SAXSdb — 2rkj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosyl-tRNA synthetase

Neurospora crassa

UniProt P12063

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 2	RNA (238-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PGPCPUPU)-3') ; × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 2	RNA (238-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PGPCPUPU)-3') ; × 1	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 2	RNA (238-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PGPCPUPU)-3') ; × 1	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 2	RNA (238-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PGPCPUPU)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYYM_NEUCR
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–392； UniProt 33–423 作者链 B； PDB构建体 2–392； UniProt 33–423 作者链 E； PDB构建体 2–392； UniProt 33–423 作者链 F； PDB构建体 2–392； UniProt 33–423 作者链 I； PDB构建体 2–392； UniProt 33–423 作者链 J； PDB构建体 2–392； UniProt 33–423 作者链 M； PDB构建体 2–392； UniProt 33–423 作者链 N； PDB构建体 2–392； UniProt 33–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2rkj
沉积日期 deposition_date	2007-10-16
结构标题 title	Cocrystal structure of a tyrosyl-tRNA synthetase splicing factor with a group I intron RNA
关键词 keywords	;RNA-protein complex, group I intron splicing factor, Aminoacyl-tRNA synthetase, ATP-binding, Ligase, Mitochondrion, mRNA processing, Nucleotide-binding, Protein biosynthesis, Transit peptide, Ligase-RNA COMPLEX ;; Ligase/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2rkj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2rkj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2rkj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.93 Å
Rg（电子密度）	38.43 Å
总 Rg	38.73 Å
原子数	11082
残基数	976
排除体积	177920 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2rkj__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2rkj__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2rkj__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2rkj__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA (238-MER)
分子量 formula_weight	79489.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K,O
原子数 atom_count	44328

GAGCCUUUAUACAGUAAUGUAUAUCGAAAAAUCCUCUAAUUCAGGGAACACCUAAACAAACUAAGAUGUAGGCAAUCCUGAGCUAAGCUCUGCGGAAACGCAGAGAAAGUGCAACGACUAUUCCGAUAGGAAGUAGGGUCAAGUGACUCGAAAUGGGGAUUACCCUUCUAGGGUAGUGAUAUAGUCUGAACAUAUAUGGAAACAUAUAGAAGGAUAGGAGUAACGAACCUAUCCGUAACAUAAUUG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus phage Twort
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	55510
宿主生物 host_organism	Staphylococcus phage Twort

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PGPCPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	1217.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L,P

GCUU

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Tyrosyl-tRNA synthetase
分子量 formula_weight	44922.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,I,J,M,N

MLRREFGPKYTAKINEAEENWQARAEAIKKGKKQNTWDLFEERGYVKDTAGTKEHIAELMRTRRIGAYVGIDPTAPSLHVGHLLPLMPLFWMYLEGYKAFTLIGGSTAKIGDPTGRLKSRDHLSSSDATMNMTKIHYQLKKLWENVDTQMRARGYEADWARKRGIVNNNHWWNKQPMLEVLRRVGHALRIGPMLSRDTVKNKMTQGDGVSFAEFTYPIMQGWDWFELFYQQGVQMQIGGSDQYGNIISGLEVVKAARESEPDPQERKYVTPKTALDECVGFTVPLLTDSSGAKFGKSAGNAIWLDPYQTSVFDFYGYFVRRSDQEVENLLKLFTFMPISEITKTMEEHIKDPSKRVAQHTLAREVVTLVHGKQEASAAEDQHRMMYTGQMTI

来源 Source

来源生物 organism	Neurospora crassa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5141
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	231.063 Å
晶胞边长 b length_b	123.525 Å
晶胞边长 c length_c	235.231 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	3
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.500 Å
最低分辨率 resolution_low	47.880 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2490

Cocrystal structure of a tyrosyl-tRNA synthetase splicing factor with a group I intron RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosyl-tRNA synthetase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rkj__assembly_1__model_1

2rkj__assembly_1__model_1 | I(q)

2rkj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Cocrystal structure of a tyrosyl-tRNA synthetase splicing factor with a group I intron RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosyl-tRNA synthetase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2rkj__assembly_1__model_1

2rkj__assembly_1__model_1 | I(q)

2rkj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)