2vtx

ACTIVATION OF NUCLEOPLASMIN, AN OLIGOMERIC HISTONE CHAPERONE, CHALLENGES ITS STABILITY

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NPM-A PROTEIN

XENOPUS LAEVIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6GQG6_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 B； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 C； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 D； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 E； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 G； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 H； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 I； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 K； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 J； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vtx
沉积日期 deposition_date	2008-05-16
结构标题 title	ACTIVATION OF NUCLEOPLASMIN, AN OLIGOMERIC HISTONE CHAPERONE, CHALLENGES ITS STABILITY
关键词 keywords	NUCLEOPLASMIN, PHOSPHORYLATION, PROTEIN STABILITY, OLIGOMERIC PROTEIN, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vtx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vtx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vtx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.62 Å
Rg（电子密度）	21.20 Å
总 Rg	22.06 Å
原子数	3503
残基数	457
排除体积	63358 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vtx__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vtx__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NPM-A PROTEIN
分子量 formula_weight	13384.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,G,H,I,K
原子数 atom_count	7259

MADDVDNDDKLEKPVDLIWGCELNEQNKTFEFKVEDDEEKCEHQLALRTVCLGDKAKDEFHIVEIVDQEEGAEKSVPIATLKPSILPMATMVGIELDPPVTFRLKAGSGPLYISGQHVAM

来源 Source

来源生物 organism	XENOPUS LAEVIS
通用名 common_name	AFRICAN CLAWED FROG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NPM-A PROTEIN
分子量 formula_weight	13396.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MADDVDNDDKLEKPVDLIWGCELNEQNKTFEFKVEDDEEKCEHQLALRTVCLGDKAKDEFHIVEIVDQEEGAEKVVPIATLKPSILPMATMVGIELDPPVTFRLKAGSGPLYISGQHVAM

来源 Source

来源生物 organism	XENOPUS LAEVIS
通用名 common_name	AFRICAN CLAWED FROG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	173

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d2vtxa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.3 — Nucleoplasmin-like core domain
家族 Family family	b.121.3.1 — Nucleoplasmin-like core domain

结构域编号 domain_id	d2vtxb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.3 — Nucleoplasmin-like core domain
家族 Family family	b.121.3.1 — Nucleoplasmin-like core domain

结构域编号 domain_id	d2vtxc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.3 — Nucleoplasmin-like core domain
家族 Family family	b.121.3.1 — Nucleoplasmin-like core domain

结构域编号 domain_id	d2vtxd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.3 — Nucleoplasmin-like core domain
家族 Family family	b.121.3.1 — Nucleoplasmin-like core domain

结构域编号 domain_id	d2vtxe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.3 — Nucleoplasmin-like core domain
家族 Family family	b.121.3.1 — Nucleoplasmin-like core domain

结构域编号 domain_id	d2vtxg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.3 — Nucleoplasmin-like core domain
家族 Family family	b.121.3.1 — Nucleoplasmin-like core domain

结构域编号 domain_id	d2vtxh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.3 — Nucleoplasmin-like core domain
家族 Family family	b.121.3.1 — Nucleoplasmin-like core domain

结构域编号 domain_id	d2vtxi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.3 — Nucleoplasmin-like core domain
家族 Family family	b.121.3.1 — Nucleoplasmin-like core domain

结构域编号 domain_id	d2vtxj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.3 — Nucleoplasmin-like core domain
家族 Family family	b.121.3.1 — Nucleoplasmin-like core domain

结构域编号 domain_id	d2vtxk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.3 — Nucleoplasmin-like core domain
家族 Family family	b.121.3.1 — Nucleoplasmin-like core domain

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2vtxA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Nucleoplasmin core domain

结构域编号 domain_id	2vtxB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Nucleoplasmin core domain

结构域编号 domain_id	2vtxC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Nucleoplasmin core domain

结构域编号 domain_id	2vtxD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Nucleoplasmin core domain

结构域编号 domain_id	2vtxE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Nucleoplasmin core domain

结构域编号 domain_id	2vtxG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Nucleoplasmin core domain

结构域编号 domain_id	2vtxH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Nucleoplasmin core domain

结构域编号 domain_id	2vtxI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Nucleoplasmin core domain

结构域编号 domain_id	2vtxJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Nucleoplasmin core domain

结构域编号 domain_id	2vtxK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Nucleoplasmin core domain

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晶胞边长 a length_a	67.034 Å
晶胞边长 b length_b	94.601 Å
晶胞边长 c length_c	176.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2690

ACTIVATION OF NUCLEOPLASMIN, AN OLIGOMERIC HISTONE CHAPERONE, CHALLENGES ITS STABILITY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NPM-A PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vtx__assembly_1__model_1

2vtx__assembly_1__model_1 | I(q)

2vtx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

ACTIVATION OF NUCLEOPLASMIN, AN OLIGOMERIC HISTONE CHAPERONE, CHALLENGES ITS STABILITY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NPM-A PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vtx__assembly_1__model_1

2vtx__assembly_1__model_1 | I(q)

2vtx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)