEYGNSSVFLENSTFDEFGHSINDYSISPDGQFILLEYNYVKQWRHSYTASYDIYDLNKRQLITEERIPNNTQWVTWSPVGHKLAYVWNNDIYVKIEPNLPSYRITWTGKEDIIYNGITDWVYEEEVFSAYSALWWSPNGTFLAYAQFNDTEVPLIEYSFYSDESLQYPKTVRVPYPKAGAVNPTVKFFVVNTDSLSSVTNATSIQITAPASMLIGDHYLCDVTWATQERISLQWLRRIQNYSVMDICDYDESSGRWNCLVARQHIEMSTTGWVGRFRPSEPHFTLDGNSFYKIISNEEGYRHICYFQIDKKDCTFITKGTWEVIGIEALTSDYLYYISNEYKGMPGGRNLYKIQLSDYTKVTCLSCELNPERCQYYSVSFSKEAKYYQLRCSGPGLPLYTLHSSVNDKGLRVLEDNSALDKMLQNVQMPSKKLDFIILNETKFWYQMILPPHFDKSKKYPLLLDVYAGPCSQKADTVFRLNWATYLASTENIIVASFDGRGSGYQGDKIMHAINRRLGTFEVEDQIEAARQFSKMGFVDNKRIAIWGWSYGGYVTSMVLGSGSGVFKCGIAVAPVSRWEYYDSVYTERYMGLPTPEDNLDHYRNSTVMSRAENFKQVEYLLIHGTADDNVHFQQSAQISKALVDVGVDFQAMWYTDEDHGIASSTAHQHIYTHMSHFIKQCFSLP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;(2S,3S)-3-AMINO-4-[(3S)-3-FLUOROPYRROLIDIN-1-YL]-N,N-DIMETHYL-4-OXO-2-(TRANS-4-[1,2,4]TRIAZOLO[1,5-A]PYRIDIN-5-YLCYCLOH EXYL)BUTANAMIDE ;
分子量 formula_weight	430.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1304

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2qt9a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family family	b.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qt9a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2qt9b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family family	b.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2qt9b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2qt9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2qt9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2qt9B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2qt9B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

▶

晶胞边长 a length_a	117.697 Å
晶胞边长 b length_b	126.072 Å
晶胞边长 c length_c	136.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2290

Human dipeptidyl peptidase iv/cd26 in complex with a 4-aryl cyclohexylalanine inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qt9__assembly_1__model_1

2qt9__assembly_1__model_1 | I(q)

2qt9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Human dipeptidyl peptidase iv/cd26 in complex with a 4-aryl cyclohexylalanine inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qt9__assembly_1__model_1

2qt9__assembly_1__model_1 | I(q)

2qt9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)