2vrp

Structure of rhodocytin

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AGGRETIN ALPHA CHAIN

物种未注明

UniProt Q9I841

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 AGGRETIN BETA CHAIN × 2 (Q9I840) SODIUM ION × 8 CHLORIDE ION × 4 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 AGGRETIN BETA CHAIN × 2 (Q9I840) SODIUM ION × 8 CHLORIDE ION × 4 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9I841_AGKRH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136

AGGRETIN BETA CHAIN

物种未注明

UniProt Q9I840

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 AGGRETIN ALPHA CHAIN × 2 (Q9I841) SODIUM ION × 8 CHLORIDE ION × 4 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 AGGRETIN ALPHA CHAIN × 2 (Q9I841) SODIUM ION × 8 CHLORIDE ION × 4 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9I840_AGKRH
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–123; UniProt 24–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vrp
沉积日期 deposition_date2008-04-09
结构标题 titleStructure of rhodocytin
关键词 keywordsC-TYPE LECTIN-LIKE, SUGAR-BINDING PROTEIN, LECTIN, CLEC-2, VENOM, AGGRETIN, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vrp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vrp__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vrp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)26.95 Å
Rg(电子密度)26.60 Å
总 Rg27.32 Å
原子数4214
残基数512
排除体积73858 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2vrp__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2vrp__assembly_2__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2vrpa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family familyd.169.1.1 — C-type lectin domain
结构域编号 domain_idd2vrpb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family familyd.169.1.1 — C-type lectin domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2vrpA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id2vrpB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
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7. 引用文献 (1)