SAXSdb — 2ra4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small-inducible cytokine A13

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 6 trifluoroacetic acid × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	SULFATE ION × 24 trifluoroacetic acid × 4 water × 8	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SULFATE ION × 12 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SULFATE ION × 12 trifluoroacetic acid × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCL13_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–76； UniProt 24–98 作者链 B； PDB构建体 2–76； UniProt 24–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ra4
沉积日期 deposition_date	2007-09-14
结构标题 title	Crystal Structure of Human Monocyte Chemoattractant Protein 4 (MCP-4/CCL13)
关键词 keywords	CCL13, MCP-4, CC chemokine family, chemotaxis, monocytes, Cytokine, Inflammatory response, Pyrrolidone carboxylic acid, Secreted; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ra4__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ra4__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ra4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.80 Å
Rg（电子密度）	22.97 Å
总 Rg	23.68 Å
原子数	4297
残基数	520
排除体积	77139 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ra4__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ra4__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2ra4__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2ra4__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Small-inducible cytokine A13
分子量 formula_weight	8747.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1208

MQPDALNVPSTCCFTFSSKKISLQRLKSYVITTSRCPQKAVIFRTKLGKEICADPKEKWVQNYMKHLGRKAHTLKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	trifluoroacetic acid
分子量 formula_weight	114.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	72

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2ra4a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d2ra4b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2ra4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2ra4B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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晶胞边长 a length_a	74.673 Å
晶胞边长 b length_b	74.673 Å
晶胞边长 c length_c	51.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1815
R_work r_work	0.1797
R_free r_free	0.2158

Crystal Structure of Human Monocyte Chemoattractant Protein 4 (MCP-4/CCL13)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small-inducible cytokine A13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ra4__assembly_2__model_1

2ra4__assembly_2__model_1 | I(q)

2ra4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Human Monocyte Chemoattractant Protein 4 (MCP-4/CCL13)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small-inducible cytokine A13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ra4__assembly_2__model_1

2ra4__assembly_2__model_1 | I(q)

2ra4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)