2vkr

3Fe-4S, 4Fe-4S plus Zn Acidianus ambivalens ferredoxin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ZINC-CONTAINING FERREDOXIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FER_ACIAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 C； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 E； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 G； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vkr
沉积日期 deposition_date	2007-12-23
结构标题 title	3Fe-4S, 4Fe-4S plus Zn Acidianus ambivalens ferredoxin
关键词 keywords	;ZINC, IRON, 3FE-4S, 4FE-4S, TRANSPORT, ZN CENTER, HEMIHEDRIC TWINNIG, IRON-SULFUR PROTEIN, FERREDOXIN, METHYLATION, THERMOPHILE, IRON-SULFUR, THERMOSTABLE PROTEIN, METAL-BINDING, PROTEIN FOLDING, ELECTRON TRANSPORT ;; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vkr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vkr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	13.00 Å
Rg（电子密度）	12.11 Å
总 Rg	13.13 Å
原子数	786
残基数	103
排除体积	14115 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vkr__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vkr__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2vkr__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2vkr__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2vkr__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2vkr__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`2vkr__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
分子量 formula_weight	11014.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	5616

GIDPNYRTSRQVVGEHQGHKVYGPVDPPKVLGIHGTIVGVDFDLCIADGSCITACPVNVFQWYDTPGHPASEKKADPINEQACIFCMACVNVCPVAAIDVKPP

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	109

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d2vkra_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.3 — Archaeal ferredoxins

结构域编号 domain_id	d2vkrb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.3 — Archaeal ferredoxins

结构域编号 domain_id	d2vkrc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.3 — Archaeal ferredoxins

结构域编号 domain_id	d2vkrd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.3 — Archaeal ferredoxins

结构域编号 domain_id	d2vkre_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.3 — Archaeal ferredoxins

结构域编号 domain_id	d2vkrf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.3 — Archaeal ferredoxins

结构域编号 domain_id	d2vkrg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.3 — Archaeal ferredoxins

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	2vkrA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2vkrB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2vkrC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2vkrD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2vkrE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2vkrF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2vkrG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (6)

Crystallographic analysis of the intact metal centres [3Fe-4S](1+/0) and [4Fe-4S](2+/1+) in a Zn(2+) -containing ferredoxin.

FEBS Lett. (2008)

PMID: 18258200 · DOI: 10.1016/j.febslet.2008.01.041 PRIMARY

A Spectroscopic Study of the Temperature Induced Modifications on Ferredoxin Folding and Iron-Sulfur Moieties

Biochemistry (2007)

PMID: 17696500 · DOI: 10.1021/BI700967G

;Studies of the Molten Globule State of Ferredoxin: Structural Characterisation and Implications on Protein Folding and Iron-Sulfur Centre Assembly ;

Proteins: Struct.,Funct., Genet. (2007)

PMID: 17510960 · DOI: 10.1002/PROT.21448

;Natural Domain Design: Enhanced Thermal Stability of a Zinc Lacking Ferredoxin Isoform Shows that a Hydrophobic Core Efficiently Replaces the Structural Metal Site ;

Biochemistry (2006)

PMID: 16922514 · DOI: 10.1021/BI0610698

,Di-Cluster, Seven-Iron Ferredoxins from Hyperthermophilic Sulfolobales

J.Biol.Inorg.Chem. (1998)

A Seven Iron Ferredoxin from the Thermoacidophilic Archaeon Desulfurolobus Ambivalens

Eur.J.Biochem. (1995)

PMID: 7851403 · DOI: 10.1111/J.1432-1033.1995.TB20392.X

晶胞边长 a length_a	117.500 Å
晶胞边长 b length_b	117.500 Å
晶胞边长 c length_c	50.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	21

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	19.480 Å
R 因子 r_factor	0.2196
R_work r_work	—
R_free r_free	0.2729

3Fe-4S, 4Fe-4S plus Zn Acidianus ambivalens ferredoxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ZINC-CONTAINING FERREDOXIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vkr__assembly_1__model_1

2vkr__assembly_1__model_1 | I(q)

2vkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (6)

3Fe-4S, 4Fe-4S plus Zn Acidianus ambivalens ferredoxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ZINC-CONTAINING FERREDOXIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vkr__assembly_1__model_1

2vkr__assembly_1__model_1 | I(q)

2vkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (6)