2uy7

Crystal structure of the P pilus rod subunit PapA

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PERIPLASMID CHAPERONE PAPD PROTEIN

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PAP FIMBRIAL MAJOR PILIN PROTEIN × 1 （P04127） SULFATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PAP FIMBRIAL MAJOR PILIN PROTEIN × 1 （P04127） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PAP FIMBRIAL MAJOR PILIN PROTEIN × 1 （P04127） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PAP FIMBRIAL MAJOR PILIN PROTEIN × 1 （P04127） SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q1R2W9_ECOUT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–218； UniProt 22–239 作者链 C； PDB构建体 1–218； UniProt 22–239 作者链 E； PDB构建体 1–218； UniProt 22–239 作者链 G； PDB构建体 1–218； UniProt 22–239

PAP FIMBRIAL MAJOR PILIN PROTEIN

ESCHERICHIA COLI

UniProt P04127

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PERIPLASMID CHAPERONE PAPD PROTEIN × 1 （Q1R2W9） SULFATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PERIPLASMID CHAPERONE PAPD PROTEIN × 1 （Q1R2W9） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PERIPLASMID CHAPERONE PAPD PROTEIN × 1 （Q1R2W9） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PERIPLASMID CHAPERONE PAPD PROTEIN × 1 （Q1R2W9） SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAPA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–163； UniProt 23–185 作者链 D； PDB构建体 1–163； UniProt 23–185 作者链 F； PDB构建体 1–163； UniProt 23–185 作者链 H； PDB构建体 1–163； UniProt 23–185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2uy7
沉积日期 deposition_date	2007-04-02
结构标题 title	Crystal structure of the P pilus rod subunit PapA
关键词 keywords	;DONOR STRAND COMPLEMENTATION, PILI/N-TERMINAL EXTENSION, PILUS BIOGENESIS, DONOR-STRAND EXCHANGE, NTE, DSC, DSE, PAPA, PAPD, FIMBRIA, CHAPERONE ;; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2uy7__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2uy7__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2uy7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.71 Å
Rg（电子密度）	22.74 Å
总 Rg	23.57 Å
原子数	2775
残基数	371
排除体积	48908 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2uy7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2uy7__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2uy7__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2uy7__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PERIPLASMID CHAPERONE PAPD PROTEIN
分子量 formula_weight	24589.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	11327

AVSLDRTRAVFDGSEKSMTLDISNDNKQLPYLAQAWIENENQEKIITGPVIATPPVQRLEPGAKSMVRLSTTPDISKLPQDRESLFYFNLREIPPRSEKANVLQIALQTKIKLFYRPAAIKTRPNEVWQDQLILNKVSGGYRIENPTPYYVTVIGLGGSEKQAEEGEFETVMLSPRSEQTVKSANYNTPYLSYINDYGGRPVLSFICNGSRCSVKKEK

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	364106
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PAP FIMBRIAL MAJOR PILIN PROTEIN
分子量 formula_weight	16625.4 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

APTIPQGQGKVTFNNTVVDAPCSISQKSADQSIDFGQLSKSFLEAGGVSKPMDLDIELVNCDITAFKGGNGAKKGTVKLAFTGPIVNGHSDELDTNGGTGTAIVVQGAGKNVVFDGSEGDANTLKDGENVLHYTAVVKKSSAVGAAVTEGAFSAVANFNLTYQ

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	232

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2uy7a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.11 — PapD-like
家族 Family family	b.1.11.1 — Pilus chaperone

结构域编号 domain_id	d2uy7a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.2 — Periplasmic chaperone C-domain
家族 Family family	b.7.2.1 — Periplasmic chaperone C-domain

结构域编号 domain_id	d2uy7b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.2 — Pilus subunits

结构域编号 domain_id	d2uy7c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.11 — PapD-like
家族 Family family	b.1.11.1 — Pilus chaperone

结构域编号 domain_id	d2uy7c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.2 — Periplasmic chaperone C-domain
家族 Family family	b.7.2.1 — Periplasmic chaperone C-domain

结构域编号 domain_id	d2uy7d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.2 — Pilus subunits

结构域编号 domain_id	d2uy7e1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.11 — PapD-like
家族 Family family	b.1.11.1 — Pilus chaperone

结构域编号 domain_id	d2uy7e2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.2 — Periplasmic chaperone C-domain
家族 Family family	b.7.2.1 — Periplasmic chaperone C-domain

结构域编号 domain_id	d2uy7f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.2 — Pilus subunits

结构域编号 domain_id	d2uy7g1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.11 — PapD-like
家族 Family family	b.1.11.1 — Pilus chaperone

结构域编号 domain_id	d2uy7g2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.2 — Periplasmic chaperone C-domain
家族 Family family	b.7.2.1 — Periplasmic chaperone C-domain

结构域编号 domain_id	d2uy7h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.2 — Pilus subunits

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2uy7A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2uy7A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2uy7B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 — Fimbrial-type adhesion domain

结构域编号 domain_id	2uy7C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2uy7C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2uy7D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 — Fimbrial-type adhesion domain

结构域编号 domain_id	2uy7E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2uy7E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2uy7F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 — Fimbrial-type adhesion domain

结构域编号 domain_id	2uy7G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2uy7G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2uy7H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1090 — Fimbrial-type adhesion domain

▶

晶胞边长 a length_a	166.960 Å
晶胞边长 b length_b	166.960 Å
晶胞边长 c length_c	178.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	75.800 Å
R 因子 r_factor	0.2296
R_work r_work	0.2296
R_free r_free	0.2660

Crystal structure of the P pilus rod subunit PapA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PERIPLASMID CHAPERONE PAPD PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PAP FIMBRIAL MAJOR PILIN PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2uy7__assembly_2__model_1

2uy7__assembly_2__model_1 | I(q)

2uy7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the P pilus rod subunit PapA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PERIPLASMID CHAPERONE PAPD PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PAP FIMBRIAL MAJOR PILIN PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2uy7__assembly_2__model_1

2uy7__assembly_2__model_1 | I(q)

2uy7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)