2rdv

RUBREDOXIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS MIYAZAKI F, MONOCLINIC CRYSTAL FORM

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RUBREDOXIN

物种未注明

UniProt P15412

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 FE (III) ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 FE (III) ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 FE (III) ION × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUBR_DESVM
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–52; UniProt 1–52 作者链 B; PDB构建体 1–52; UniProt 1–52 作者链 C; PDB构建体 1–52; UniProt 1–52

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2rdv
沉积日期 deposition_date1998-10-07
结构标题 titleRUBREDOXIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS MIYAZAKI F, MONOCLINIC CRYSTAL FORM
关键词 keywordsRUBREDOXIN, COMPND, ELECTRON TRANSFER PROTEIN, METALLOPROTEIN, SULFATE-REDUCING BACTERIUM, ELECTRON TRANSFER; ELECTRON TRANSFER
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2rdv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2rdv__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2rdv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)11.08 Å
Rg(电子密度)9.68 Å
总 Rg11.25 Å
原子数392
残基数52
排除体积6933 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2rdv__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2rdv__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2rdv__assembly_3__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2rdva_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family familyg.41.5.1 — Rubredoxin
结构域编号 domain_idd2rdvb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family familyg.41.5.1 — Rubredoxin
结构域编号 domain_idd2rdvc_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family familyg.41.5.1 — Rubredoxin

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2rdvA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2rdvB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2rdvC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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7. 引用文献 (2)