2uzu

PKA structures of indazole-pyridine series of AKT inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE, ALPHA-CATALYTIC SUBUNIT

BOS TAURUS

UniProt P00517

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 15–350 片段:RESIDUES 15-350 CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE INHIBITOR ALPHA × 1 (Q3SX13) L20 (2S)-1-(1H-INDOL-3-YL)-3-{[5-(3-METHYL-1H-INDAZOL-5-YL)PYRIDIN-3-YL]OXY}PROPAN-2-AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.371

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 97 个其他 PDB 条目、111 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–336; UniProt 15–350

CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE INHIBITOR ALPHA

BOS TAURUS

UniProt Q3SX13

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 5–24 片段:RESIDUES 5-24 CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE, ALPHA-CATALYTIC SUBUNIT × 1 (P00517) L20 (2S)-1-(1H-INDOL-3-YL)-3-{[5-(3-METHYL-1H-INDAZOL-5-YL)PYRIDIN-3-YL]OXY}PROPAN-2-AMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.371

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IPKA_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–20; UniProt 5–24

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2uzu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2uzu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2uzu
沉积日期 deposition_date2007-05-01
结构标题 titlePKA structures of indazole-pyridine series of AKT inhibitors
关键词 keywords;CAMP, KINASE, MYRISTATE, TRANSFERASE, LIPOPROTEIN, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, PHOSPHORYLATION, PROTEIN KINASE A, NUCLEOTIDE-BINDING, PROTEIN KINASE INHIBITOR, ATP- BINDING, AKT INHIBITORS, NUCLEAR PROTEIN ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.05
零角强度 I(0) i027373100.00
分子量 molecular_weight41756.0 kDa
排除体积 excluded_volume52926 ų
包络体积 envelope_volume59698 ų
水化壳体积 shell_volume24153 ų
包络直径 envelope_diameter68.7
壳层 Rg shell_rg27.23
包络 Rg envelope_rg20.26
形状 Rg shape_rg20.01
总 Rg total_rg21.12
总原子数 total_atoms2957
残基数 n_residues356
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.2
Rg (实空间) rg_real21.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28
I(0) (实空间) i0_real2.7370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27370000.0000
解质量估计 total_estimate0.8997
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3
偏度 Skewness skewness0.155
峰度 Kurtosis kurtosis-0.424
角度范围 angular_range— – 0.3700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8399000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2uzue_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd2uzui_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.126 — cAMP-dependent protein kinase inhibitor
超家族 Superfamily superfamilyj.126.1 — cAMP-dependent protein kinase inhibitor
家族 Family familyj.126.1.1 — cAMP-dependent protein kinase inhibitor

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2uzuE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id2uzuE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)