SAXSdb — 2vgp

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A

XENOPUS LAEVIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	INNER CENTROMERE PROTEIN A × 1 （O13024） 4-[(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)amino]-N-methylbenzamide × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	INNER CENTROMERE PROTEIN A × 1 （O13024） 4-[(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)amino]-N-methylbenzamide × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AUKBA_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–284； UniProt 78–361 作者链 B； PDB构建体 1–284； UniProt 78–361

INNER CENTROMERE PROTEIN A

XENOPUS LAEVIS

UniProt O13024

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A × 1 （Q6DE08） 4-[(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)amino]-N-methylbenzamide × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A × 1 （Q6DE08） 4-[(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)amino]-N-methylbenzamide × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INCEA_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–43； UniProt 798–840 作者链 D； PDB构建体 1–43； UniProt 798–840

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vgp
沉积日期 deposition_date	2007-11-15
结构标题 title	Crystal structure of Aurora B kinase in complex with a aminothiazole inhibitor
关键词 keywords	;NUCLEOTIDE-BINDING, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, ATP-BINDING, TRANSFERASE, COILED COIL, CELL DIVISION, KINASE, CANCER, INCENP, NUCLEUS, MITOSIS, AURORA B, METAL-BINDING, AMINOTHIAZOLE, PHOSPHORYLATION, MAGNESIUM, CELL CYCLE, CENTROMERE, MICROTUBULE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vgp__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vgp__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vgp__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.80 Å
Rg（电子密度）	20.88 Å
总 Rg	21.77 Å
原子数	2654
残基数	317
排除体积	47473 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vgp__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vgp__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A
分子量 formula_weight	33537.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6015

TALAEMPKRKFTIDDFDIGRPLGKGKFGNVYLAREKQNKFIMALKVLFKSQLEKEGVEHQLRREIEIQSHLRHPNILRMYNYFHDRKRIYLMLEFAPRGELYKELQKHGRFDEQRSATFMEELADALHYCHERKVIHRDIKPENLLMGYKGELKIADFGWSVHAPSLRRRTMCGTLDYLPPEMIEGKTHDEKVDLWCAGVLCYEFLVGMPPFDSPSHTETHRRIVNVDLKFPPFLSDGSKDLISKLLRYHPPQRLPLKGVMEHPWVKANSRRVLPPVYQSTQSK

来源 Source

来源生物 organism	XENOPUS LAEVIS
通用名 common_name	AFRICAN CLAWED FROG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	INNER CENTROMERE PROTEIN A
分子量 formula_weight	4976.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

IPAWASGNLLTQAIRQQYYKPIDVDRMYGTIDSPKLEELFNKS

来源 Source

来源生物 organism	XENOPUS LAEVIS
通用名 common_name	AFRICAN CLAWED FROG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-[(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)amino]-N-methylbenzamide
分子量 formula_weight	312.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	729

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2vgpa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d2vgpb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2vgpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	2vgpA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	2vgpB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	2vgpB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	2vgpC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2230 —

结构域编号 domain_id	2vgpD00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2990 —

▶

晶胞边长 a length_a	45.958 Å
晶胞边长 b length_b	67.196 Å
晶胞边长 c length_c	117.263 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2080
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2430

Crystal structure of Aurora B kinase in complex with a aminothiazole inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

INNER CENTROMERE PROTEIN A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vgp__assembly_2__model_1

2vgp__assembly_2__model_1 | I(q)

2vgp__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Aurora B kinase in complex with a aminothiazole inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

INNER CENTROMERE PROTEIN A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vgp__assembly_2__model_1

2vgp__assembly_2__model_1 | I(q)

2vgp__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)