SAXSdb — 2voh

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BCL-2-RELATED PROTEIN A1

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–152	片段：RESIDUES 1-152 突变：YES	BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER × 1 （O08734） CIT CITRIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1 M SODIUM CITRATE (PH 5.6), 0.3 M (NH4)2SO4, 0.6 M LI2SO4	分辨率 1.90 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2VOH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2VOF Structure of mouse A1 bound to the Puma BH3-domain 提交 2008-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–152（152 aa）片段：RESIDUES 1-152 链 C 1–152（152 aa）片段：RESIDUES 1-152	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M CITRIC ACID.KOH (PH 4.35), 15% PEG 20,000, 0.4 M LICL, 20% GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
2VOF Structure of mouse A1 bound to the Puma BH3-domain 提交 2008-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–152（152 aa）片段：RESIDUES 1-152	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M CITRIC ACID.KOH (PH 4.35), 15% PEG 20,000, 0.4 M LICL, 20% GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
2VOF Structure of mouse A1 bound to the Puma BH3-domain 提交 2008-02-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–152（152 aa）片段：RESIDUES 1-152	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M CITRIC ACID.KOH (PH 4.35), 15% PEG 20,000, 0.4 M LICL, 20% GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
2VOG Structure of mouse A1 bound to the Bmf BH3-domain 提交 2008-02-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–152（152 aa）片段：RESIDUES 1-152	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 18% PEG 2000, 0.88 M LICL, 0.1 M CITRIC ACID, KOH (PH 4.35)	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
2VOI Structure of mouse A1 bound to the Bid BH3-domain 提交 2008-02-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–152（152 aa）片段：RESIDUES 1-152	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M CITRIC ACID, KOH (PH 4.2), 18% PEG 2000, 0.4 M LICL	分辨率 2.10 Å R-free 0.242

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2LA1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–157； UniProt 1–152

BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER

MUS MUSCULUS

UniProt O08734

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 64–89	片段：BH3-DOMAIN, RESIDUES 64-89	BCL-2-RELATED PROTEIN A1 × 1 （Q07440） CIT CITRIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1 M SODIUM CITRATE (PH 5.6), 0.3 M (NH4)2SO4, 0.6 M LI2SO4	分辨率 1.90 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2VOH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5KTG Crystal structure of mouse Bak BH3-in-groove homodimer (GFP) 提交 2016-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 66–144（79 aa）片段：GFP, GS linker, BAK (UNP residues 66-144) 链 B 66–144（79 aa）片段：GFP, GS linker, BAK (UNP residues 66-144)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；7-12% PEG3350, 20% MPD, 100 mM Tris, pH 7.0-8.5, 0.5% CHAPS	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
5KTG Crystal structure of mouse Bak BH3-in-groove homodimer (GFP) 提交 2016-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 66–144（79 aa）片段：GFP, GS linker, BAK (UNP residues 66-144) 链 B 66–144（79 aa）片段：GFP, GS linker, BAK (UNP residues 66-144)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；7-12% PEG3350, 20% MPD, 100 mM Tris, pH 7.0-8.5, 0.5% CHAPS	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
6MCY Crystal structure of mouse Bak 提交 2018-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–184（164 aa）	突变：C154S	FMT FORMIC ACID × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；20% PEG 3350, 200 mM ammonium formate	分辨率 1.75 Å R-free 0.218
6MCY Crystal structure of mouse Bak 提交 2018-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–184（164 aa）	突变：C154S	FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；20% PEG 3350, 200 mM ammonium formate	分辨率 1.75 Å R-free 0.218
6MCY Crystal structure of mouse Bak 提交 2018-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 21–184（164 aa）	突变：C154S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；20% PEG 3350, 200 mM ammonium formate	分辨率 1.75 Å R-free 0.218
6MCY Crystal structure of mouse Bak 提交 2018-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 21–184（164 aa）	突变：C154S	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；20% PEG 3350, 200 mM ammonium formate	分辨率 1.75 Å R-free 0.218

共 2 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAK_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–26； UniProt 64–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2voh
沉积日期 deposition_date	2008-02-17
结构标题 title	Structure of mouse A1 bound to the Bak BH3-domain
关键词 keywords	BH3, BCL-2, MEMBRANE, APOPTOSIS, PRO-SURVIVAL, TRANSMEMBRANE, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.71 Å
零角强度 I(0) i0	7802440.00
分子量 molecular_weight	20561.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25802 Å³
包络体积 envelope_volume	29228 Å³
水化壳体积 shell_volume	15482 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.2 Å
壳层 Rg shell_rg	21.91 Å
包络 Rg envelope_rg	16.10 Å
形状 Rg shape_rg	15.67 Å
总 Rg total_rg	16.93 Å
总原子数 total_atoms	1450
残基数 n_residues	179
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.3 Å
Rg (实空间) rg_real	17.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8020e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2520e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7802000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6623
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.097
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.421
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0016
最高正则化参数 α highest_alpha	1255000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.996

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BCL-2-RELATED PROTEIN A1
分子量 formula_weight	17922.4 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1579

GPLGSMAESELMHIHSLAEHYLQYVLQVPAFESAPSQACRVLQRVAFSVQKEVEKNLKSYLDDFHVESIDTARIIFNQVMEKEFEDGIINWGRIVTIFAFGGVLLKKLKQEQIALDVSAYKQVSSFVAEFIMNNTGEWIRQNGGWEDGFIKKFEPKS

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
分子量 formula_weight	2917.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PNSILGQVGRQLALIGDDINRRYDTE

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	122

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2voha1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamily	f.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family family	f.1.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2voha2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2vohA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Blc2-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	44.239 Å
晶胞边长 b length_b	33.255 Å
晶胞边长 c length_c	58.508 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.610 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2290

fit	/app/data/saxs_computation/vo/2voh/2voh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vo/2voh/2voh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vo/2voh/2voh.dat

Structure of mouse A1 bound to the Bak BH3-domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BCL-2-RELATED PROTEIN A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)