2vut

Crystal structure of NAD-bound NmrA-AreA zinc finger complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA

Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA × 1 （P17429） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
10	蛋白单体	单体	蛋白 1	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
12	蛋白单体	单体	蛋白 1	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
13	蛋白单体	单体	蛋白 1	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
14	蛋白单体	单体	蛋白 1	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
15	蛋白单体	单体	蛋白 1	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
16	蛋白单体	单体	蛋白 1	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA × 1 （P17429） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA × 1 （P17429） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA × 1 （P17429） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA × 1 （P17429） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA × 1 （P17429） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA × 1 （P17429） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA × 1 （P17429） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O59919_EMENI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352 作者链 B； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352 作者链 C； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352 作者链 D； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352 作者链 E； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352 作者链 F； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352 作者链 G； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352 作者链 H； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352

NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA

EMERICELLA NIDULANS

UniProt P17429

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA × 1 （O59919） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
17	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
18	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
19	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA × 1 （O59919） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
20	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
21	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
22	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
23	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
24	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA × 1 （O59919） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA × 1 （O59919） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA × 1 （O59919） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA × 1 （O59919） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA × 1 （O59919） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA × 1 （O59919） NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AREA_EMENI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–43； UniProt 670–712 作者链 J； PDB构建体 1–43； UniProt 670–712 作者链 K； PDB构建体 1–43； UniProt 670–712 作者链 L； PDB构建体 1–43； UniProt 670–712 作者链 M； PDB构建体 1–43； UniProt 670–712 作者链 N； PDB构建体 1–43； UniProt 670–712 作者链 O； PDB构建体 1–43； UniProt 670–712 作者链 P； PDB构建体 1–43； UniProt 670–712

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vut
沉积日期 deposition_date	2008-05-30
结构标题 title	Crystal structure of NAD-bound NmrA-AreA zinc finger complex
关键词 keywords	;TRANSCRIPTION REGULATION, PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS, METAL-BINDING, NITRATE ASSIMILATION, ZINC-FINGER, DNA-BINDING, ZINC FINGERS, TRANSCRIPTION, ZINC, AREA, NMRA, NUCLEUS, ACTIVATOR, GATA-TYPE ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2vut__assembly_14__model_1

Assembly 14 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2vut__assembly_14__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2vut__assembly_14__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.47 Å
Rg（电子密度）	19.35 Å
总 Rg	20.29 Å
原子数	2575
残基数	318
排除体积	45790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2vut__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2vut__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2vut__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2vut__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2vut__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2vut__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`2vut__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`2vut__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`2vut__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`2vut__assembly_10__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`2vut__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`2vut__assembly_12__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`2vut__assembly_13__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`2vut__assembly_14__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
15	1	`2vut__assembly_15__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
16	1	`2vut__assembly_16__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
17	1	`2vut__assembly_17__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
18	1	`2vut__assembly_18__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
19	1	`2vut__assembly_19__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
20	1	`2vut__assembly_20__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
21	1	`2vut__assembly_21__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
22	1	`2vut__assembly_22__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
23	1	`2vut__assembly_23__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
24	1	`2vut__assembly_24__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
分子量 formula_weight	38835.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	25234

MAQQKKTIAVVNATGRQAASLIRVAAAVGHHVRAQVHSLKGLIAEELQAIPNVTLFQGPLLNNVPLMDTLFEGAHLAFINTTSQAGDEIAIGKDLADAAKRAGTIQHYIYSSMPDHSLYGPWPAVPMWAPKFTVENYVRQLGLPSTFVYAGIYNNNFTSLPYPLFQMELMPDGTFEWHAPFDPDIPLPWLDAEHDVGPALLQIFKDGPQKWNGHRIALTFETLSPVQVCAAFSRALNRRVTYVQVPKVEIKVNIPVGYREQLEAIEVVFGEHKAPYFPLPEFSRPAAGSPKGLGPANGKGAGAGMMQGPGGVISQRVTDEARKLWSGWRDMEEYAREVFPIEEEANGLDWML

来源 Source

来源生物 organism	Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139)
通用名 common_name	Aspergillus nidulans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227321
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
分子量 formula_weight	4789.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,P

PTTCTNCFTQTTPLWRRNPEGQPLCNACGLFLKLHGVVRPLSL

来源 Source

来源生物 organism	EMERICELLA NIDULANS
通用名 common_name	Aspergillus nidulans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227321
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1957

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d2vuta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vutb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vutc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vutd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vute_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vutf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vutg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vuth_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d2vuti_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vutj_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vutk_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vutl_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vutm_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vutn_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vuto_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2vutp_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	2vutA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2vutA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	2vutB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2vutB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	2vutC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2vutC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	2vutD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2vutD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	2vutE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2vutE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	2vutF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2vutF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	2vutG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2vutG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	2vutH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2vutH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	2vutI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	2vutJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	2vutK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	2vutL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	2vutM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	2vutN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	2vutO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	2vutP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

▶

晶胞边长 a length_a	227.520 Å
晶胞边长 b length_b	227.520 Å
晶胞边长 c length_c	222.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	72

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	29.860 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2740

Crystal structure of NAD-bound NmrA-AreA zinc finger complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vut__assembly_14__model_1

2vut__assembly_14__model_1 | I(q)

2vut__assembly_14__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of NAD-bound NmrA-AreA zinc finger complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2vut__assembly_14__model_1

2vut__assembly_14__model_1 | I(q)

2vut__assembly_14__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)