SAXSdb — 2vwe

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–188 链 B； UniProt 22–188	未记录	ANTI-VEGF-B MONOCLONAL ANTIBODY × 2 ANTI-VEGF-B MONOCLONAL ANTIBODY × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；0.1 M HEPES PH 7.0 15% GLYCEROL 8% PEG 8000	分辨率 3.40 Å R-free 0.310

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2VWE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2C7W Crystal Structure of human vascular endothelial growth factor-B: Identification of amino acids important for angiogeninc activity 提交 2005-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–129（99 aa）链 B 31–129（99 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；0.1M HEPES (PH 6.8), 0.5M AMMONIUM SULPHATE 50%, MPD	分辨率 2.48 Å R-free 0.310
2XAC Structural Insights into the Binding of VEGF-B by VEGFR-1D2: Recognition and Specificity 提交 2010-03-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 31–129（99 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN, RESIDUES 31-129 链 B 31–129（99 aa）片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN, RESIDUES 31-129	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；14% PEG 4000, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.6 AND 0.2M LICL	分辨率 2.71 Å R-free 0.364

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VEGFB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–167； UniProt 22–188 作者链 B； PDB构建体 1–167； UniProt 22–188

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2vwe
沉积日期 deposition_date	2008-06-23
结构标题 title	Crystal Structure of Vascular Endothelial Growth Factor-B in Complex with a Neutralizing Antibody Fab Fragment
关键词 keywords	;IMMUNE SYSTEM, GLYCOPROTEIN, CYSTEINE-KNOT, GROWTH FACTOR, VEGF-B, MITOGEN, SECRETED, ANGIOGENESIS, NEUTRALIZING ANTIBODY, HEPARIN-BINDING ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.40 Å
零角强度 I(0) i0	214361000.00
分子量 molecular_weight	115670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143440 Å³
包络体积 envelope_volume	213940 Å³
水化壳体积 shell_volume	44957 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.46 Å
包络 Rg envelope_rg	37.37 Å
形状 Rg shape_rg	39.39 Å
总 Rg total_rg	39.87 Å
总原子数 total_atoms	8109
残基数 n_residues	1046
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.2 Å
Rg (实空间) rg_real	39.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	214400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8937
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	63.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.030
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.859
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.923

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B
分子量 formula_weight	19053.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8109

PVSQPDAPGHQRKVVSWIDVYTRATCQPREVVVPLTVELMGTVAKQLVPSCVTVQRCGGCCPDDGLECVPTGQHQVRMQILMIRYPSSQLGEMSLEEHSQCECRPKKKDSAVKPDSPRPLCPRCTQHHQRPDPRTCRCRCRRRSFLRCQGRGLELNPDTCRCRKLRR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ANTI-VEGF-B MONOCLONAL ANTIBODY
分子量 formula_weight	23633.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,J

EIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNFLNWYQQKPDGTVKLLIYYTSTLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGKTLPPTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKEINVKWKIDGSERQNGVLDSWTEQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ANTI-VEGF-B MONOCLONAL ANTIBODY
分子量 formula_weight	23491.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,L

QVQLQQPGTELVKPGASVKLSCKASGYTFTGFWIHWVKQRPGQGLEWIGHINPGNGGTNYNEKFKRMATLTVDKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARSYSNYVRAMDYWGQGTSVTVSSAKTTAPSVYPLVPVCGGTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPALLQSGLYTLSSSVTVTSNTWPSQTITCNVAHPASSTKVDKKIEP

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2vweA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	2vweB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	2vweC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vweC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vweE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vweE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vweJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vweJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vweL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2vweL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.200 Å
晶胞边长 b length_b	94.300 Å
晶胞边长 c length_c	91.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	19.780 Å
R 因子 r_factor	0.2860
R_work r_work	0.2620
R_free r_free	0.3100

fit	/app/data/saxs_computation/vw/2vwe/2vwe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vw/2vwe/2vwe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vw/2vwe/2vwe.dat

Crystal Structure of Vascular Endothelial Growth Factor-B in Complex with a Neutralizing Antibody Fab Fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)