2rhs

PheRS from Staphylococcus haemolyticus- rational protein engineering and inhibitor studies

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain

Staphylococcus haemolyticus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain × 2 （Q4L5E4） 1-{3-[(4-pyridin-2-ylpiperazin-1-yl)sulfonyl]phenyl}-3-(1,3-thiazol-2-yl)urea × 2 SULFATE ION × 2 ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYFA_STAHJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 27–294； UniProt 84–351 作者链 C； PDB构建体 27–294； UniProt 84–351

Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain

Staphylococcus haemolyticus

UniProt Q4L5E4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain × 2 （Q4L5E3） 1-{3-[(4-pyridin-2-ylpiperazin-1-yl)sulfonyl]phenyl}-3-(1,3-thiazol-2-yl)urea × 2 SULFATE ION × 2 ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYFB_STAHJ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–800； UniProt 1–800 作者链 D； PDB构建体 1–800； UniProt 1–800

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2rhs
沉积日期 deposition_date	2007-10-09
结构标题 title	PheRS from Staphylococcus haemolyticus- rational protein engineering and inhibitor studies
关键词 keywords	;heterotetramer, phenylalanine, tRNA, Aminoacyl-tRNA synthetase, ATP-binding, Cytoplasm, Ligase, Magnesium, Metal-binding, Nucleotide-binding, Protein biosynthesis, RNA-binding, tRNA-binding ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2rhs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2rhs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2rhs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.79 Å
Rg（电子密度）	48.72 Å
总 Rg	48.83 Å
原子数	16482
残基数	2091
排除体积	292740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2rhs__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain
分子量 formula_weight	33395.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	17461

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGTELMEKLNQQLAEETIDVTLPSRQISIGSKHPLTRTVEEIEDLFLGLGYEIVDGYEVEQDYYNFEALNLPKSHPARDMQDSFYITDEILMRTHTSPVQARTMEKRNGQGPVKIICPGKVYRRDSDDATHSHQFTQIEGLVVDKNIKMSDLKGTLELVAKKLFGADREIRLRPSYFPFTEPSVEVDVSCFKCKGKGCNVCKHTGWIEILGAGMVHPNVLEMAGFDSNEYSGFAFGMGPDRIAMLKYGIEDIRYFYTNDVRFLEQFKAVEDRGE

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus haemolyticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1283
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain
分子量 formula_weight	88753.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.20
突变 mutation	D34N, Q144P, E661G, Q663A, D664G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MLISNEWLKDYVDAGVKVEDLAERITRTGIEVDNMIDYSKDIKNLVVGYIQSKEKHPDADKLNICQVDIGEEEPVQIVCGAPNVDAGQHVIVAKVGGRLPGGIKIKRAKLRGERSEGMICSLQEIGISSNVVPKAYENGIFVFPTEVEPGTDALTALYLNDQVMEFDLTPNRADALSMVGTAYEVAALYQTEMTKPETQSNETSESATNELSVTIDNPEKVPYYSARVVKNVSIEPSPIWVQARLIKAGIRPINNVVDISNYVLLEYGQPLHMFDQDHIGSKEIVVRQAKDEETMTTLDNNERKLVDTDIVISNGQEPIALAGVMGGDFSEVTEQTTNVVIEGAIFDPVSIRHTSRRLNLRSEASSRFEKGIATEFVDEAVDRACYLLQELASGEVLQDRVSSGDLGSFVTPIDITAEKVNKTIGFNLSNDEIQSIFRQLGFETTLKGETLTVNVPSRRKDITIKEDLIEEVARIYGYDEIPSSLPVFGEVTSGELTDRQHKTRTLKETLEGAGLNQAITYSLVSKDHAKDFALQERPTISLLMPMSEAHATLRQSLLPHLIEATAYNVARKNKDVRLYEIGRVFFGNGEGELPDEVEYLSGILTGEYVVNAWQGKKEEIDFFIAKGVVDRVAEKLNLEFSYKAGKIEGLHPGRTAIVSLGGAGIGFIGELHPQVAADNDLKRTYVFELNYDAMMQVAVGYINYEQIPKFPGVTRDIALEVNHDVPSSELKQIIHNNGEDILQSTLVFDVYEGEHLEKGKKSVAIRLNYLDTEDTLTDERVSKIHDKILEALQAQGATIR

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus haemolyticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1283
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1-{3-[(4-pyridin-2-ylpiperazin-1-yl)sulfonyl]phenyl}-3-(1,3-thiazol-2-yl)urea
分子量 formula_weight	444.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	946

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2rhsa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2rhsc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2rhsc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	2rhsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	2rhsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	56 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2rhsB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	2rhsB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3

结构域编号 domain_id	2rhsB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	56 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2rhsB05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	2rhsB06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain

结构域编号 domain_id	2rhsC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	2rhsD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	56 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2rhsD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	2rhsD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3

结构域编号 domain_id	2rhsD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	56 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2rhsD05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	2rhsD06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain

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晶胞边长 a length_a	60.714 Å
晶胞边长 b length_b	87.861 Å
晶胞边长 c length_c	234.036 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	57.300 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2710

PheRS from Staphylococcus haemolyticus- rational protein engineering and inhibitor studies

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rhs__assembly_1__model_1

2rhs__assembly_1__model_1 | I(q)

2rhs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)

PheRS from Staphylococcus haemolyticus- rational protein engineering and inhibitor studies

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phenylalanyl-tRNA synthetase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rhs__assembly_1__model_1

2rhs__assembly_1__model_1 | I(q)

2rhs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)