SAXSdb — 2r1j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Repressor protein C2

Enterobacteria phage P22

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 L； UniProt 1–68 链 R； UniProt 1–68	未记录	5'-D(DCPDAPDTPDTPDTPDAPDAPDGPDAPDTPDAPDTPDCPDTPDTPDAPDAPDAPDTPDA)-3' × 1 5'-D(DTPDAPDTPDTPDTPDAPDAPDGPDAPDTPDAPDTPDCPDTPDTPDAPDAPDAPDTPDG)-3' × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；The initial crystallization solution contained 0.42 mM P22R NTD, 0.42 mM duplex d(5 TATTTAAGATATCTTAAATG3 ) -d(5 CATTTAAGATATCTTAAATA3 ), 45 mM Tris.HCl (pH 7.8), 19 mM NaCl, 1.9 mM glycerol, 11% PEG 400, 4.5 mM LiCl, 2.3mM MgCl2 and 0.91% MPD in a volume of 5.3 ul. The crystallization solution was equilibrated against a reservoir of 100 mM Tris.HCl (pH 7.8), 25% PEG 400, 10 mM LiCl, 5 mM MgCl2 and 2% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.53 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2R1J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ADR DETERMINATION OF THE NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF THE P22 C2 REPRESSOR (1-76) IN SOLUTION AND COMPARISON WITH THE DNA-BINDING DOMAIN OF THE 434 REPRESSOR 提交 1993-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
3JXB Crystal structure of the P22 c2 repressor protein in complex with synthetic operator 9C 提交 2009-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–68（67 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 2-68 链 D 2–68（67 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 2-68	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；PEG 400, NaCl, Tris-HCl, MgCl2, LiCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.67 Å R-free 0.226
3JXC Crystal structure of the P22 c2 repressor protein in complex with synthetic operator 9T in the presence of Tl+ 提交 2009-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 L 2–68（67 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 2-68 链 R 2–68（67 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 2-68	未记录	TL THALLIUM (I) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；PEG 400, Thallium acetate, Tris-HCl, Magnesium acetate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.208
3JXD Crystal structure of the P22 c2 repressor protein in complex with synthetic operator 9C in the presence of Rb+ 提交 2009-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 L 2–68（67 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 2-68 链 R 2–68（67 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 2-68	未记录	RB RUBIDIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；Rubidium chloride, PEG 400, Tris-HCl, MgCl2, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPC2_BPP22
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 R； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2r1j
沉积日期 deposition_date	2007-08-22
结构标题 title	Crystal Structure of the P22 c2 Repressor protein in complex with the synthetic operator 9T
关键词 keywords	Protein-DNA complex, Helix-turn-helix, DNA-binding, Repressor, Transcription, Transcription regulation, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.56 Å
零角强度 I(0) i0	21008600.00
分子量 molecular_weight	27011.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30453 Å³
包络体积 envelope_volume	37997 Å³
水化壳体积 shell_volume	16861 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.0 Å
壳层 Rg shell_rg	24.87 Å
包络 Rg envelope_rg	19.81 Å
形状 Rg shape_rg	19.49 Å
总 Rg total_rg	20.34 Å
总原子数 total_atoms	1844
残基数 n_residues	172
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8787
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.364
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4163000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.967

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(DCPDAPDTPDTPDTPDAPDAPDGPDAPDTPDAPDTPDCPDTPDTPDAPDAPDAPDTPDA)-3'
分子量 formula_weight	6115.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2175

CATTTAAGATATCTTAAATA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(DTPDAPDTPDTPDTPDAPDAPDGPDAPDTPDAPDTPDCPDTPDTPDAPDAPDAPDTPDG)-3'
分子量 formula_weight	6146.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A

TATTTAAGATATCTTAAATG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Repressor protein C2
分子量 formula_weight	7625.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,R

MNTQLMGERIRARRKKLKIRQAALGKMVGVSNVAISQWERSETEPNGENLLALSKALQCSPDYLLKGD

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage P22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10754
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	331

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2r1jl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.2 — Phage repressors

结构域编号 domain_id	d2r1jr_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.2 — Phage repressors

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2r1jL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	2r1jR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.105 Å
晶胞边长 b length_b	64.105 Å
晶胞边长 c length_c	101.685 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.530 Å
最低分辨率 resolution_low	35.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/r1/2r1j/2r1j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r1/2r1j/2r1j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r1/2r1j/2r1j.dat

Crystal Structure of the P22 c2 Repressor protein in complex with the synthetic operator 9T

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Repressor protein C2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)