2vjc

Torpedo Californica Acetylcholinesterase In Complex With A Non Hydrolysable Substrate Analogue, 4-Oxo-N,N,N- Trimethylpentanaminium - Orthorhombic space group - Dataset A at 150K

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 129.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLCHOLINESTERASE

物种未注明

UniProt P04058

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–558 链 B; UniProt 22–558 片段:RESIDUES 22-558 CL CHLORIDE ION × 4 CCD (4R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYLPENTAN-1-AMINIUM × 2 CHH N,N,N-TRIMETHYL-4-OXOPENTAN-1-AMINIUM × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;277 K;32% PEG200, 150MM MES, PH6, 4 DEG. C. 2 HOURS SOAKING IN MOTHER LIQUOR SOLUTION CONTAINING 0.5 MM OTMA, pH 6.0 分辨率 2.30 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、125 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_TORCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–537; UniProt 22–558 作者链 B; PDB构建体 1–537; UniProt 22–558

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2vjc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2vjc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vjc
沉积日期 deposition_date2007-12-09
结构标题 titleTorpedo Californica Acetylcholinesterase In Complex With A Non Hydrolysable Substrate Analogue, 4-Oxo-N,N,N- Trimethylpentanaminium - Orthorhombic space group - Dataset A at 150K
关键词 keywords;SERINE ESTERASE, ALTERNATIVE SPLICING, NEUROTRANSMITTER DEGRADATION, KINETIC CRYSTALLOGRAPHY, STRUCTURAL DYNAMICS, XRAY DAMAGE, SUBSTRATE ANALOGUE, LIPOPROTEIN, GLYCOPROTEIN, CELL JUNCTION, SYNAPSE, MEMBRANE, HYDROLASE, GPI-ANCHOR ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.38
零角强度 I(0) i0217948000.00
分子量 molecular_weight121720.0 kDa
排除体积 excluded_volume152740 ų
包络体积 envelope_volume186550 ų
水化壳体积 shell_volume42199 ų
包络直径 envelope_diameter136.6
壳层 Rg shell_rg42.15
包络 Rg envelope_rg38.20
形状 Rg shape_rg38.34
总 Rg total_rg38.72
总原子数 total_atoms8584
残基数 n_residues1060
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.1
Rg (实空间) rg_real38.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.16
I(0) (实空间) i0_real2.1790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal217900000.0000
解质量估计 total_estimate0.7971
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.6
偏度 Skewness skewness0.473
峰度 Kurtosis kurtosis-0.600
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha61800000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.620; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.795; Smooth: 0.702

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2vjca_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like
结构域编号 domain_idd2vjcb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2vjcA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id2vjcB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)