SAXSdb — 2vpo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PERIPLASMIC SUBSTRATE BINDING PROTEIN

HALOMONAS ELONGATA

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	(4S,5S)-5-HYDROXY-2-METHYL-1,4,5,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	(4S,5S)-5-HYDROXY-2-METHYL-1,4,5,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8VPB3_HALEL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–316； UniProt 26–341 作者链 B； PDB构建体 1–316； UniProt 26–341

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vpo
沉积日期 deposition_date	2008-03-03
结构标题 title	High resolution structure of the periplasmic binding protein TeaA from TeaABC TRAP transporter of Halomonas elongata in complex with hydroxyectoine
关键词 keywords	SBP, ECTOINE, HYDROXYECTOINE, TRAP TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, TRANSPORT; TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vpo__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vpo__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vpo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.40 Å
Rg（电子密度）	19.01 Å
总 Rg	19.91 Å
原子数	2487
残基数	311
排除体积	43794 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vpo__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vpo__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PERIPLASMIC SUBSTRATE BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	35713.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5292

DNWRYAHEEYEGDVQDVFAQAFKGYVEDNSDHTVQVYRFGELGESDDIMEQTQNGILQFVNQSPGFTGSLIPSAQIFFIPYLMPTDMDTVLEFFDESKAINEMFPKLYAEHGLELLKMYPEGEMVVTADEPITSPEDFDNKKIRTMTNPLLAETYKAFGATPTPLPWGEVYGGLQTGIIDGQENPIFWIESGGLYEVSPNLTFTSHGWFTTAMMANQDFYEGLSEEDQQLVQDAADAAYDHTIEHIKGLSEESLEKIKAASDEVTVTRLNDEQIQAFKERAPQVEEKFIEMTGEQGQELLDQFKADLKAVQSESEG

来源 Source

来源生物 organism	HALOMONAS ELONGATA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2746
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S,5S)-5-HYDROXY-2-METHYL-1,4,5,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	158.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	303

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2vpoa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vpob_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2vpoA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7

结构域编号 domain_id	2vpoB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7

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晶胞边长 a length_a	48.600 Å
晶胞边长 b length_b	52.100 Å
晶胞边长 c length_c	63.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	80.80 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	78.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.820 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1790
R_free r_free	0.2250

High resolution structure of the periplasmic binding protein TeaA from TeaABC TRAP transporter of Halomonas elongata in complex with hydroxyectoine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PERIPLASMIC SUBSTRATE BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vpo__assembly_2__model_1

2vpo__assembly_2__model_1 | I(q)

2vpo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

High resolution structure of the periplasmic binding protein TeaA from TeaABC TRAP transporter of Halomonas elongata in complex with hydroxyectoine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PERIPLASMIC SUBSTRATE BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vpo__assembly_2__model_1

2vpo__assembly_2__model_1 | I(q)

2vpo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)