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2r6d

Crystal Form B1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 144.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative helicase

Bacillus stearothermophilus

UniProt Q9X4C9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–454 链 B； UniProt 1–454 链 C； UniProt 1–454 链 D； UniProt 1–454 链 E； UniProt 1–454 链 F； UniProt 1–454 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；1.0M Ammonium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K 分辨率 3.70 Å R-free 0.322

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2R6D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2R6A Crystal Form BH1 提交 2007-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–454（454 aa）
链 B 1–454（454 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；1.0M Lithium Sulfate, 5% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.297
2R6C Crystal Form BH2 提交 2007-09-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–454（454 aa）
链 B 1–454（454 aa）
链 C 1–454（454 aa）
链 D 1–454（454 aa）
链 E 1–454（454 aa）
链 F 1–454（454 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；0.5M Sodium Succinate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 4.00 Å R-free 0.344
2R6E Crystal Form B2 提交 2007-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–454（454 aa）
链 B 1–454（454 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；2.5M Sodium Chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 5.02 Å R-free 0.397
4ESV A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates 提交 2012-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 1–454（454 aa）
链 B 1–454（454 aa）
链 C 1–454（454 aa）
链 D 1–454（454 aa）
链 E 1–454（454 aa）
链 F 1–454（454 aa）
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 11 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；4-7% PEG3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
分辨率 3.20 Å R-free 0.289
4ESV A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates 提交 2012-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 G 1–454（454 aa）
链 H 1–454（454 aa）
链 I 1–454（454 aa）
链 J 1–454（454 aa）
链 K 1–454（454 aa）
链 L 1–454（454 aa）
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；4-7% PEG3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
分辨率 3.20 Å R-free 0.289
4M4W Mechanistic implications for the bacterial primosome assembly of the structure of a helicase-helicase loader complex 提交 2013-08-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–454（454 aa）
链 B 1–454（454 aa）
链 C 1–454（454 aa）
链 D 1–454（454 aa）
链 E 1–454（454 aa）
链 F 1–454（454 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；290 K；11-13% w/v PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 50 mM TRIS, pH 8.0-8.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K
分辨率 6.10 Å R-free 0.392

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9X4C9_BACST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 B； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 C； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 D； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 E； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 F； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2r6d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2r6d
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2r6d
沉积日期 deposition_date2007-09-05
结构标题 titleCrystal Form B1
关键词 keywordsHelicase, Replication DnaB, Hexameric, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.38 Å
零角强度 I(0) i0961536000.00
分子量 molecular_weight257710.0 kDa
排除体积 excluded_volume323530 ų
包络体积 envelope_volume492400 ų
水化壳体积 shell_volume86245 ų
包络直径 envelope_diameter149.6 Å
壳层 Rg shell_rg54.59 Å
包络 Rg envelope_rg43.84 Å
形状 Rg shape_rg46.40 Å
总 Rg total_rg46.65 Å
总原子数 total_atoms18085
残基数 n_residues2340
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax144.5 Å
Rg (实空间) rg_real46.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real9.6150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal962000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8940
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary65.7 Å
偏度 Skewness skewness-0.041
峰度 Kurtosis kurtosis-0.603
角度范围 angular_range— – 0.1650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha77080000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.921
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id2r6dA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNAb Helicase; Chain A
结构域编号 domain_id2r6dA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2r6dB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNAb Helicase; Chain A
结构域编号 domain_id2r6dB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2r6dC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNAb Helicase; Chain A
结构域编号 domain_id2r6dC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2r6dD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNAb Helicase; Chain A
结构域编号 domain_id2r6dD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2r6dE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNAb Helicase; Chain A
结构域编号 domain_id2r6dE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2r6dF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology860 — DNAb Helicase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNAb Helicase; Chain A
结构域编号 domain_id2r6dF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)