SAXSdb — 2vof

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BCL-2-RELATED PROTEIN A1

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–152 链 C； UniProt 1–152	片段：RESIDUES 1-152 突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BCL-2-BINDING COMPONENT 3 × 2 （Q99ML1） CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1 M CITRIC ACID.KOH (PH 4.35), 15% PEG 20,000, 0.4 M LICL, 20% GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–152	片段：RESIDUES 1-152 突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BCL-2-BINDING COMPONENT 3 × 1 （Q99ML1） CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1 M CITRIC ACID.KOH (PH 4.35), 15% PEG 20,000, 0.4 M LICL, 20% GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–152	片段：RESIDUES 1-152 突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BCL-2-BINDING COMPONENT 3 × 1 （Q99ML1） CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1 M CITRIC ACID.KOH (PH 4.35), 15% PEG 20,000, 0.4 M LICL, 20% GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2VOF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2VOG Structure of mouse A1 bound to the Bmf BH3-domain 提交 2008-02-17	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–152（152 aa）片段：RESIDUES 1-152	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 18% PEG 2000, 0.88 M LICL, 0.1 M CITRIC ACID, KOH (PH 4.35)	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
2VOH Structure of mouse A1 bound to the Bak BH3-domain 提交 2008-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–152（152 aa）片段：RESIDUES 1-152	突变：YES	CIT CITRIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M SODIUM CITRATE (PH 5.6), 0.3 M (NH4)2SO4, 0.6 M LI2SO4	分辨率 1.90 Å R-free 0.229
2VOI Structure of mouse A1 bound to the Bid BH3-domain 提交 2008-02-17	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–152（152 aa）片段：RESIDUES 1-152	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M CITRIC ACID, KOH (PH 4.2), 18% PEG 2000, 0.4 M LICL	分辨率 2.10 Å R-free 0.242

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2LA1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–157； UniProt 1–152 作者链 C； PDB构建体 6–157； UniProt 1–152

BCL-2-BINDING COMPONENT 3

MUS MUSCULUS

UniProt Q99ML1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 130–155 链 D； UniProt 130–155	片段：BH3-DOMAIN, RESIDUES 130-155 突变：YES	BCL-2-RELATED PROTEIN A1 × 2 （Q07440） CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1 M CITRIC ACID.KOH (PH 4.35), 15% PEG 20,000, 0.4 M LICL, 20% GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 130–155	片段：BH3-DOMAIN, RESIDUES 130-155 突变：YES	BCL-2-RELATED PROTEIN A1 × 1 （Q07440） CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1 M CITRIC ACID.KOH (PH 4.35), 15% PEG 20,000, 0.4 M LICL, 20% GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 130–155	片段：BH3-DOMAIN, RESIDUES 130-155 突变：YES	BCL-2-RELATED PROTEIN A1 × 1 （Q07440） CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1 M CITRIC ACID.KOH (PH 4.35), 15% PEG 20,000, 0.4 M LICL, 20% GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2VOF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2ROC Solution structure of Mcl-1 Complexed with Puma 提交 2008-03-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 130–155（26 aa）片段：BH3 domain, residues 130-155	突变：M144I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120 mM；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mcl-1; 0.5mM Puma; 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5mM Mcl-1; 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Puma; 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BBC3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–26； UniProt 130–155 作者链 D； PDB构建体 1–26； UniProt 130–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vof
沉积日期 deposition_date	2008-02-17
结构标题 title	Structure of mouse A1 bound to the Puma BH3-domain
关键词 keywords	BH3, BCL-2, APOPTOSIS, PRO-SURVIVAL, MITOCHONDRION, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.39 Å
零角强度 I(0) i0	25825800.00
分子量 molecular_weight	38845.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48374 Å³
包络体积 envelope_volume	56472 Å³
水化壳体积 shell_volume	21557 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.6 Å
壳层 Rg shell_rg	28.50 Å
包络 Rg envelope_rg	22.84 Å
形状 Rg shape_rg	22.28 Å
总 Rg total_rg	23.46 Å
总原子数 total_atoms	2717
残基数 n_residues	331
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25830000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8275
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.430
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.332
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8481000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.641; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.838; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BCL-2-RELATED PROTEIN A1
分子量 formula_weight	18110.0 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2900

GPLGSMAESELMHIHSLAEHYLQYVLQVPAFESAPSQACRVLQRVAFSVQKEVEKNLKSYLDDFHVESIDTARIIFNQVMEKEFEDGIINWGRIVTIFAFGGVLLKKLKQEQIALDVSAYKQVSSFVAEFIMNNTGEWIRQNGGWEDGFIKKFEPKS

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BCL-2-BINDING COMPONENT 3
分子量 formula_weight	3193.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

EEEWAREIGAQLRRIADDLNAQYERR

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	176

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2vofa1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamily	f.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family family	f.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vofa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2vofc1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamily	f.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family family	f.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vofc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2vofA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Blc2-like

结构域编号 domain_id	2vofC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Blc2-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.640 Å
晶胞边长 b length_b	60.683 Å
晶胞边长 c length_c	59.986 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	43.980 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2100

fit	/app/data/saxs_computation/vo/2vof/2vof.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vo/2vof/2vof.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vo/2vof/2vof.dat

Structure of mouse A1 bound to the Puma BH3-domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BCL-2-RELATED PROTEIN A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

BCL-2-BINDING COMPONENT 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)