SAXSdb — 2vsk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE

Hendra virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	EPHRIN-B2 × 1 （P52799）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	EPHRIN-B2 × 1 （P52799）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HN_HENDV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–416； UniProt 188–603 作者链 C； PDB构建体 1–416； UniProt 188–603

EPHRIN-B2

Homo sapiens

UniProt P52799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE × 1 （O89343）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE × 1 （O89343）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFNB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–138； UniProt 28–165 作者链 D； PDB构建体 1–138； UniProt 28–165

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vsk
沉积日期 deposition_date	2008-04-24
结构标题 title	Hendra virus attachment glycoprotein in complex with human cell surface receptor ephrinB2
关键词 keywords	;DEVELOPMENTAL PROTEIN, HENIPAVIRUS, NEUROGENESIS, GLYCOPROTEIN, PARAMYXOVIRUS, ENVELOPE PROTEIN, CELL SURFACE RECEPTOR, HENDRA, VIRION, EPHRIN, COMPLEX, MEMBRANE, HYDROLASE, B2, EFN, NIV, EPH, HEV, HEV-G, NIPAH, VIRUS, NIV-G, PHOSPHOPROTEIN, DIFFERENTIATION, VIRAL ATTACHMENT, SIGNAL-ANCHOR, HEMAGGLUTININ, TRANSMEMBRANE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vsk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vsk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vsk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.43 Å
Rg（电子密度）	23.41 Å
总 Rg	24.39 Å
原子数	4226
残基数	531
排除体积	75664 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vsk__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vsk__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE
分子量 formula_weight	46780.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8443

ICLQKTTSTILKPRLISYTLPINTREGVCITDPLLAVDNGFFAYSHLEKIGSCTRGIAKQRIIGVGEVLDRGDKVPSMFMTNVWTPPNPSTIHHCSSTYHEDFYYTLCAVSHVGDPILNSTSWTESLSLIRLAVRPKSDSGDYNQKYIAITKVERGKYDKVMPYGPSGIKQGDTLYFPAVGFLPRTEFQYNDSNCPIIHCKYSKAENCRLSMGVNSKSHYILRSGLLKYNLSLGGDIILQFIEIADNRLTIGSPSKIYNSLGQPVFYQASYSWDTMIKLGDVDTVDPLRVQWRNNSVISRPGQSQCPRFNVCPEVCWEGTYNDAFLIDRLNWVSAGVYLNSNQTAENPVFAVFKDNEILYQVPLAEDDTNAQKTITDCFLLENVIWCISLVEIYDTGDSVIRPKLFAVKIPAQCSE

来源 Source

来源生物 organism	Hendra virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	63330
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	EPHRIN-B2
分子量 formula_weight	15773.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

IVLEPIYWNSSNSKFLPGQGLVLYPQIGDKLDIICPKVDSKTVGQYEYYKVYMVDKDQADRCTIKKENTPLLNCAKPDQDIKFTIKFQEFSPNLWGLEFQKNKDYYIISTSNGSLEGLDNQEGGVCQTRAMKILMKVG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2vskA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2vskB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	2vskC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2vskD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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晶胞边长 a length_a	56.250 Å
晶胞边长 b length_b	106.170 Å
晶胞边长 c length_c	196.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.3000
R_work r_work	0.3000
R_free r_free	0.3500

Hendra virus attachment glycoprotein in complex with human cell surface receptor ephrinB2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

EPHRIN-B2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vsk__assembly_1__model_1

2vsk__assembly_1__model_1 | I(q)

2vsk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Hendra virus attachment glycoprotein in complex with human cell surface receptor ephrinB2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMAGGLUTININ-NEURAMINIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EPHRIN-B2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vsk__assembly_1__model_1

2vsk__assembly_1__model_1 | I(q)

2vsk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)