SAXSdb — 2vdw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

VACCINIA VIRUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT × 1 （P04318） SULFATE ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT × 1 （P04318） SULFATE ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT × 1 （P04318） SULFATE ION × 3 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT × 1 （P04318） SULFATE ION × 5 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCEL_VACCV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–302； UniProt 545–844 作者链 C； PDB构建体 3–302； UniProt 545–844 作者链 E； PDB构建体 3–302； UniProt 545–844 作者链 G； PDB构建体 3–302； UniProt 545–844

MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

VACCINIA VIRUS

UniProt P04318

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT × 1 （P04298） SULFATE ION × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT × 1 （P04298） SULFATE ION × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT × 1 （P04298） SULFATE ION × 3 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT × 1 （P04298） SULFATE ION × 5 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCES_VACCV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287 作者链 D； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287 作者链 F； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287 作者链 H； PDB构建体 1–287； UniProt 1–287

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vdw
沉积日期 deposition_date	2007-10-12
结构标题 title	Guanosine N7 methyl-transferase sub-complex (D1-D12) of the vaccinia virus mRNA capping enzyme
关键词 keywords	;NUCLEOTIDYLTRANSFERASE, S-ADENOSYL-L-METHIONINE, RNA METABOLISM, MRNA PROCESSING, METHYLTRANSFERASE, POXVIRUS, HYDROLASE, TRANSFERASE, MRNA CAPPING, S-ADENOSYL HOMOCYSTEINE, D1-D12 HETERODIMER, METHYL-TRANSFERASE, MRNA CAPPING ENZYME, MULTIFUNCTIONAL ENZYME ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vdw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vdw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vdw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.66 Å
Rg（电子密度）	25.48 Å
总 Rg	26.46 Å
原子数	4756
残基数	579
排除体积	85383 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vdw__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vdw__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2vdw__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2vdw__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT
分子量 formula_weight	34760.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	18796

GADKFRLNPEVSYFTNKRTRGPLGILSNYVKTLLISMYCSKTFLDDSNKRKVLAIDFGNGADLEKYFYGEIALLVATDPDADAIARGNERYNKLNSGIKTKYYKFDYIQETIRSDTFVSSVREVFYFGKFNIIDWQFAIHYSFHPRHYATVMNNLSELTASGGKVLITTMDGDKLSKLTDKKTFIIHKNLPSSENYMSVEKIADDRIVVYNPSTMSTPMTEYIIKKNDIVRVFNEYGFVLVDNVDFATIIERSKKFINGASTMEDRPSTRNFFELNRGAIKCEGLDVEDLLSYYVVYVFSKR

来源 Source

来源生物 organism	VACCINIA VIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10245
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT
分子量 formula_weight	33396.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.56
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MDEIVKNIREGTHVLLPFYETLPELNLSLGKSPLPSLEYGANYFLQISRVNDLNRMPTDMLKLFTHDIMLPESDLDKVYEILKINSVKYYGRSTKADAVVADLSARNKLFKRERDAIKSNNHLTENNLYISDYKMLTFDVFRPLFDFVNEKYCIIKLPTLFGRGVIDTMRIYCSLFKNVRLLKCVSDSWLKDSAIMVASDVCKKNLDLFMSHVKSVTKSSSWKDVNSVQFSILNNPVDTEFINKFLEFSNRVYEALYYVHSLLYSSMTSDSKSIENKHQRRLVKLLL

来源 Source

来源生物 organism	VACCINIA VIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10245
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2vdwA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2vdwB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11680 — Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit

结构域编号 domain_id	2vdwC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2vdwD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11680 — Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit

结构域编号 domain_id	2vdwE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2vdwF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11680 — Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit

结构域编号 domain_id	2vdwG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2vdwH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11680 — Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit

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晶胞边长 a length_a	60.890 Å
晶胞边长 b length_b	61.020 Å
晶胞边长 c length_c	225.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	94.22 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	108.26 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	48.390 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2650

Guanosine N7 methyl-transferase sub-complex (D1-D12) of the vaccinia virus mRNA capping enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vdw__assembly_1__model_1

2vdw__assembly_1__model_1 | I(q)

2vdw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Guanosine N7 methyl-transferase sub-complex (D1-D12) of the vaccinia virus mRNA capping enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vdw__assembly_1__model_1

2vdw__assembly_1__model_1 | I(q)

2vdw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)