SAXSdb — 2vd4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL PROTEIN GLMU

HAEMOPHILUS INFLUENZAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	4-chloro-N-(3-methoxypropyl)-N-[(3S)-1-(2-phenylethyl)piperidin-3-yl]benzamide × 3 SULFATE ION × 18 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 TRIETHYLENE GLYCOL × 3 MAGNESIUM ION × 6 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLMU_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–456； UniProt 1–456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vd4
沉积日期 deposition_date	2007-09-28
结构标题 title	Structure of small-molecule inhibitor of Glmu from Haemophilus influenzae reveals an allosteric binding site
关键词 keywords	;GLMU, INHIBITOR, MAGNESIUM, CELL SHAPE, PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS, ALLOSTERIC, TRANSFERASE, ACTIVE SITE, METAL-BINDING, CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION, MULTIFUNCTIONAL ENZYME, NUCLEOTIDYLTRANSFERASE, ACYLTRANSFERASE, URIDYLTRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vd4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vd4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vd4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.36 Å
Rg（电子密度）	36.40 Å
总 Rg	36.76 Å
原子数	10529
残基数	1350
排除体积	187380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vd4__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BIFUNCTIONAL PROTEIN GLMU
分子量 formula_weight	49346.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3810

MTKKALSAVILAAGKGTRMYSDLPKVLHTIAGKPMVKHVIDTAHQLGSENIHLIYGHGGDLMRTHLANEQVNWVLQTEQLGTAHAVQQAAPFFKDNENIVVLYGDAPLITKETLEKLIEAKPENGIALLTVNLDNPTGYGRIIRENGNVVAIVEQKDANAEQLNIKEVNTGVMVSDGASFKKWLARVGNNNAQGEYYLTDLIALANQDNCQVVAVQATDVMEVEGANNRLQLAALERYFQNKQASKLLLEGVMIYDPARFDLRGTLEHGKDVEIDVNVIIEGNVKLGDRVKIGTGCVLKNVVIGNDVEIKPYSVLEDSIVGEKAAIGPFSRLRPGAELAAETHVGNFVEIKKSTVGKGSKVNHLTYVGDSEIGSNCNIGAGVITCNYDGANKFKTIIGDDVFVGSDTQLVAPVKVANGATIGAGTTITRDVGENELVITRVAQRHIQGWQRPIKKK

来源 Source

来源生物 organism	HAEMOPHILUS INFLUENZAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-chloro-N-(3-methoxypropyl)-N-[(3S)-1-(2-phenylethyl)piperidin-3-yl]benzamide
分子量 formula_weight	415.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	291

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2vd4a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vd4a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.81 — Single-stranded left-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.81.1 — Trimeric LpxA-like enzymes
家族 Family family	b.81.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2vd4A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

结构域编号 domain_id	2vd4A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	10 — UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexapeptide repeat proteins

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晶胞边长 a length_a	108.186 Å
晶胞边长 b length_b	108.186 Å
晶胞边长 c length_c	327.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	111.800 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2040

Structure of small-molecule inhibitor of Glmu from Haemophilus influenzae reveals an allosteric binding site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL PROTEIN GLMU

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vd4__assembly_1__model_1

2vd4__assembly_1__model_1 | I(q)

2vd4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of small-molecule inhibitor of Glmu from Haemophilus influenzae reveals an allosteric binding site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL PROTEIN GLMU

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vd4__assembly_1__model_1

2vd4__assembly_1__model_1 | I(q)

2vd4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)