2v89

Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2

MUS MUSCULUS

UniProt P21784

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 HISTONE H3 × 1 (Q5TEC6) ZINC ION × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 HISTONE H3 × 1 (Q5TEC6) ZINC ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAG2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 9–82; UniProt 414–487 作者链 B; PDB构建体 9–82; UniProt 414–487

HISTONE H3

物种未注明

UniProt Q5TEC6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2 × 1 (P21784) ZINC ION × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2 × 1 (P21784) ZINC ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5TEC6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–10; UniProt 2–10 作者链 E; PDB构建体 1–10; UniProt 2–10

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2v89
沉积日期 deposition_date2007-08-03
结构标题 titleCrystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution
关键词 keywords;V(D)J RECOMBINATION, COVALENT MODIFICATIONS, RAG, HISTONE, NUCLEUS, NUCLEASE, HYDROLASE, PHD FINGER, DNA-BINDING, RECOMBINASE, ENDONUCLEASE, TRIMETHYL LYSINE, DNA RECOMBINATION, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2v89__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2v89__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2v89__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)13.96 Å
Rg(电子密度)12.80 Å
总 Rg13.95 Å
原子数1359
残基数87
排除体积12437 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2v89__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2v89__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2v89a2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.50 — FYVE/PHD zinc finger
超家族 Superfamily superfamilyg.50.1 — FYVE/PHD zinc finger
家族 Family familyg.50.1.2 — PHD domain
结构域编号 domain_idd2v89a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2v89b_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.50 — FYVE/PHD zinc finger
超家族 Superfamily superfamilyg.50.1 — FYVE/PHD zinc finger
家族 Family familyg.50.1.2 — PHD domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2v89A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily290 — Rag2 PHD finger
结构域编号 domain_id2v89B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily290 — Rag2 PHD finger
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7. 引用文献 (2)