SAXSdb — 2vt0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUCOSYLCERAMIDASE

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	;alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 (1R,2R,3S,4S,5S,6S)-CYCLOHEXANE-1,2,3,4,5,6-HEXOL × 1 SULFATE ION × 6 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 (1R,2R,3S,4S,5S,6S)-CYCLOHEXANE-1,2,3,4,5,6-HEXOL × 1 SULFATE ION × 4 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLCM_PANTR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–499； UniProt 40–536 作者链 B； PDB构建体 3–499； UniProt 40–536

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vt0
沉积日期 deposition_date	2008-05-03
结构标题 title	X-ray structure of a conjugate with conduritol-beta-epoxide of acid-beta-glucosidase overexpressed in cultured plant cells
关键词 keywords	;HYDROLASE, ALTERNATIVE INITIATION, SPHINGOLIPID METABOLISM, ISRAEL STRUCTURAL PROTEOMICS CENTER, DISEASE MUTATION, GLUCOCEREBROSIDASE, PHARMACEUTICAL, GAUCHER DISEASE, LIPID METABOLISM, GLUCOSIDASE, GLYCOSIDASE, POLYMORPHISM, GLYCOPROTEIN, ISPC, MEMBRANE, CEREZYME, LYSOSOME, STRUCTURAL GENOMICS, ALTERNATIVE SPLICING ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vt0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vt0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vt0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.95 Å
Rg（电子密度）	22.83 Å
总 Rg	23.75 Å
原子数	3976
残基数	495
排除体积	70574 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vt0__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vt0__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GLUCOSYLCERAMIDASE
分子量 formula_weight	56589.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8346

EFARPCIPKSFGYSSVVCVCNATYCDSFDPPTFPALGTFSRYESTRSGRRMELSMGPIQANHTGTGLLLTLQPEQKFQKVKGFGGAMTDAAALNILALSPPAQNLLLKSYFSEEGIGYNIIRVPMASCDFSIRTYTYADTPDDFQLHNFSLPEEDTKLKIPLIHRALQLAQRPVSLLASPWTSPTWLKTNGAVNGKGSLKGQPGDIYHQTWARYFVKFLDAYAEHKLQFWAVTAENEPSAGLLSGYPFQCLGFTPEHQRDFIARDLGPTLANSTHHNVRLLMLDDQRLLLPHWAKVVLTDPEAAKYVHGIAVHWYLDFLAPAKATLGETHRLFPNTMLFASEACVGSKFWEQSVRLGSWDRGMQYSHSIITNLLYHVVGWTDWNLALNPEGGPNWVRNFVDSPIIVDITKDTFYKQPMFYHLGHFSKFIPEGSQRVGLVASQKNDLDAVALMHPDGSAVVVVLNRSSKDVPLTIKDPAVGFLETISPGYSIHTYLWHRQLLVDTM

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	DAUCUS CAROTA

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(1R,2R,3S,4S,5S,6S)-CYCLOHEXANE-1,2,3,4,5,6-HEXOL
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	464

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2vt0a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.2 — Composite domain of glycosyl hydrolase families 5, 30, 39 and 51

结构域编号 domain_id	d2vt0a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

结构域编号 domain_id	d2vt0b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.2 — Composite domain of glycosyl hydrolase families 5, 30, 39 and 51

结构域编号 domain_id	d2vt0b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2vt0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	2vt0A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	2vt0B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	2vt0B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

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晶胞边长 a length_a	68.184 Å
晶胞边长 b length_b	96.884 Å
晶胞边长 c length_c	83.171 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	19.770 Å
R 因子 r_factor	0.1540
R_work r_work	0.1520
R_free r_free	0.2010

X-ray structure of a conjugate with conduritol-beta-epoxide of acid-beta-glucosidase overexpressed in cultured plant cells

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUCOSYLCERAMIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vt0__assembly_1__model_1

2vt0__assembly_1__model_1 | I(q)

2vt0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

X-ray structure of a conjugate with conduritol-beta-epoxide of acid-beta-glucosidase overexpressed in cultured plant cells

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUCOSYLCERAMIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vt0__assembly_1__model_1

2vt0__assembly_1__model_1 | I(q)

2vt0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)