SAXSdb — 2r7v

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA polymerase

Simian rotavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	;RNA (5'-R(GGPCPUPUPU)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O37061_9REOV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1089； UniProt 1–1089

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2r7v
沉积日期 deposition_date	2007-09-10
结构标题 title	Crystal Structure of Rotavirus SA11 VP1/RNA (GGCUUU) Complex
关键词 keywords	;Viral protein, RNA-dependent RNA polymerase, single subunit polymerase fold, fingers, palm, thumb, right hand configuration, RNA-directed RNA polymerase, transferase-RNA COMPLEX ;; transferase/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2r7v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2r7v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2r7v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.36 Å
Rg（电子密度）	30.34 Å
总 Rg	31.21 Å
原子数	8799
残基数	1078
排除体积	157870 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2r7v__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GGPCPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	1869.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	8799

GGCUUU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA-dependent RNA polymerase
分子量 formula_weight	126324.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGKYNLILSEYLSFIYNSQSAVQIPIYYSSNSELENRCIEFHSKCLENSKNGLSLRKLFVEYNDVIENATLLSILSYSYDKYNAVERKLVKYAKGKPLEADLTVNELDYENNKMTSELFPTAEEYTDSLMDPAILTSLSSNLNAVMFWLEKHENDVAEKLKVYKRRLDLFTIVASTINKYGVPRHNAKYRYEYDVMKDKPYYLVTWANSSIEMLMSVFSHDDYLIAKELIVLSYSNRSTLAKLVSSPMSILVALVDINGTFITNEELELEFSNKYVRAIVPDQTFDELNQMLDNMRKAGLVDIPKMIQDWLVDRSIEKFPLMAKIYSWSFHVGFRKQKMLDAALDQLKTEYTENVDDEMYREYTMLIRDEVVKMLEEPVKHDDHLLRDSELAGLLSMSSASNGESRQLKFGRKTIFSTKKNMHVMDDMANERYTPGIIPPVNVDKPIPLGRRDVPGRRTRIIFILPYEYFIAQHAVVEKMLIYAKHTREYAEFYSQSNQLLSYGDVTRFLSNNTMVLYTDVSQWDSSQHNTQPFRKGIIMGLDILANMTNDAKVLQTLNLYKQTQINLMDSYVQIPDGNVIKKIQYGAVASGEKQTKAANSIANLALIKTVLSRISNKHSFATKIIRVDGDDNYAVLQFNTEVTKQMIQDVSNDVRETYARMNAKVKALVSTVGIEIAKRYIAGGKIFFRAGINLLNNEKRGQSTQWDQAAILYSNYIVNRLRGFETDREFILTKIMQMTSVAITGSLRLFPSERVLTTNSTFKVFDSEDFIIEYGTTVDEVYIQRAFMSLSSQKSGIADEIAASSTFKNYVTRLSEQLLFSKNNIVSRGIALTEKAKLNSYAPISLEKRRAQISALLTMLQKPVTFKSSKITINDILRDIKPFFTVSDAHLPIQYQKFMPTLPDNVQYIIQCIGSRTYQIEDDGSKSAISRLISKYSVYKPSIEELYKVISLHENEIQLYLISLGIPKIDADTYVGSKIYSRDKYRILESYVYNLLSINYGCYQLFDFNSPDLEKLIRIPFKGKIPAVTFILHLYAKLEVINYAIKNGSWISLFCNYPKSEMIKLWKKMWNITSLRSPYTNANFFQEPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Simian rotavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10922
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2r7vA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1390 —

结构域编号 domain_id	2r7vA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1990 — Viral RNA-directed RNA polymerase, 4-helical domain

结构域编号 domain_id	2r7vA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2480 —

结构域编号 domain_id	2r7vA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	357 — Tetracycline Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	2r7vA07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2r7vA08
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1400 —

▶

晶胞边长 a length_a	76.452 Å
晶胞边长 b length_b	112.311 Å
晶胞边长 c length_c	143.719 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2790

Crystal Structure of Rotavirus SA11 VP1/RNA (GGCUUU) Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r7v__assembly_1__model_1

2r7v__assembly_1__model_1 | I(q)

2r7v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Rotavirus SA11 VP1/RNA (GGCUUU) Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r7v__assembly_1__model_1

2r7v__assembly_1__model_1 | I(q)

2r7v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)