SAXSdb — 2vaq

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

STRICTOSIDINE SYNTHASE

RAUVOLFIA SERPENTINA

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;(2S,3R,4S)-methyl 4-(2-(2-(1H-indol-3-yl)ethylamino)ethyl)-2-((2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yloxy)-3-vinyl-3,4-dihydro-2H-pyran-5-carboxylate ; × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STSY_RAUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–322； UniProt 23–344 作者链 B； PDB构建体 1–322； UniProt 23–344

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vaq
沉积日期 deposition_date	2007-09-04
结构标题 title	STRUCTURE OF STRICTOSIDINE SYNTHASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR
关键词 keywords	ALKALOID METABOLISM, GLYCOPROTEIN, LYASE, SIX BLADED BETA PROPELLER FOLD, STR1, SYNTHASE, VACUOLE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vaq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vaq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vaq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.84 Å
Rg（电子密度）	28.40 Å
总 Rg	29.16 Å
原子数	4879
残基数	610
排除体积	86642 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vaq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	STRICTOSIDINE SYNTHASE
分子量 formula_weight	35765.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.3.3.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4893

SLALSSPILKEILIEAPSYAPNSFTFDSTNKGFYTSVQDGRVIKYEGPNSGFVDFAYASPYWNKAFCENSTDAEKRPLCGRTYDISYNLQNNQLYIVDCYYHLSVVGSEGGHATQLATSVDGVPFKWLYAVTVDQRTGIVYFTDVSTLYDDRGVQQIMDTSDKTGRLIKYDPSTKETTLLLKELHVPGGAEVSADSSFVLVAEFLSHQIVKYWLEGPKKGTAEVLVKIPNPGNIKRNADGHFWVSSSEELDGNMHGRVDPKGIKFDEFGNILEVIPLPPPFAGEHFEQIQEHDGLLYIGTLFHGSVGILVYDKKGNSFVSSH

来源 Source

来源生物 organism	RAUVOLFIA SERPENTINA
通用名 common_name	SERPENTWOOD
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4060
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2S,3R,4S)-methyl 4-(2-(2-(1H-indol-3-yl)ethylamino)ethyl)-2-((2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yloxy)-3-vinyl-3,4-dihydro-2H-pyran-5-carboxylate ;
分子量 formula_weight	532.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2vaqA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2vaqB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

▶

晶胞边长 a length_a	149.993 Å
晶胞边长 b length_b	149.993 Å
晶胞边长 c length_c	121.688 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.010 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2470

STRUCTURE OF STRICTOSIDINE SYNTHASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

STRICTOSIDINE SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vaq__assembly_1__model_1

2vaq__assembly_1__model_1 | I(q)

2vaq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

STRUCTURE OF STRICTOSIDINE SYNTHASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

STRICTOSIDINE SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vaq__assembly_1__model_1

2vaq__assembly_1__model_1 | I(q)

2vaq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)