SAXSdb — 2vng

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CPE0329

CLOSTRIDIUM PERFRINGENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose × 1 CALCIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose × 1 CALCIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8XNK4_CLOPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–180； UniProt 27–206 作者链 B； PDB构建体 1–180； UniProt 27–206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vng
沉积日期 deposition_date	2008-02-04
结构标题 title	Family 51 carbohydrate binding module from a family 98 glycoside hydrolase produced by Clostridium perfringens in complex with blood group A-trisaccharide ligand.
关键词 keywords	;FAMILY 51 CARBOHYDRATE BINDING MODULE, CLOSTRIDIUM PERFRINGENS, FAMILY 98 GLYCOSIDE HYDROLASE, A-TRISACCHARIDE, BLOOD GROUP ANTIGEN, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vng__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vng__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vng__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.65 Å
Rg（电子密度）	15.23 Å
总 Rg	16.42 Å
原子数	1353
残基数	171
排除体积	24031 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vng__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vng__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CPE0329
分子量 formula_weight	19875.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3359

EVYALEESRDVYLSDLDWLNATHGDDTKSKIVQKNHPFTPGNNNQSTKISLKMEDGSISEFEKGLGTIAGSPSTITYDISGAGVTKFFSYLGIDRSANPINEQYAKVDKIEVVVDGKVIYSTINQFPNGLTYETPAIKVDLNIPENAKRLQLKSYAGEKTWGDEVVYADAKFTAKGDFVN

来源 Source

来源生物 organism	CLOSTRIDIUM PERFRINGENS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1502
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	529.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	585

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2vnga1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.33 — NPCBM-like

结构域编号 domain_id	d2vngb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.33 — NPCBM-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2vngA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — NPCBM/NEW2 domain

结构域编号 domain_id	2vngB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — NPCBM/NEW2 domain

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晶胞边长 a length_a	69.683 Å
晶胞边长 b length_b	98.754 Å
晶胞边长 c length_c	49.241 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	56.800 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2350

Family 51 carbohydrate binding module from a family 98 glycoside hydrolase produced by Clostridium perfringens in complex with blood group A-trisaccharide ligand.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CPE0329

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vng__assembly_1__model_1

2vng__assembly_1__model_1 | I(q)

2vng__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Family 51 carbohydrate binding module from a family 98 glycoside hydrolase produced by Clostridium perfringens in complex with blood group A-trisaccharide ligand.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CPE0329

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vng__assembly_1__model_1

2vng__assembly_1__model_1 | I(q)

2vng__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)