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2vqg

Crystal structure of PorB from Corynebacterium glutamicum (crystal form I)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UNCHARACTERIZED PROTEIN CGL0972

CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM

UniProt Q8NRS3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 7 CACODYLATE ION × 4 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 6 CACODYLATE ION × 2 ACETATE ION × 1 (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 7 CACODYLATE ION × 4 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 6 water × 1 与蛋白数一致
5 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 2 ACETATE ION × 1 3,6,9,12,15,18,21,24,27-nonaoxaheptatriacontan-1-ol × 1 water × 1 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 5 water × 1 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 4 CACODYLATE ION × 1 (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 2 (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
9 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 3 CACODYLATE ION × 2 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2vqg 2vqg 2vqg 2vqg 2vqg 2vqg 2vqg 2vqg 2vqg 2vqh 2vqh 2vqk

共 16 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8NRS3_CORGL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 28–126 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 28–126 作者链 C； PDB构建体 1–99； UniProt 28–126 作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 28–126 作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 28–126 作者链 F； PDB构建体 1–99； UniProt 28–126 作者链 G； PDB构建体 1–99； UniProt 28–126 作者链 H； PDB构建体 1–99； UniProt 28–126 作者链 I； PDB构建体 1–99； UniProt 28–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vqg
沉积日期 deposition_date2008-03-15
结构标题 titleCrystal structure of PorB from Corynebacterium glutamicum (crystal form I)
关键词 keywordsTRANSMEMBRANE, MEMBRANE PROTEIN, PORIN, MEMBRANE, TRANSPORT, ION TRANSPORT; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vqg__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vqg__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vqg__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）14.84 Å
Rg（电子密度）14.52 Å
总 Rg15.46 Å
原子数611
残基数77
排除体积10903 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2vqg__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2vqg__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2vqg__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 2vqg__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 2vqg__assembly_5__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 2vqg__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 2vqg__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 2vqg__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 2vqg__assembly_9__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id2vqgA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1280 — Alpha-helical porin B/porin C
结构域编号 domain_id2vqgB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1280 — Alpha-helical porin B/porin C
结构域编号 domain_id2vqgC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1280 — Alpha-helical porin B/porin C
结构域编号 domain_id2vqgD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1280 — Alpha-helical porin B/porin C
结构域编号 domain_id2vqgE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1280 — Alpha-helical porin B/porin C
结构域编号 domain_id2vqgF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1280 — Alpha-helical porin B/porin C
结构域编号 domain_id2vqgG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1280 — Alpha-helical porin B/porin C
结构域编号 domain_id2vqgH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1280 — Alpha-helical porin B/porin C
结构域编号 domain_id2vqgI00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1280 — Alpha-helical porin B/porin C
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7. 引用文献 (1)