SAXSdb — 2r9l

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative DNA ligase-like protein

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(PDGPDCPDGPDGPDC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DGPDCPDCPDGPDCPDAPDAPDCPDGPDCPDA)-3') ; × 1 1,2-ETHANEDIOL × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(PDGPDCPDGPDGPDC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DGPDCPDCPDGPDCPDAPDAPDCPDGPDCPDAPDCPDG)-3') ; × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y938_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–303； UniProt 1–300 作者链 B； PDB构建体 4–303； UniProt 1–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2r9l
沉积日期 deposition_date	2007-09-13
结构标题 title	Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in complex with DNA
关键词 keywords	TRANSFERASE, PROTEIN-DNA COMPLEX, ATP-binding, Ligase, Nucleotide-binding, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2r9l__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2r9l__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2r9l__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.06 Å
Rg（电子密度）	19.73 Å
总 Rg	20.69 Å
原子数	2530
残基数	300
排除体积	43763 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2r9l__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2r9l__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDCPDGPDGP*DC)-3') ;
分子量 formula_weight	1521.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E
原子数 atom_count	5169

GCGGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DGPDCPDCPDGPDCPDAPDAPDCPDGPDCP*DA)-3') ;
分子量 formula_weight	3328.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCCGCAACGCA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DGPDCPDCPDGPDCPDAPDAPDCPDGPDCPDAPDCP*DG)-3') ;
分子量 formula_weight	3946.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GCCGCAACGCACG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Putative DNA ligase-like protein
分子量 formula_weight	32825.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GSHMGSASEQRVTLTNADKVLYPATGTTKSDIFDYYAGVAEVMLGHIAGRPATRKRWPNGVDQPAFFEKQLALSAPPWLSRATVAHRSGTTTYPIIDSATGLAWIAQQAALEVHVPQWRFVAEPGSGELNPGPATRLVFDLDPGEGVMMAQLAEVARAVRDLLADIGLVTFPVTSGSKGLHLYTPLDEPVSSRGATVLAKRVAQRLEQAMPALVTSTMTKSLRAGKVFVDWSQNSGSKTTIAPYSLRGRTHPTVAAPRTWAELDDPALRQLSYDEVLTRIARDGDLLERLDADAPVADRLTRY

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	97

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2r9lA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3300 —

结构域编号 domain_id	2r9lB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3300 —

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晶胞边长 a length_a	48.531 Å
晶胞边长 b length_b	111.788 Å
晶胞边长 c length_c	139.542 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	21.124 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2720

Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in complex with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative DNA ligase-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r9l__assembly_2__model_1

2r9l__assembly_2__model_1 | I(q)

2r9l__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in complex with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative DNA ligase-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2r9l__assembly_2__model_1

2r9l__assembly_2__model_1 | I(q)

2r9l__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)