SAXSdb — 2vsx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT RNA HELICASE EIF4A

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4F SUBUNIT P150 × 2 （P39935） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4F SUBUNIT P150 × 1 （P39935） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4F SUBUNIT P150 × 1 （P39935） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF4A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 B； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4F SUBUNIT P150

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt P39935

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ATP-DEPENDENT RNA HELICASE EIF4A × 2 （P10081） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ATP-DEPENDENT RNA HELICASE EIF4A × 1 （P10081） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ATP-DEPENDENT RNA HELICASE EIF4A × 1 （P10081） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF4F1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–284； UniProt 572–854 作者链 F； PDB构建体 2–284； UniProt 572–854

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vsx
沉积日期 deposition_date	2008-04-30
结构标题 title	Crystal Structure of a Translation Initiation Complex
关键词 keywords	;ACETYLATION, ATP-BINDING, PHOSPHOPROTEIN, PROTEIN BIOSYNTHESIS, TRANSLATION REGULATION, TRANSLATION INITIATION, TRANSLATION/HYDROLASE, INITIATION FACTOR, NUCLEOTIDE-BINDING, HELICASE, HYDROLASE, CYTOPLASM, RNA-BINDING, TRANSLATION-HYDROLASE complex ;; TRANSLATION/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vsx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vsx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vsx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.08 Å
Rg（电子密度）	37.60 Å
总 Rg	37.93 Å
原子数	9623
残基数	1209
排除体积	172560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vsx__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vsx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2vsx__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-DEPENDENT RNA HELICASE EIF4A
分子量 formula_weight	44746.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9623

MSEGITDIEESQIQTNYDKVVYKFDDMELDENLLRGVFGYGFEEPSAIQQRAIMPIIEGHDVLAQAQSGTGKTGTFSIAALQRIDTSVKAPQALMLAPTRELALQIQKVVMALAFHMDIKVHACIGGTSFVEDAEGLRDAQIVVGTPGRVFDNIQRRRFRTDKIKMFILDEADEMLSSGFKEQIYQIFTLLPPTTQVVLLSATMPNDVLEVTTKFMRNPVRILVKKDELTLEGIKQFYVNVEEEEYKYECLTDLYDSISVTQAVIFCNTRRKVEELTTKLRNDKFTVSAIYSDLPQQERDTIMKEFRSGSSRILISTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPANKENYIHRIGRGGRFGRKGVAINFVTNEDVGAMRELEKFYSTQIEELPSDIATLLN

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4F SUBUNIT P150
分子量 formula_weight	32360.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MLVPSANRWVPKFKSKKTEKKLAPDGKTELLDKDEVERKMKSLLNKLTLEMFDAISSEILAIANISVWETNGETLKAVIEQIFLKACDEPHWSSMYAQLCGKVVKELNPDITDETNEGKTGPKLVLHYLVARCHAEFDKGWTDKLPTNEDGTPLEPEMMSEEYYAAASAKRRGLGLVRFIGFLYRLNLLTGKMMFECFRRLMKDLTDSPSEETLESVVELLNTVGEQFETDSFRTGQATLEGSQLLDSLFGILDNIIQTAKISSRIKFKLIDIKELRHDKNWNS

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2vsxa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vsxa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vsxb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vsxb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2vsxA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2vsxA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2vsxB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2vsxB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2vsxE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	2vsxF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

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晶胞边长 a length_a	68.920 Å
晶胞边长 b length_b	111.360 Å
晶胞边长 c length_c	111.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	33.210 Å
R 因子 r_factor	0.2535
R_work r_work	0.2520
R_free r_free	0.2869

Crystal Structure of a Translation Initiation Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT RNA HELICASE EIF4A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4F SUBUNIT P150

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vsx__assembly_1__model_1

2vsx__assembly_1__model_1 | I(q)

2vsx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of a Translation Initiation Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT RNA HELICASE EIF4A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4F SUBUNIT P150

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vsx__assembly_1__model_1

2vsx__assembly_1__model_1 | I(q)

2vsx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)