2rgz

Ensemble refinement of the protein crystal structure of human heme oxygenase-2 C127A (HO-2) with bound heme

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heme oxygenase 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HMOX2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2rgz
沉积日期 deposition_date	2007-10-05
结构标题 title	Ensemble refinement of the protein crystal structure of human heme oxygenase-2 C127A (HO-2) with bound heme
关键词 keywords	;Ensemble Refinement, Refinement Methodology Development, Structural Genomics Medical Relevance, Structural Genomics Community Request, HO-2, HEME Oxygenase, Endoplasmic reticulum, Iron, Metal-binding, Microsome, Oxidoreductase, Structural Genomics, Protein Structure Initiative, PSI, Center for Eukaryotic Structural Genomics, CESG ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2rgz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2rgz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2rgz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.94 Å
Rg（电子密度）	23.97 Å
总 Rg	24.89 Å
原子数	3638
残基数	433
排除体积	64647 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2rgz__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`2rgz__assembly_1__model_2`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	3	`2rgz__assembly_1__model_3`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	4	`2rgz__assembly_1__model_4`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	5	`2rgz__assembly_1__model_5`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	6	`2rgz__assembly_1__model_6`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	7	`2rgz__assembly_1__model_7`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	8	`2rgz__assembly_1__model_8`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	9	`2rgz__assembly_1__model_9`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	10	`2rgz__assembly_1__model_10`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	11	`2rgz__assembly_1__model_11`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	12	`2rgz__assembly_1__model_12`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	13	`2rgz__assembly_1__model_13`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	14	`2rgz__assembly_1__model_14`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	15	`2rgz__assembly_1__model_15`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
1	16	`2rgz__assembly_1__model_16`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	1	`2rgz__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	2	`2rgz__assembly_2__model_2`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	3	`2rgz__assembly_2__model_3`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	4	`2rgz__assembly_2__model_4`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	5	`2rgz__assembly_2__model_5`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	6	`2rgz__assembly_2__model_6`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	7	`2rgz__assembly_2__model_7`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	8	`2rgz__assembly_2__model_8`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	9	`2rgz__assembly_2__model_9`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	10	`2rgz__assembly_2__model_10`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	11	`2rgz__assembly_2__model_11`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	12	`2rgz__assembly_2__model_12`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	13	`2rgz__assembly_2__model_13`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	14	`2rgz__assembly_2__model_14`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	15	`2rgz__assembly_2__model_15`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
2	16	`2rgz__assembly_2__model_16`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	1	`2rgz__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	2	`2rgz__assembly_3__model_2`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	3	`2rgz__assembly_3__model_3`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	4	`2rgz__assembly_3__model_4`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	5	`2rgz__assembly_3__model_5`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	6	`2rgz__assembly_3__model_6`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	7	`2rgz__assembly_3__model_7`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	8	`2rgz__assembly_3__model_8`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	9	`2rgz__assembly_3__model_9`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	10	`2rgz__assembly_3__model_10`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	11	`2rgz__assembly_3__model_11`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	12	`2rgz__assembly_3__model_12`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	13	`2rgz__assembly_3__model_13`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	14	`2rgz__assembly_3__model_14`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	15	`2rgz__assembly_3__model_15`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。
3	16	`2rgz__assembly_3__model_16`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因： official assembly 声明了水分子，但生成的坐标模型中缺少该组分，结构组成不完整。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heme oxygenase 2
分子量 formula_weight	30491.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.99.3
突变 mutation	C127A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	58291

MSAEVETSEGVDESEKKNSGALEKENQMRMADLSELLKEGTKEAHDRAENTQFVKDFLKGNIKKELFKLATTALYFTYSALEEEMERNKDHPAFAPLYFPMELHRKEALTKDMEYFFGENWEEQVQAPKAAQKYVERIHYIGQNEPELLVAHAYTRYMGDLSGGQVLKKVAQRALKLPSTGEGTQFYLFENVDNAQQFKQLYRARMNALDLNMKTKERIVEEANKAFEYNMQIFNELDQAGSTLARETLEDGFPVHDGKGDMRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	83

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2rgza_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.132 — Heme oxygenase-like
超家族 Superfamily superfamily	a.132.1 — Heme oxygenase-like
家族 Family family	a.132.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2rgzb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.132 — Heme oxygenase-like
超家族 Superfamily superfamily	a.132.1 — Heme oxygenase-like
家族 Family family	a.132.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2rgzA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	910 — Heme Oxygenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heme oxygenase-like

结构域编号 domain_id	2rgzB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	910 — Heme Oxygenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heme oxygenase-like

▶

晶胞边长 a length_a	74.977 Å
晶胞边长 b length_b	85.094 Å
晶胞边长 c length_c	97.846 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.610 Å
最低分辨率 resolution_low	39.020 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1610
R_free r_free	0.2490

Ensemble refinement of the protein crystal structure of human heme oxygenase-2 C127A (HO-2) with bound heme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heme oxygenase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rgz__assembly_1__model_1

2rgz__assembly_1__model_1 | I(q)

2rgz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Ensemble refinement of the protein crystal structure of human heme oxygenase-2 C127A (HO-2) with bound heme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heme oxygenase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rgz__assembly_1__model_1

2rgz__assembly_1__model_1 | I(q)

2rgz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)