2qug

Crystal structure of alpha-1-antitrypsin, crystal form A

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1-antitrypsin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–418	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；29% PEG 3350, 400 mM NaF, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2QUG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ATU UNCLEAVED ALPHA-1-ANTITRYPSIN 提交 1997-05-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 45–418（374 aa）	突变：F51L, T59A, T68A, A70G, M374I, S381A, K387R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.70 Å
1D5S CRYSTAL STRUCTURE OF CLEAVED ANTITRYPSIN POLYMER 提交 1999-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 44–377（334 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT 链 B 378–418（41 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT	突变：M358R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；PEG 4000 sodium citrate buffer t-butanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.262
1EZX CRYSTAL STRUCTURE OF A SERPIN:PROTEASE COMPLEX 提交 2000-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 48–382（335 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT OF PROTEOLYTIC CLEAVAGE AT MET358-SER359 链 B 383–418（36 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT OF PROTEOLYTIC CLEAVAGE AT MET358-SER359	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 3350, sodium citrate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
1HP7 A 2.1 ANGSTROM STRUCTURE OF AN UNCLEAVED ALPHA-1-ANTITRYPSIN SHOWS VARIABILITY OF THE REACTIVE CENTER AND OTHER LOOPS 提交 2000-12-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–418（394 aa）	突变：A70G	ZN ZINC ION × 5 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.273
1HP7 A 2.1 ANGSTROM STRUCTURE OF AN UNCLEAVED ALPHA-1-ANTITRYPSIN SHOWS VARIABILITY OF THE REACTIVE CENTER AND OTHER LOOPS 提交 2000-12-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–418（394 aa）	突变：A70G	ZN ZINC ION × 10 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.273
1HP7 A 2.1 ANGSTROM STRUCTURE OF AN UNCLEAVED ALPHA-1-ANTITRYPSIN SHOWS VARIABILITY OF THE REACTIVE CENTER AND OTHER LOOPS 提交 2000-12-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–418（394 aa）	突变：A70G	ZN ZINC ION × 10 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.273
1IZ2 Interactions causing the kinetic trap in serpin protein folding 提交 2002-09-19	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–418（394 aa）	突变：F51L/T59A/T68A/A70G/R101H/V364A/M374I/E376D/S381A/K387R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；Ammonium Sulfate 1.8M, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
1KCT ALPHA1-ANTITRYPSIN 提交 1996-08-06	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–418（394 aa）	突变：T59A, T68A, A70G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 3.46 Å
1OO8 CRYSTAL STRUCTURE OF A1PI-PITTSBURGH IN THE NATIVE CONFORMATION 提交 2003-03-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）片段：RESIDUES 26-418	突变：F51L, T59A, T68A, A70G, C232S, M358R, M374I, S381A, K387R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；292 K；0.2M TRI-POTASSIUM CITRATE, 20% PEG-3350, pH 6.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K	分辨率 2.65 Å R-free 0.193
1OPH NON-COVALENT COMPLEX BETWEEN ALPHA-1-PI-PITTSBURGH AND S195A TRYPSIN 提交 2003-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–418（393 aa）片段：alpha-1-antitrypsin (RESIDUES 26-418)	突变：F51L, T59A, T68A, A70G, C232S, M358R, M274I, S381A, K387R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；0.2 M tri-K-citrate, 17.5% PEG 3350, 2% GLYCEROL, pH 8.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
1OPH NON-COVALENT COMPLEX BETWEEN ALPHA-1-PI-PITTSBURGH AND S195A TRYPSIN 提交 2003-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–418（393 aa）片段：alpha-1-antitrypsin (RESIDUES 26-418)	突变：F51L, T59A, T68A, A70G, C232S, M358R, M274I, S381A, K387R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；291 K；0.2 M tri-K-citrate, 17.5% PEG 3350, 2% GLYCEROL, pH 8.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
1PSI Intact recombined alpha1-antitrypsin mutant PHE 51 to LEU 提交 1996-06-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：F51L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；24% PEG, 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M TRIS.HCL, PH 6.0, 0.002 M FESO4, 25 DEG CELSIUS	分辨率 2.92 Å R-free 0.288
1QLP 2.0 ANGSTROM STRUCTURE OF INTACT ALPHA-1-ANTITRYPSIN: A CANONICAL TEMPLATE FOR ACTIVE SERPINS 提交 1999-09-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；24% PEG 4000, 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL PH 6.0, 2MM FESO4.7H20	分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1QMB Cleaved alpha-1-antitrypsin polymer 提交 1999-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 49–69（21 aa）片段：RESIDUES 49-69,71-302,304-376 链 A 71–302（232 aa）片段：RESIDUES 49-69,71-302,304-376 链 A 304–376（73 aa）片段：RESIDUES 49-69,71-302,304-376 链 B 377–418（42 aa）片段：RESIDUES 377-418	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.2M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1M TRIS, PH 8.5, 30% PEG 400	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
2D26 Active site distortion is sufficient for proteinase inhibit second crystal structure of covalent serpin-proteinase complex 提交 2005-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–382（358 aa）片段：residues 1-358 链 B 383–418（36 aa）片段：residues 359-394	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；291 K；PEG3350, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312
3CWL Crystal structure of alpha-1-antitrypsin, crystal form B 提交 2008-04-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–418（394 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；295 K；27% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K, pH 8.40	分辨率 2.44 Å R-free 0.264
3CWM Crystal structure of alpha-1-antitrypsin complexed with citrate 提交 2008-04-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–418（394 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；295 K；27% PEG 4000, 0.2M Sodium Acetate, 100mM Tris-HCl, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K	分辨率 2.51 Å R-free 0.271
3DRM 2.2 Angstrom Crystal Structure of Thr114Phe Alpha1-Antitrypsin 提交 2008-07-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：T114F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Li2SO4, Tris/HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
3DRU Crystal Structure of Gly117Phe Alpha1-Antitrypsin 提交 2008-07-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：G117F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Li2SO4, Tris/HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.290
3DRU Crystal Structure of Gly117Phe Alpha1-Antitrypsin 提交 2008-07-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–418（393 aa）	突变：G117F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Li2SO4, Tris/HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.290
3DRU Crystal Structure of Gly117Phe Alpha1-Antitrypsin 提交 2008-07-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 26–418（393 aa）	突变：G117F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Li2SO4, Tris/HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.290
3NDD Cleaved antitrypsin with P10 Pro, and P9-P6 Asp 提交 2010-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 46–382（337 aa）片段：P1 cleaved antitrypsin, nterm, UNP residues 46-382 链 B 383–418（36 aa）片段：P1 cleaved antitrypsin, cterm, UNP residues 383-418	突变：C232A, G349P, A350D, M351D, F352D, L353D, M358R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；0.1M MES/NaOH, 30% PEG 400, 35% glycerol, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.211
3NDF Cleaved antitrypsin with P8-P6 Asp 提交 2010-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 46–382（337 aa）片段：P1 cleaved antitrypsin, nterm, UNP residues 46-382 链 B 383–418（36 aa）片段：P1 cleaved antitrypsin, cterm, UNP residues 383-418	突变：C232A, M351D, F352D, L353D, M358R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；295 K；0.12M Alcohols (Morpheus), 0.1M Buffer 1, 13.3% PEG 550MME, 6.6% PEG 20000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3NE4 1.8 Angstrom structure of intact native wild-type alpha-1-antitrypsin 提交 2010-06-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 48–418（371 aa）片段：UNP residues 48-418	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MMT Buffer, 20 % PEG 1500 and N-[4-hydroxy-3-methyl-5- [(1H-1,2,4,5-tetrazol-3-yl)sulfanyl] phenyl]-4-methylbenzenesulfonamide, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.81 Å R-free 0.233
3T1P Crystal structure of an alpha-1-antitrypsin trimer 提交 2011-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 48–418（371 aa）片段：unp residues 48-418	突变：C256S, S316C, T363C, M382R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% (w/w) ethanol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.90 Å R-free 0.297
4PYW 1.92 angstrom crystal structure of A1AT:TTAI ternary complex 提交 2014-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–418（393 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；26% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.91 Å R-free 0.225
5IO1 CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN Z ALPHA-1-ANTITRYPSIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–418（390 aa）片段：UNP residues 29-418	突变：E342L, T345C, M358A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；293 K；20-30% PEG8000, 0.2M NACL, 0.1M MES, PH 6.5, EVAPORATION, TEMPERATURE 298K	分辨率 3.34 Å R-free 0.275
5IO1 CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN Z ALPHA-1-ANTITRYPSIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–418（390 aa）片段：UNP residues 29-418	突变：E342L, T345C, M358A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；293 K；20-30% PEG8000, 0.2M NACL, 0.1M MES, PH 6.5, EVAPORATION, TEMPERATURE 298K	分辨率 3.34 Å R-free 0.275
5NBU Crystal structure of native alpha-1-antitrypsin with seven stabilising mutations 提交 2017-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–418（376 aa）	突变：F51L, T59A, T68A, A70G, C232S, M374I, S381A, K387R	GOL GLYCEROL × 2 OXM OXAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000, carboxylic acid mixture	分辨率 1.67 Å R-free 0.228
5NBV Crystal structure of native alpha-1-antitrypsin with seven stabilising mutations 提交 2017-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–418（376 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000, carboxylic acid mixture	分辨率 1.73 Å R-free 0.259
6HX4 Fab fragment of a native monomer-selective antibody in complex with alpha-1-antitrypsin 提交 2018-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–418（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；15% PEG 4000, 0.1M sodium cacodylate pH 6	分辨率 2.95 Å R-free 0.277
6HX4 Fab fragment of a native monomer-selective antibody in complex with alpha-1-antitrypsin 提交 2018-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 24–418（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；15% PEG 4000, 0.1M sodium cacodylate pH 6	分辨率 2.95 Å R-free 0.277
6I3Z Fab fragment of an antibody selective for wild-type alpha-1-antitrypsin in complex with its antigen 提交 2018-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–377（352 aa）链 B 378–418（41 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；20% PEG 3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.307
6I4V Alpha-1-antitrypsin Queen's (K154N) variant 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：K154N	GLY GLYCINE × 2 H3B 3-trimethylsilylpropane-1-sulfonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；20% PEG 1500, 0.1M SPG (succinate-phosphate-glycine), 0.5mM DSS (4,4-dimethyl-4-silapentane-1-sulfonic acid)	分辨率 1.78 Å R-free 0.213
6I7U Alpha-1-antitrypsin (Ala250Met) in the native conformation 提交 2018-11-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：A250M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% PEG 1500, 0.1M SPG (succinate-phosphate-glycine) pH 5.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.211
6IAY Alpha-1-antitrypsin Queen's (Lys154Asn) variant 提交 2018-11-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：K154N	GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；22.5% PEG 1500, 0.1M SPG (succinate-phosphate-glycine) pH 5.75	分辨率 1.90 Å R-free 0.241
6ROD Alpha-1-antitrypsin (Ser36Arg/Glu78Arg/Glu266Arg) in the native conformation 提交 2019-05-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：S36R, E78R, E266R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；293 K；22.5% PEG 1500, 0.1M SPG (succinate-phosphate-glycine) pH 5.25	分辨率 1.85 Å R-free 0.223
7AEL alpha 1-antitrypsin (C232S) complexed with GSK716 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 26–418（393 aa）	未记录	R7Z ~{N}-[(1~{S},2~{R})-1-(3-fluoranyl-2-methyl-phenyl)-1-oxidanyl-pentan-2-yl]-2-oxidanylidene-1,3-dihydroindole-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；22% PEG1500, 0.2M MES pH 6.0	分辨率 1.76 Å R-free 0.224
7API THE S VARIANT OF HUMAN ALPHA1-ANTITRYPSIN, STRUCTURE AND IMPLICATIONS FOR FUNCTION AND METABOLISM 提交 1988-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–382（347 aa）链 B 383–418（36 aa）	未记录	CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
7NPK ALPHA-1 ANTITRYPSIN C232S COMPLEXED WITH CMPD3 提交 2021-02-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–417（392 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 UL2 N-((1S,2R)-1-hydroxy-1-(o-tolyl)pentan-2-yl)-2-oxo-2,3-dihydrobenzo[d]oxazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；14% w/v PEG1500, 0.2M MES pH6.0	分辨率 1.83 Å R-free 0.233
7NPL ALPHA-1 ANTITRYPSIN (C232S) COMPLEXED WITH cmpd 11 提交 2021-02-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	未记录	UKZ N-((1S,2R)-1-(3-chloro-2-methylphenyl)-1-hydroxypentan-2-yl)-2-oxoindoline-4-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；14% PEG1500 0.1M MES pH6.0	分辨率 1.82 Å R-free 0.218
8API THE S VARIANT OF HUMAN ALPHA1-ANTITRYPSIN, STRUCTURE AND IMPLICATIONS FOR FUNCTION AND METABOLISM 提交 1988-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–382（347 aa）链 B 383–418（36 aa）	未记录	CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
8P4J Alpha-1-antitrypsin - Sydney variant (G192C) 提交 2023-05-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：G192C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1M MIB pH 5.5 25% PEG 1500	分辨率 1.91 Å R-free 0.253
8P4U Alpha-1-antitrypsin - Sydney variant (G192C) 提交 2023-05-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1M MIB pH 5.5 25% PEG 1500	分辨率 2.40 Å R-free 0.254
8PI2 Native alpha-1-antitrypsin at 1.5 Angstrom (Cys232Ser) 提交 2023-06-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：C232S	GLY GLYCINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；294 K；0.1M malonate-imidazole-borate pH5.75, 25% PEG1500	分辨率 1.48 Å R-free 0.195
8QZ5 Alpha-1-antitrypsin (Tyr244Phe) in the native conformation 提交 2023-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：Y244F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；293 K；25% PEG 1500, 0.1M SPG (succinate-phosphate-glycine) pH 5.75	分辨率 1.69 Å R-free 0.213
8R13 Alpha-1-antitrypsin (Met374Phe) in the native conformation 提交 2023-11-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：M374F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；22.5% PEG 1500, 0.1M MIB (malonate-imidazole-borate) pH 5.25	分辨率 1.95 Å R-free 0.235
8R21 Alpha-1-antitrypsin (Ile340Trp) in the native conformation 提交 2023-11-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–418（393 aa）	突变：I340W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；293 K；0.1M SPG (succinate-phosphate-glycine) pH 5.25, 17.5% PEG1500	分辨率 2.88 Å R-free 0.242
8R21 Alpha-1-antitrypsin (Ile340Trp) in the native conformation 提交 2023-11-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–418（393 aa）	突变：I340W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；293 K；0.1M SPG (succinate-phosphate-glycine) pH 5.25, 17.5% PEG1500	分辨率 2.88 Å R-free 0.242
9API THE S VARIANT OF HUMAN ALPHA1-ANTITRYPSIN, STRUCTURE AND IMPLICATIONS FOR FUNCTION AND METABOLISM 提交 1988-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–382（347 aa）链 B 383–418（36 aa）	未记录	CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
9GGP Alpha-1-antitrypsin in complex with the Fab fragment of an anti-polymer antibody 提交 2024-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–418（393 aa）链 B 26–418（393 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；293 K；0.2 M Ammonium citrate dibasic 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 pH 5.1	分辨率 1.84 Å R-free 0.206
9HUD Alpha-1-antitrypsin in the cleaved conformation in complex with a conformationally nonselective Fab fragment 提交 2024-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–378（353 aa）链 B 379–418（40 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GLY GLYCINE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M sodium HEPES, MOPS 0.1M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1M DL-Alanine; 0.1M Glycine; 0.1M DL-Lysine 40% v/v Glycerol; 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.42 Å R-free 0.247
9HUD Alpha-1-antitrypsin in the cleaved conformation in complex with a conformationally nonselective Fab fragment 提交 2024-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–378（353 aa）链 D 379–418（40 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GLY GLYCINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 LYS LYSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M sodium HEPES, MOPS 0.1M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1M DL-Alanine; 0.1M Glycine; 0.1M DL-Lysine 40% v/v Glycerol; 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.42 Å R-free 0.247
9VDI Crystal structure of the recombinant A1-antitrypsin F51L/M351V/M358V triple mutant 提交 2025-06-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–418（372 aa）	突变：F51L,M351V,M358V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris (pH 8.5), and 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
9VDI Crystal structure of the recombinant A1-antitrypsin F51L/M351V/M358V triple mutant 提交 2025-06-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 47–418（372 aa）	突变：F51L,M351V,M358V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris (pH 8.5), and 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.254

共 45 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A1AT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–394； UniProt 25–418

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qug
沉积日期 deposition_date	2007-08-05
结构标题 title	Crystal structure of alpha-1-antitrypsin, crystal form A
关键词 keywords	;antitrypsin, polymerisation, protein aggregation, protein unfolding, serpin, Acute phase, Disease mutation, Glycoprotein, Protease inhibitor, Secreted, Serine protease inhibitor ;; Protease Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.61 Å
零角强度 I(0) i0	27205600.00
分子量 molecular_weight	41514.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52668 Å³
包络体积 envelope_volume	62450 Å³
水化壳体积 shell_volume	24087 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.5 Å
壳层 Rg shell_rg	28.63 Å
包络 Rg envelope_rg	22.01 Å
形状 Rg shape_rg	21.56 Å
总 Rg total_rg	22.67 Å
总原子数 total_atoms	2928
残基数 n_residues	368
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7967
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.343
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.255
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7195000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.786; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2quga_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamily	e.1.1 — Serpins
家族 Family family	e.1.1.1 — Serpins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2qugA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	2qugA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	113.368 Å
晶胞边长 b length_b	39.391 Å
晶胞边长 c length_c	90.154 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	87.370 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2750

描述 description	Alpha-1-antitrypsin
分子量 formula_weight	44410.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2974

Crystal structure of alpha-1-antitrypsin, crystal form A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1-antitrypsin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

fit	/app/data/saxs_computation/qu/2qug/2qug.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qu/2qug/2qug.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qu/2qug/2qug.dat