SAXSdb — 2vjv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSPOSASE ORFA

HELICOBACTER PYLORI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	;5'-D(DADADADGDCDCDCDCDTDADGDCDTPDT DTDTDADGDCDTDADTDGDGDGDGP)-3' ; × 2 5'-D(DTDADTDTDADCP)-3' × 2 MAGNESIUM ION × 3 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q933Z0_HELPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–159； UniProt 2–155 作者链 B； PDB构建体 6–159； UniProt 2–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vjv
沉积日期 deposition_date	2007-12-13
结构标题 title	Crystal structure of the IS608 transposase in complex with left end 26-mer DNA hairpin and a 6-mer DNA representing the left end cleavage site
关键词 keywords	DNA-BINDING PROTEIN, PROTEIN-DNA COMPLEX, HUH MOTIF, DNA STEM LOOP, TRANSPOSITION, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vjv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vjv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vjv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.59 Å
Rg（电子密度）	22.67 Å
总 Rg	23.41 Å
原子数	3347
残基数	314
排除体积	56171 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vjv__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRANSPOSASE ORFA
分子量 formula_weight	18392.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3622

GSAMASNAVLYKSNHNVVYSCKYHIVWCPKYRRKVLVGAVEMRLKEIIQEVAKELRVEIIEMQTDKDHIHILADIDPSFGVMKFIKTAKGRSSRILRQEFNHLKTKLPTLWTNSCFISTVGGAPLNVVKQYIENQQNSNRPKQKEKWKSYVDNLQTKAL

来源 Source

来源生物 organism	HELICOBACTER PYLORI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(DADADADGDCDCDCDCDTDADGDCDTPDT DTDTDADGDCDTDADTDGDGDGDGP)-3' ;
分子量 formula_weight	8003.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

AAAGCCCCTAGCTTTTAGCTATGGGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(DTDADTDTDADCP)-3'
分子量 formula_weight	1783.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

TATTAC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	275

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2vjva1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.57 — Transposase IS200-like
家族 Family family	d.58.57.1 — Transposase IS200-like

结构域编号 domain_id	d2vjvb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.57 — Transposase IS200-like
家族 Family family	d.58.57.1 — Transposase IS200-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2vjvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1290 — Transposase IS200-like

结构域编号 domain_id	2vjvB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1290 — Transposase IS200-like

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晶胞边长 a length_a	66.292 Å
晶胞边长 b length_b	72.407 Å
晶胞边长 c length_c	110.174 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	24.610 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2270

Crystal structure of the IS608 transposase in complex with left end 26-mer DNA hairpin and a 6-mer DNA representing the left end cleavage site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSPOSASE ORFA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vjv__assembly_1__model_1

2vjv__assembly_1__model_1 | I(q)

2vjv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the IS608 transposase in complex with left end 26-mer DNA hairpin and a 6-mer DNA representing the left end cleavage site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSPOSASE ORFA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vjv__assembly_1__model_1

2vjv__assembly_1__model_1 | I(q)

2vjv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)