SAXSdb — 2qzy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 MANGANESE (II) ION × 1 PHOSPHOENOLPYRUVATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-fructofuranose-(2-1)-6-O-octanoyl-alpha-D-glucopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 1 PHOSPHOENOLPYRUVATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPCKM_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–608； UniProt 34–641 作者链 B； PDB构建体 1–608； UniProt 34–641

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2qzy
沉积日期 deposition_date	2007-08-17
结构标题 title	The structure of chicken mitochondrial PEPCK in complex with PEP
关键词 keywords	pepck, kinase, Decarboxylase, Gluconeogenesis, GTP-binding, Lyase, Manganese, Mitochondrion, Nucleotide-binding, Transit peptide; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2qzy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2qzy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2qzy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.25 Å
Rg（电子密度）	24.11 Å
总 Rg	24.94 Å
原子数	4679
残基数	596
排除体积	82776 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2qzy__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2qzy__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]
分子量 formula_weight	67391.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.32
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10506

LSTSLSALPAAARDFVEEAVRLCRPREVLLCDGSEEEGKELLRGLQDDGVLHPLPKYDNCWLARTDPRDVARVESKTVLVTPEQSDAVPPPPPSGGPPQLGNWMSPNAFQAAVQERFPGCMAGRPLYVIPFSMGPPTSPLAKLGVQVTDSPYVVLSMRIMTRVGPAVLQRLDDDFVRCLHSVGRPLPLTEPLVSSWPCDPSRVLVAHIPSERRIVSFGSGYGGNSLLGKKCFALRIASRMAQQQGWLAEHMLILGVTSPSGEKRYMAAAFPSACGKTNLAMMTPSLPGWRIHCVGDDIAWMKFDDEGRLRAINPERGFFGVAPGTSSRTNPNAMATIARNTIFTNVGLRSDGGVYWDGLDEPTEPGVTYTSWLGKPWKHGDPEPCAHPNSRFCAPADQCPIMDPRWDDPEGVPIDAIIFGGRRPRGVPLVVEAFGWRHGVFMGSAMRSEATAAAEHKGGRLMHDPFAMRPFFGYNAGRYLEHWLSTGLRSNARLPRLFHVNWFLRDNEGRFVWPGFGHNARVLAWIFGRIQGRDTARPTPIGWVPKEGDLDLGGLPGVDYSQLFPMEKGFWEEECRQLREYYGENFGADLPRDVMAELEGLEERVRKM

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-6-O-octanoyl-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	468.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOENOLPYRUVATE
分子量 formula_weight	168.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	996

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2qzya1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.109 — PEP carboxykinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.109.1 — PEP carboxykinase N-terminal domain
家族 Family family	c.109.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2qzya2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.91 — PEP carboxykinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.91.1 — PEP carboxykinase-like
家族 Family family	c.91.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2qzyb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.109 — PEP carboxykinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.109.1 — PEP carboxykinase N-terminal domain
家族 Family family	c.109.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2qzyb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.91 — PEP carboxykinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.91.1 — PEP carboxykinase-like
家族 Family family	c.91.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2qzyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	449 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1

结构域编号 domain_id	2qzyA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	8 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2

结构域编号 domain_id	2qzyA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	228 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2qzyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	449 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1

结构域编号 domain_id	2qzyB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	8 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2

结构域编号 domain_id	2qzyB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	228 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	110.349 Å
晶胞边长 b length_b	48.023 Å
晶胞边长 c length_c	126.317 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	35.090 Å
R 因子 r_factor	0.1630
R_work r_work	0.1610
R_free r_free	0.2000

The structure of chicken mitochondrial PEPCK in complex with PEP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qzy__assembly_1__model_1

2qzy__assembly_1__model_1 | I(q)

2qzy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of chicken mitochondrial PEPCK in complex with PEP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoenolpyruvate carboxykinase [GTP]

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2qzy__assembly_1__model_1

2qzy__assembly_1__model_1 | I(q)

2qzy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)