2vs8

The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Mn

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI

DESULFUROCOCCUS MOBILIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 4	;5'-D(GPCPCPTPTPGPCPCPGPGP GPTPAPA)-3' ; × 1 ;5'-D(GPTPTPCPCPGPGPCP* DGPDCPDGP)-3' ; × 1 ;5'-D(CPGPCPGPCPCPGPGPAPAP CPTPTPAPC)-3' ; × 1 ;5'-D(CPCPGPGPCPAPAP* GPGPCP)-3' ; × 1 MANGANESE (II) ION × 2 ACETATE ION × 2 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 4	;5'-D(GPCPCPTPTPGPCPCPGPGP GPTPAPA)-3' ; × 1 ;5'-D(GPTPTPCPCPGPGPCP* DGPDCPDGP)-3' ; × 1 ;5'-D(CPGPCPGPCPCPGPGPAPAP CPTPTPAPC)-3' ; × 1 ;5'-D(CPCPGPGPCPAPAP* GPGPCP)-3' ; × 1 MANGANESE (II) ION × 2 ACETATE ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 4	;5'-D(GPCPCPTPTPGPCPCPGPGP GPTPAPA)-3' ; × 1 ;5'-D(GPTPTPCPCPGPGPCP* DGPDCPDGP)-3' ; × 1 ;5'-D(CPGPCPGPCPCPGPGPAPAP CPTPTPAPC)-3' ; × 1 ;5'-D(CPCPGPGPCPAPAP* GPGPCP)-3' ; × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DMO1_DESMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–189； UniProt 2–188 作者链 F； PDB构建体 3–189； UniProt 2–188 作者链 K； PDB构建体 3–189； UniProt 2–188

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vs8
沉积日期 deposition_date	2008-04-21
结构标题 title	The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Mn
关键词 keywords	;MEGANUCLEASE, INTRON HOMING, GENETIC ENGINEERING, HOMING ENDONUCLEASE, PROTEIN/DNA CRYSTALLOGRAPHY, NUCLEASE, HYDROLASE, MAGNESIUM, ENDONUCLEASE, DNA-BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vs8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vs8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vs8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.90 Å
Rg（电子密度）	21.35 Å
总 Rg	22.17 Å
原子数	2533
残基数	233
排除体积	42170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vs8__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vs8__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2vs8__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
分子量 formula_weight	23396.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,K
原子数 atom_count	8046

MAHNNENVSGISAYLLGLIIGDGGLYKLKYKGNRSEYRVVITQKSENLIKQHIAPLMQFLIDELNVKSKIQIVKGDTRYELRVSSKKLYYYFANMLERIRLFNMREQIAFIKGLYVAEGDKTLKRLRIWNKNKALLEIVSRWLNNLGVRNTIHLDDHRHGVYVLNISLRDRIKFVHTILSSHLNPLPPEAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	DESULFUROCOCCUS MOBILIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2274
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(GPCPCPTPTPGPCPCPGPGP GPTPAPA)-3' ;
分子量 formula_weight	4296.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,G,L

GCCTTGCCGGGTAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-D(GPTPTPCPCPGPGPCP* DGPDCPDGP)-3' ;
分子量 formula_weight	3366.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,H,M

GTTCCGGCGCG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;5'-D(CPGPCPGPCPCPGPGPAPAP CPTPTPAP*C)-3' ;
分子量 formula_weight	4555.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,I,N

CGCGCCGGAACTTAC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;5'-D(CPCPGPGPCPAPAP GPGPCP)-3' ;
分子量 formula_weight	3055.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,J,O

CCGGCAAGGC

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	392

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2vs8A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	2vs8A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	2vs8F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	2vs8F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	2vs8K01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	2vs8K02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

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晶胞边长 a length_a	107.134 Å
晶胞边长 b length_b	70.634 Å
晶胞边长 c length_c	106.955 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	25.760 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2480

The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Mn

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vs8__assembly_1__model_1

2vs8__assembly_1__model_1 | I(q)

2vs8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Mn

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vs8__assembly_1__model_1

2vs8__assembly_1__model_1 | I(q)

2vs8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)