2v1w

Crystal structure of human LIM protein RIL (PDLIM4) PDZ domain bound to the C-terminal peptide of human alpha-actinin-1

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PDZ AND LIM DOMAIN PROTEIN 4

HOMO SAPIENS

UniProt P50479

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 8 1,2-ETHANEDIOL × 4 MAGNESIUM ION × 4 PENTAETHYLENE GLYCOL × 4 water × 8 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PDLI4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–86; UniProt 1–85 作者链 B; PDB构建体 2–86; UniProt 1–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2v1w
沉积日期 deposition_date2007-05-30
结构标题 titleCrystal structure of human LIM protein RIL (PDLIM4) PDZ domain bound to the C-terminal peptide of human alpha-actinin-1
关键词 keywordsACTIN, STRESS, FIBRE DYNAMICS, CYTOSKELETON, LIM DOMAIN, METAL-BINDING, PHOSPHORYLATION, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2v1w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2v1w__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2v1w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)27.18 Å
Rg(电子密度)25.96 Å
总 Rg26.87 Å
原子数5268
残基数716
排除体积93013 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2v1w__assembly_1__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd2v1wa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2v1wa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2v1wb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2v1wb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2v1wb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2v1wA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id2v1wB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
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7. 引用文献 (1)