2scu

A detailed description of the structure of Succinyl-COA synthetase from Escherichia coli

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 117.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SUCCINYL-COA LIGASE)

Escherichia coli

UniProt P07459

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–289 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) PROTEIN (SUCCINYL-COA LIGASE) × 2 (P07460) COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.2;pH 7.2 分辨率 2.30 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–289 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) PROTEIN (SUCCINYL-COA LIGASE) × 2 (P07460) COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.2;pH 7.2 分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUCD_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–288; UniProt 2–289 作者链 D; PDB构建体 1–288; UniProt 2–289

PROTEIN (SUCCINYL-COA LIGASE)

Escherichia coli

UniProt P07460

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–388 未记录 PROTEIN (SUCCINYL-COA LIGASE) × 2 (P07459) COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.2;pH 7.2 分辨率 2.30 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–388 未记录 PROTEIN (SUCCINYL-COA LIGASE) × 2 (P07459) COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.2;pH 7.2 分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUCC_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–388; UniProt 1–388 作者链 E; PDB构建体 1–388; UniProt 1–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2scu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2scu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2scu
沉积日期 deposition_date1998-09-24
结构标题 titleA detailed description of the structure of Succinyl-COA synthetase from Escherichia coli
关键词 keywordsCITRIC ACID CYCLE, HETEROTETRAMER, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.71
零角强度 I(0) i0309083000.00
分子量 molecular_weight142770.0 kDa
排除体积 excluded_volume179200 ų
包络体积 envelope_volume223290 ų
水化壳体积 shell_volume52072 ų
包络直径 envelope_diameter119.6
壳层 Rg shell_rg42.27
包络 Rg envelope_rg35.04
形状 Rg shape_rg35.71
总 Rg total_rg36.13
总原子数 total_atoms10006
残基数 n_residues1340
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.5
Rg (实空间) rg_real35.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94
I(0) (实空间) i0_real3.0910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal309100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8851
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.0
偏度 Skewness skewness0.351
峰度 Kurtosis kurtosis-0.403
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha72750000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.847

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd2scua1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.8 — CoA-binding domain
结构域编号 domain_idd2scua2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family familyc.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_idd2scub1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family familyc.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_idd2scub2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.4 — Succinyl-CoA synthetase, beta-chain, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd2scud1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.8 — CoA-binding domain
结构域编号 domain_idd2scud2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family familyc.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_idd2scue1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.4 — Succinyl-CoA synthetase domains
家族 Family familyc.23.4.1 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_idd2scue2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.4 — Succinyl-CoA synthetase, beta-chain, N-terminal domain

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id2scuA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id2scuA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily261 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_id2scuB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id2scuB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
结构域编号 domain_id2scuB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily261 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_id2scuD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id2scuD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily261 — Succinyl-CoA synthetase domains
结构域编号 domain_id2scuE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id2scuE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
结构域编号 domain_id2scuE03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily261 — Succinyl-CoA synthetase domains

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)