2v5h

Controlling the storage of nitrogen as arginine: the complex of PII and acetylglutamate kinase from Synechococcus elongatus PCC 7942

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLGLUTAMATE KINASE

SYNECHOCOCCUS ELONGATUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II × 6 （P0A3F4） N-ACETYL-L-GLUTAMATE × 6 SODIUM ION × 6 GLYCEROL × 1 CHLORIDE ION × 6 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARGB_SYNP7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–321； UniProt 1–301 作者链 B； PDB构建体 21–321； UniProt 1–301 作者链 C； PDB构建体 21–321； UniProt 1–301 作者链 D； PDB构建体 21–321； UniProt 1–301 作者链 E； PDB构建体 21–321； UniProt 1–301 作者链 F； PDB构建体 21–321； UniProt 1–301

NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II

SYNECHOCOCCUS ELONGATUS

UniProt P0A3F4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	ACETYLGLUTAMATE KINASE × 6 （Q6V1L5） N-ACETYL-L-GLUTAMATE × 6 SODIUM ION × 6 GLYCEROL × 1 CHLORIDE ION × 6 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLNB_SYNP7
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 H； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 I； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 J； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 K； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 L； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2v5h
沉积日期 deposition_date	2007-07-04
结构标题 title	Controlling the storage of nitrogen as arginine: the complex of PII and acetylglutamate kinase from Synechococcus elongatus PCC 7942
关键词 keywords	;AMINO-ACID BIOSYNTHESIS, TRANSCRIPTION REGULATION, TRANSFERASE, CYANOBACTERIA, TRANSCRIPTION, N-ACETYL-L-GLUTAMATE KINASE, PII SIGNAL PROTEIN, NUCLEOTIDE-BINDING, ACETYLGLUTAMATE, PHOSPHORYLATION, AMINO ACID KINASE, GLNB, KINASE, TRIMER, HEXAMER, ATP-BINDING, ARGININE INHIBITION, ARGININE BIOSYNTHESIS ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2v5h__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2v5h__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2v5h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.03 Å
Rg（电子密度）	40.08 Å
总 Rg	40.56 Å
原子数	17924
残基数	2371
排除体积	321010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2v5h__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ACETYLGLUTAMATE KINASE
分子量 formula_weight	34492.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.2.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	18185

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSSEFIEAGAADRVRILSEALPYLQQFAGRTVVVKYGGAAMKQEELKEAVMRDIVFLACVGMRPVVVHGGGPEINAWLGRVGIEPQFHNGLRVTDADTMEVVEMVLVGRVNKDIVSRINTTGGRAVGFCGTDGRLVLARPHDQEGIGFVGEVNSVNSEVIEPLLERGYIPVISSVAADENGQSFNINADTVAGEIAAALNAEKLILLTDTRGILEDPKRPESLIPRLNIPQSRELIAQGIVGGGMIPKVDCCIRSLAQGVRAAHIIDGRIPHALLLEIFTDAGIGTMIVGSGYHEAHQPWQ

来源 Source

来源生物 organism	SYNECHOCOCCUS ELONGATUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
分子量 formula_weight	12409.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

MKKIEAIIRPFKLDEVKIALVNAGIVGMTVSEVRGFGRQKGQTERYRGSEYTVEFLQKLKLEIVVEDAQVDTVIDKIVAAARTGEIGDGKIFVSPVDQTIRIRTGEKNADAI

来源 Source

来源生物 organism	SYNECHOCOCCUS ELONGATUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-ACETYL-L-GLUTAMATE
分子量 formula_weight	189.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	187

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2v5ha_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2v5hb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2v5hc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2v5hd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2v5he_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2v5hf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2v5hg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

结构域编号 domain_id	d2v5hh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

结构域编号 domain_id	d2v5hi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

结构域编号 domain_id	d2v5hj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

结构域编号 domain_id	d2v5hk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

结构域编号 domain_id	d2v5hl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2v5hA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2v5hB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2v5hC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2v5hD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2v5hE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2v5hF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2v5hG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2v5hH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2v5hI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2v5hJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2v5hK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2v5hL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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晶胞边长 a length_a	90.379 Å
晶胞边长 b length_b	161.027 Å
晶胞边长 c length_c	91.562 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2360

Controlling the storage of nitrogen as arginine: the complex of PII and acetylglutamate kinase from Synechococcus elongatus PCC 7942

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLGLUTAMATE KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2v5h__assembly_1__model_1

2v5h__assembly_1__model_1 | I(q)

2v5h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Controlling the storage of nitrogen as arginine: the complex of PII and acetylglutamate kinase from Synechococcus elongatus PCC 7942

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLGLUTAMATE KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2v5h__assembly_1__model_1

2v5h__assembly_1__model_1 | I(q)

2v5h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)