2vou

Structure of 2,6-dihydroxypyridine-3-hydroxylase from Arthrobacter nicotinovorans

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2,6-DIHYDROXYPYRIDINE HYDROXYLASE

ARTHROBACTER NICOTINOVORANS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 GLYCEROL × 2 ACETATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 GLYCEROL × 2 ACETATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q93NG3_ARTNI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 B； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 C； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vou
沉积日期 deposition_date	2008-02-21
结构标题 title	Structure of 2,6-dihydroxypyridine-3-hydroxylase from Arthrobacter nicotinovorans
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, AROMATIC HYDROXYLASE, NICOTINE DEGRADATION, FLAVIN MONO-OXYGENASE, FAD-DEPENDENT HYDROXYLASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vou__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vou__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vou__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.86 Å
Rg（电子密度）	30.16 Å
总 Rg	30.77 Å
原子数	6194
残基数	786
排除体积	108840 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vou__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vou__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	2,6-DIHYDROXYPYRIDINE HYDROXYLASE
分子量 formula_weight	43429.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.10
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	9590

MSPTTDRIAVVGGSISGLTAALMLRDAGVDVDVYERSPQPLSGFGTGIVVQPELVHYLLEQGVELDSISVPSSSMEYVDALTGERVGSVPADWRFTSYDSIYGGLYELFGPERYHTSKCLVGLSQDSETVQMRFSDGTKAEANWVIGADGGASVVRKRLLGIEPTYAGYVTWRGVLQPGEVADDVWNYFNDKFTYGLLDDGHLIAYPIPGRENAESPRLNFQWYWNVAEGPDLDELMTDVRGIRLPTSVHNNSLNPHNLRQFHSKGESLFKPFRDLVLNASSPFVTVVADATVDRMVHGRVLLIGDAAVTPRPHAAAGGAKASDDARTLAEVFTKNHDLRGSLQSWETRQLQQGHAYLNKVKKMASRLQHGGSFEPGNPAFAFGLPKVDEPSVVTNS

来源 Source

来源生物 organism	ARTHROBACTER NICOTINOVORANS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29320
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	387

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2voua1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2voua2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.2 — PHBH-like

结构域编号 domain_id	d2voub1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2voub2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.2 — PHBH-like

结构域编号 domain_id	d2vouc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2vouc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family family	d.16.1.2 — PHBH-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2vouA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2vouA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	9 — D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2vouB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2vouB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	9 — D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2vouC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2vouC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	9 — D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	185.960 Å
晶胞边长 b length_b	185.960 Å
晶胞边长 c length_c	104.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	27.920 Å
R 因子 r_factor	0.1860
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2220

Structure of 2,6-dihydroxypyridine-3-hydroxylase from Arthrobacter nicotinovorans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2,6-DIHYDROXYPYRIDINE HYDROXYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vou__assembly_1__model_1

2vou__assembly_1__model_1 | I(q)

2vou__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of 2,6-dihydroxypyridine-3-hydroxylase from Arthrobacter nicotinovorans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2,6-DIHYDROXYPYRIDINE HYDROXYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vou__assembly_1__model_1

2vou__assembly_1__model_1 | I(q)

2vou__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)