2uyy

Structure of the cytokine-like nuclear factor n-pac

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-PAC PROTEIN

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	POTASSIUM ION × 4 ;[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3-HYDROXY-4-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL [(2R,3S,4S)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE ; × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6P1Q2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–316； UniProt 192–484 作者链 B； PDB构建体 24–316； UniProt 192–484 作者链 C； PDB构建体 24–316； UniProt 192–484 作者链 D； PDB构建体 24–316； UniProt 192–484

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2uyy
沉积日期 deposition_date	2007-04-20
结构标题 title	Structure of the cytokine-like nuclear factor n-pac
关键词 keywords	LONG-CHAIN DEHYDROGENASE, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2uyy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2uyy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2uyy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.23 Å
Rg（电子密度）	33.48 Å
总 Rg	34.02 Å
原子数	8791
残基数	1167
排除体积	157360 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2uyy__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	N-PAC PROTEIN
分子量 formula_weight	34087.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9183

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMGSITPTDKKIGFLGLGLMGSGIVSNLLKMGHTVTVWNRTAEKCDLFIQEGARLGRTPAEVVSTCDITFACVSDPKAAKDLVLGPSGVLQGIRPGKCYVDMSTVDADTVTELAQVIVSRGGRFLEAPVSGNQQLSNDGMLVILAAGDRGLYEDCSSCFQAMGKTSFFLGEVGNAAKMMLIVNMVQGSFMATIAEGLTLAQVTGQSQQTLLDILNQGQLASIFLDQKCQNILQGNFKPDFYLKYIQKDLRLAIALGDAVNHPTPMAAAANEVYKRAKALDQSDNDMSAVYRAYIH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3-HYDROXY-4-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL [(2R,3S,4S)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	623.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	371

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2uyya1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2uyya2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.100 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.100.1 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
家族 Family family	a.100.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2uyyb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2uyyb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.100 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.100.1 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
家族 Family family	a.100.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2uyyc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2uyyc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.100 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.100.1 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
家族 Family family	a.100.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2uyyd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2uyyd2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.100 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.100.1 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
家族 Family family	a.100.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2uyyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2uyyA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1040 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2

结构域编号 domain_id	2uyyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2uyyB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1040 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2

结构域编号 domain_id	2uyyC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2uyyC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1040 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2

结构域编号 domain_id	2uyyD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2uyyD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1040 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2

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晶胞边长 a length_a	134.180 Å
晶胞边长 b length_b	134.180 Å
晶胞边长 c length_c	261.463 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1720
R_work r_work	0.1700
R_free r_free	0.2110

Structure of the cytokine-like nuclear factor n-pac

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-PAC PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2uyy__assembly_1__model_1

2uyy__assembly_1__model_1 | I(q)

2uyy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the cytokine-like nuclear factor n-pac

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-PAC PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2uyy__assembly_1__model_1

2uyy__assembly_1__model_1 | I(q)

2uyy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)